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- PDB-5lj5: Overall structure of the yeast spliceosome immediately after bran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lj5
タイトルOverall structure of the yeast spliceosome immediately after branching.
要素
  • (Pre-mRNA-processing ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 14
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • CWC15
  • CWC22
  • Exon 1 (5' exon) of UBC4 pre-mRNA
  • Intron of UBC4 pre-mRNA
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Protein CWC16
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA (small nuclear RNA)
  • U5 snRNA (small nuclear RNA)
  • U6 snRNA (small nuclear RNA)
  • unknown
キーワードSPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / pre-mRNA splicing / trans-esterification (エステル交換反応) / lariat intermediate / complex C
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome ...RNA exon ligation / snRNA metabolic process / snRNA modification / post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 1 spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / poly(U) RNA binding / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / DNA replication origin binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / DNA replication initiation / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ヘリカーゼ / 細胞周期 / DNA修復 / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / クロマチン / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CBF1-interacting co-repressor CIR, N-terminal domain / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Sec63 N-terminal domain-like domain / Saf4/Yju2 protein / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Sec63 N-terminal domain-like fold ...CBF1-interacting co-repressor CIR, N-terminal domain / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Sec63 N-terminal domain-like domain / Saf4/Yju2 protein / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Sec63 N-terminal domain-like fold / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Slt11, RNA recognition motif / cwf21 / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Helix hairpin bin domain superfamily / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / : / STL11, N-terminal / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / WD repeat Prp46/PLRG1-like / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / ロイシンリッチリピート / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / C2ドメイン / : / Sm domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Myb-like DNA-binding domain / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : ...グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / : / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Splicing factor YJU2 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC25 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
データ登録者Galej, W.P. / Wilkinson, M.F. / Fica, S.M. / Oubridge, C. / Newman, A.J. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
著者: Wojciech P Galej / Max E Wilkinson / Sebastian M Fica / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai /
要旨: Precursor mRNA (pre-mRNA) splicing proceeds by two consecutive transesterification reactions via a lariat-intron intermediate. Here we present the 3.8 Å cryo-electron microscopy structure of the ...Precursor mRNA (pre-mRNA) splicing proceeds by two consecutive transesterification reactions via a lariat-intron intermediate. Here we present the 3.8 Å cryo-electron microscopy structure of the spliceosome immediately after lariat formation. The 5'-splice site is cleaved but remains close to the catalytic Mg site in the U2/U6 small nuclear RNA (snRNA) triplex, and the 5'-phosphate of the intron nucleotide G(+1) is linked to the branch adenosine 2'OH. The 5'-exon is held between the Prp8 amino-terminal and linker domains, and base-pairs with U5 snRNA loop 1. Non-Watson-Crick interactions between the branch helix and 5'-splice site dock the branch adenosine into the active site, while intron nucleotides +3 to +6 base-pair with the U6 snRNA ACAGAGA sequence. Isy1 and the step-one factors Yju2 and Cwc25 stabilize docking of the branch helix. The intron downstream of the branch site emerges between the Prp8 reverse transcriptase and linker domains and extends towards the Prp16 helicase, suggesting a plausible mechanism of remodelling before exon ligation.
履歴
登録2016年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_imaging_optics / em_software / struct_conn
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell
Item: _refine.pdbx_refine_id / _refine_hist.pdbx_refine_id ..._refine.pdbx_refine_id / _refine_hist.pdbx_refine_id / _refine_ls_restr.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id
改定 1.42018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4057
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: U5 snRNA (small nuclear RNA)
E: Exon 1 (5' exon) of UBC4 pre-mRNA
I: Intron of UBC4 pre-mRNA
Z: U2 snRNA (small nuclear RNA)
V: U6 snRNA (small nuclear RNA)
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Protein CWC16
F: Pre-mRNA-splicing factor CWC25
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
G: Pre-mRNA-splicing factor ISY1
H: CWC22
J: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
K: Pre-mRNA-processing protein 45
L: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
M: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
N: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
O: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
P: CWC15
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
S: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
T: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
Q: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16
t: Pre-mRNA-processing factor 19
u: Pre-mRNA-processing factor 19
v: Pre-mRNA-processing factor 19
w: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
x: unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,376,12255
ポリマ－2,375,09245
非ポリマー1,03010
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 UEIZV

#1: RNA鎖 U5 snRNA (small nuclear RNA)


