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- PDB-5lcw: Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lcw
タイトルCryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex (APC/C-MCC) at 4.2 angstrom resolution
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 11
  • (Cell division cycle protein ...) x 5
  • Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta,Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
キーワードCELL CYCLE / Complex / Ubiquitin / E3 ligase / Ubiquitin ligase / Cullin / RING / Mitosis / Spindle checkpoint / Degron
機能・相同性
機能・相同性情報


metaphase/anaphase transition of cell cycle / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / establishment of centrosome localization / regulation of meiotic nuclear division / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric ...metaphase/anaphase transition of cell cycle / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / establishment of centrosome localization / regulation of meiotic nuclear division / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Phosphorylation of Emi1 / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / nuclear pore nuclear basket / Phosphorylation of the APC/C / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic sister chromatid cohesion / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / cullin family protein binding / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of mitotic cell cycle / Transcriptional Regulation by VENTX / mitotic spindle assembly / positive regulation of axon extension / heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / protein K48-linked ubiquitination / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / regulation of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / RHO GTPases Activate Formins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of protein catabolic process / brain development / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / Ub-specific processing proteases / protein kinase activity / protein ubiquitination / phosphorylation / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family ...: / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / HORMA domain superfamily / TPR repeat / : / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Galactose-binding domain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / TPR repeat region circular profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / Jelly Rolls / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Alfieri, C. / Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Maslen, S. / Skehel, M. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of APC/C regulation by the spindle assembly checkpoint.
著者: Claudio Alfieri / Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Sarah Maslen / Mark Skehel / David Barford /
要旨: In the dividing eukaryotic cell, the spindle assembly checkpoint (SAC) ensures that each daughter cell inherits an identical set of chromosomes. The SAC coordinates the correct attachment of sister ...In the dividing eukaryotic cell, the spindle assembly checkpoint (SAC) ensures that each daughter cell inherits an identical set of chromosomes. The SAC coordinates the correct attachment of sister chromatid kinetochores to the mitotic spindle with activation of the anaphase-promoting complex (APC/C), the E3 ubiquitin ligase responsible for initiating chromosome separation. In response to unattached kinetochores, the SAC generates the mitotic checkpoint complex (MCC), which inhibits the APC/C and delays chromosome segregation. By cryo-electron microscopy, here we determine the near-atomic resolution structure of a human APC/C–MCC complex (APC/C(MCC)). Degron-like sequences of the MCC subunit BubR1 block degron recognition sites on Cdc20, the APC/C coactivator subunit responsible for substrate interactions. BubR1 also obstructs binding of the initiating E2 enzyme UbcH10 to repress APC/C ubiquitination activity. Conformational variability of the complex enables UbcH10 association, and structural analysis shows how the Cdc20 subunit intrinsic to the MCC (Cdc20(MCC)) is ubiquitinated, a process that results in APC/C reactivation when the SAC is silenced.
履歴
登録2016年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32016年9月7日Group: Database references
改定 1.42018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_validate_close_contact ...em_image_scans / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4037
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
B: Anaphase-promoting complex subunit 11
C: Cell division cycle protein 23 homolog
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
E: Anaphase-promoting complex subunit 16
F: Cell division cycle protein 27 homolog
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 27 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
J: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 23 homolog
Q: Cell division cycle protein 20 homolog
R: Cell division cycle protein 20 homolog
S: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta,Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
X: Anaphase-promoting complex subunit 7
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
Z: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,331,08623
ポリマ－1,331,08623
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area120240 Å2
ΔGint-558 kcal/mol
Surface area368970 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21P
12F
22H
13G
23W
14J
24K
15Q
25R
16X
26Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010C26 - 537
2010P26 - 537
1020F5 - 767
2020H5 - 767
1030G1 - 25
2030W1 - 25
1040J2 - 526
2040K2 - 526
1050Q126 - 498
2050R104 - 498
1060X36 - 539
2060Y36 - 539

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

-
Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / APC1 / Cyclosome subunit 1 / Mitotic checkpoint regulator / Testis-specific gene 24 protein


分子量: 216775.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#17: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3

-
Cell division cycle protein ... , 5種, 8分子 CPFHJKQR

#3: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042
#14: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / p55CDC


分子量: 41226.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12834
#15: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / p55CDC


分子量: 54796.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12834

-
タンパク質 , 2種, 2分子 SZ

#16: タンパク質 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta,Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / MAD3/BUB1-related protein kinase / hBUBR1 / Mitotic checkpoint kinase MAD3L / Protein SSK1


分子量: 39055.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1B, BUBR1, MAD3L, SSK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O60566, non-specific serine/threonine protein kinase
#18: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / HsMAD2 / Mitotic arrest deficient 2-like protein 1 / MAD2-like protein 1


分子量: 23533.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L1, MAD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13257

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Mitotic checkpoint complex in closed conformation (APC/C-MCC-closed) at 4.2 angstrom resolution
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / プラスミド: MultiBac
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0144 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.4 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155263 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 4→228.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / SU B: 43.678 / SU ML: 0.52 / ESU R: 1.096
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.25049 --
obs0.25049 348621 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 313.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-2.8 Å20.98 Å2
2--1.47 Å2-1.61 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 72092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0130.01973620
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7461.95799757
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.64559095
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.0623.883273
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg20.3331512539
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.42715434
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1230.211229
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.02155111
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it23.30530.87136623
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it37.29546.2645637
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it27.40731.8436997
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined62.9495882
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.04

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C313140.11
12P313140.11
21F309420.11
22H309420.11
31G12320.13
32W12320.13
41J293440.16
42K293440.16
51Q217380.09
52R217380.09
61X309620.07
62Y309620.07
LS精密化 シェル解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.542 25848 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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