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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lzy | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the mammalian rescue complex with Pelota and Hbs1l assembled on a polyadenylated mRNA. | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Translation / Elongation | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() stalled ribosome sensor activity / Dom34-Hbs1 complex / RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mesenchymal to epithelial transition / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / endoderm development / positive regulation of BMP signaling pathway / ribosome disassembly ...stalled ribosome sensor activity / Dom34-Hbs1 complex / RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mesenchymal to epithelial transition / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / endoderm development / positive regulation of BMP signaling pathway / ribosome disassembly / nonfunctional rRNA decay / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / inner cell mass cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / stem cell population maintenance / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / chromosome organization / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / translation elongation factor activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / 90S preribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of translation / protein kinase C binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell cycle / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / ribosome binding / retina development in camera-type eye / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / perikaryon / cytosolic small ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å | ||||||||||||
![]() | Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. | ||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4136MC ![]() 4129C ![]() 4130C ![]() 4131C ![]() 4132C ![]() 4133C ![]() 4134C ![]() 4135C ![]() 4137C ![]() 5lzsC ![]() 5lztC ![]() 5lzuC ![]() 5lzvC ![]() 5lzwC ![]() 5lzxC ![]() 5lzzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 67種, 67分子 ABCFGHJLMOPQRSTUVWXYabcdefghjk...
-60S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 DEZi
#4: タンパク質 | 分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 INJJ
#9: タンパク質 | 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#13: タンパク質 | 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#59: タンパク質 | 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 6種, 7分子 235789hh
#45: RNA鎖 | 分子量: 24102.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #46: RNA鎖 | | 分子量: 1148115.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #47: RNA鎖 | | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #48: RNA鎖 | | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #49: RNA鎖 | | 分子量: 602778.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #83: RNA鎖 | | 分子量: 2588.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-40S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 BBGGMMbb
#51: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#56: タンパク質 | 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#62: タンパク質 | 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#77: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 245分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
#86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | ChemComp-ZN / #88: 化合物 | ChemComp-GCP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstituted with Pelota and Hbs1l. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 104478 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1112 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 16 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 138488 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20717 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 63.6 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSCaverage | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.99→300.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / SU B: 44.594 / SU ML: 0.598 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.818 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 221906 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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