分子量: 57444.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023403
#2: RNA鎖 Exon 1 (5' exon) of UBC4 pre-mRNA


分子量: 5170.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖 Intron of UBC4 pre-mRNA


分子量: 24109.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 4718
#4: RNA鎖 U2 snRNA (small nuclear RNA)


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 536627
#5: RNA鎖 U6 snRNA (small nuclear RNA)


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 14種, 14分子 AFCGJLMNORSTQs

#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC25 / Complexed with CEF1 protein 25


分子量: 20412.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53854
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36048
#11: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Interactor of SYF1 / PRP19-associated complex protein 30


分子量: 28073.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21374
#13: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated ...Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated complex protein 50 / Pre-mRNA-processing protein 46


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12417
#15: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31 / Complexed with CEF1 protein 14


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25337
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40 / Synthetic lethal with CLF1 protein 3


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12046
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2 / Synthetic lethality with U2 protein 11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38241
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85 / PRP19-associated complex protein 85


分子量: 67837.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03654
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Complexed with CEF1 protein 21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03375
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77 / Synthetic lethal with CDC40 protein 3


分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12309
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / PRP19-associated complex protein 90 / Synthetic lethal with CDC40 protein 1


分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04048
#32: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16


分子量: 121815.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P15938, ヘリカーゼ
#34: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / PRP19-associated complex protein 25 / Synergistic to PRP19 mutation protein 309


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06091

-
タンパク質 , 6種, 7分子 BDHPbkx

#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, ヘリカーゼ
#8: タンパク質 Protein CWC16


分子量: 32371.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28320
#12: タンパク質 CWC22


分子量: 69118.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A162ERE7
#19: タンパク質 CWC15


分子量: 19970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A162GIZ3
#23: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40018
#35: タンパク質 unknown


分子量: 16017.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Pre-mRNA-processing ... , 2種, 5分子 Ktuvw

#14: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28004
#33: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm

#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43321
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12330
#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54999
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40204
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02260
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06217

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#30: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08963
#31: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40567

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#36: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Spliceosome immediately after branching / タイプ: COMPLEX
詳細: Splicing extract was prepared from Prp18-HA or Slu7-TAPS yeast strains. An in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA substrate (with 2 x MS2 bacteriophage coat protein-binding stem loops at ...詳細: Splicing extract was prepared from Prp18-HA or Slu7-TAPS yeast strains. An in vitro transcribed yeast UBC4 pre-mRNA substrate (with 2 x MS2 bacteriophage coat protein-binding stem loops at the 5' end and with the 3'-splice site sequence UAGAG mutated to UACAC) was pre-bound to an MS2-maltose binding protein fusion protein. This substrate-protein complex was added to the splicing extract. The splicing reaction proceeded through the first step but the second step was blocked by the 3' splice site mutation. Substrate-bound spliceosomes from the splicing extract were purified on amylose resin and eluted with maltose. Subsequently the spliceosomes were captured on anti-HA-agarose (for Prp18-HA-tagged) or streptactin resin (for Slu7-TAPS tagged) and eluted with HA peptide or desthiobiotin, respectively. Purified spliceosomes were then dialysed against 20 mM HEPES KOH pH 7.8, 75 mM KCl, 0.25 mM EDTA
Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes.KOH pH 7.81
275 mMpotassium chlorideKCl1
3250 micromolarEDTAエチレンジアミン四酢酸1
41
51
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 35714 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.8 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 2213
詳細: Total dose: 40 electrons/Angstrom^2 over 16 seconds. 20 movie frames collected at 1.25 frames per second.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
3CTFFIND4CTF補正
6Coot0.8.3モデルフィッティングPaul Emsley's experimental version.
8REFMAC5.8モデル精密化
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15872
3次元再構成解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15872 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
詳細: Used secondary structure restraints generated in ProSMART and LibG.
精密化解像度: 3.8→274.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / SU B: 27.594 / SU ML: 0.398 / ESU R: 0.522
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.31901 --
obs0.31901 592776 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 180.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å21.69 Å2-1.19 Å2
2---1.95 Å2-1.26 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 63166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01865428
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0253593
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2521.83290631
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.023122463
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.4125.2417501
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.16323.6681963
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.101157986
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg13.28515310
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0890.20310628
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0268092
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0214494
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.93120.95729635
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other4.9320.95729634
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.83931.34736846
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other8.83931.34836847
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.32920.04235793
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.32920.04235794
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other9.20830.54753786
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined19.477137799
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other19.477137800
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.563 44142 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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