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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lzp | ||||||
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タイトル | Binding of the C-terminal GQYL motif of the bacterial proteasome activator Bpa to the 20S proteasome | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Proteasome / Proteasome activator / protein degradation / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / zymogen binding / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / zymogen binding / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / protein homooligomerization / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Bolten, M. / Delley, C.L. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N. / Weber-Ban, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structural Analysis of the Bacterial Proteasome Activator Bpa in Complex with the 20S Proteasome. 著者: Marcel Bolten / Cyrille L Delley / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban / Eilika Weber-Ban / 要旨: Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial ...Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial proteasome activator) was shown to support an alternate proteasomal degradation pathway. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of Bpa in complex with the 20S core particle (CP). For docking into the cryo-EM density, we solved the X-ray structure of Bpa, showing that it forms tight four-helix bundles arranged into a 12-membered ring with a 40 Å wide central pore and the C-terminal helix of each protomer protruding from the ring. The Bpa model was fitted into the cryo-EM map of the Bpa-CP complex, revealing its architecture and striking symmetry mismatch. The Bpa-CP interface was resolved to 3.5 Å, showing the interactions between the C-terminal GQYL motif of Bpa and the proteasome α-rings. This docking mode is related to the one observed for eukaryotic activators with features specific to the bacterial complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lzp.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lzp.ent.gz | 939.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lzp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lzp_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lzp_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5lzp_validation.xml.gz | 148.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lzp_validation.cif.gz | 235 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/5lzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/5lzp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26024.971 Da / 分子数: 14 / 変異: M1_I7del / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: prcA, Rv2109c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHU1, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 19792.113 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: bpa, Rv3780, MTCY13D12.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKX3 #3: タンパク質 | 分子量: 25457.504 Da / 分子数: 14 / 変異: T1A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: prcB, Rv2110c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHT9, proteasome endopeptidase complex |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: proteasome in complex with bacterial proteasome activator タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.93 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 細胞内の位置: cytoplasm | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.102 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Quantifoil R 2/2 with an additional thin carbon layer グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 280.5 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 100000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 詳細: Drift corrected in post-processing. 4 images per hole. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 動画フレーム数/画像: 7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155: ???) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48799 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.5→3.5 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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