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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ld2 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RecBCD+DNA complex revealing activated nuclease domain | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Helicase / Nuclease / SH3 / Homologous Recombination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity ...exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / isomerase activity / DNA endonuclease activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Endothia gyrosa (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkinson, M. / Chaban, Y. / Wigley, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Mechanism for nuclease regulation in RecBCD. 著者: Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Dale B Wigley / 要旨: In bacterial cells, processing of double-stranded DNA breaks for repair by homologous recombination is catalysed by AddAB, AdnAB or RecBCD-type helicase-nucleases. These enzyme complexes are highly ...In bacterial cells, processing of double-stranded DNA breaks for repair by homologous recombination is catalysed by AddAB, AdnAB or RecBCD-type helicase-nucleases. These enzyme complexes are highly processive, duplex unwinding and degrading machines that require tight regulation. Here, we report the structure of E.coli RecBCD, determined by cryoEM at 3.8 Å resolution, with a DNA substrate that reveals how the nuclease activity of the complex is activated once unwinding progresses. Extension of the 5'-tail of the unwound duplex induces a large conformational change in the RecD subunit, that is transferred through the RecC subunit to activate the nuclease domain of the RecB subunit. The process involves a SH3 domain that binds to a region of the RecB subunit in a binding mode that is distinct from others observed previously in SH3 domains and, to our knowledge, this is the first example of peptide-binding of an SH3 domain in a bacterial system. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ld2.cif.gz | 611.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ld2.ent.gz | 482.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ld2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ld2_validation.pdf.gz | 961.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ld2_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ld2_validation.xml.gz | 82.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ld2_validation.cif.gz | 127.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RecBCD enzyme subunit ... , 3種, 3分子 BCD
#1: タンパク質 | 分子量: 133717.391 Da / 分子数: 1 / 変異: D1080A,D1080A,D1080A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 913-932 modelled as poly-Alanine in model to reflect uncertainty of the exact position of this loop due to weak density. 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recB, ior, rorA, b2820, JW2788 / プラスミド: pETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P08394, exodeoxyribonuclease V |
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#2: タンパク質 | 分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V |
#3: タンパク質 | 分子量: 67047.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: recD, hopE, b2819, JW2787 / プラスミド: pCDFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P04993, exodeoxyribonuclease V |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 X
#4: DNA鎖 | 分子量: 21440.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Hairpin=38-42 Duplex=13-37&43-67 5'Tail=1-12 3'Tail=68-70 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類) |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of RecBCD with forked DNA substrate and ADPNP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: B834 / プラスミド: 3 plasmids | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow discharge was used to thin the carbon film, but allowed to dissipate prior to use. Detergent or amphipols treatment was used to render carbon hydrophilic. See article for details. グリッドのタイプ: C-flat | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 37313 X / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.4 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1674 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74656 / 対称性のタイプ: POINT |