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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jul | ||||||
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タイトル | Near atomic structure of the Dark apoptosome | ||||||
![]() | Apaf-1 related killer DARK | ||||||
![]() | APOPTOSIS / Dark / apoptosome / apotosis / AAA+ ATPase | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation ...negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / positive regulation of apoptotic process / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
![]() | Cheng, T.C. / Akey, I.V. / Yuan, S. / Yu, Z. / Ludtke, S.J. / Akey, C.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Near-Atomic Structure of the Dark Apoptosome Provides Insight into Assembly and Activation. 著者: Tat Cheung Cheng / Ildikó V Akey / Shujun Yuan / Zhiheng Yu / Steven J Ludtke / Christopher W Akey / ![]() 要旨: In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo- ...In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo-electron microscopy. We then built a nearly complete model of the apoptosome that includes 7- and 8-blade β-propellers. We find that the preference for dATP during Dark assembly may be governed by Ser325, which is in close proximity to the 2' carbon of the deoxyribose ring. Interestingly, β-propellers in V-shaped domains of the Dark apoptosome are more widely separated, relative to these features in the Apaf-1 apoptosome. This wider spacing may be responsible for the lack of cytochrome c binding to β-propellers in the Dark apoptosome. Our structure also highlights the roles of two loss-of-function mutations that may block Dark assembly. Finally, the improved model provides a framework to understand apical procaspase activation in the intrinsic cell death pathway. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 166131.000 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Dark, Ark, Ark-RB, dapaf-1L, Hac1, CG6829, Dmel_CG6829 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7KLI1 #2: 化合物 | ChemComp-DTP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dark apoptosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.3 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() プラスミド: pFastBac | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: Buffer A | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K 詳細: 2.5ul sample blot additives present at the indicated final concentrations: NP-40 (0.025%), DHPG (diheptanoylphosphatidylglycerol; 0.05%), cytochrome c (0.5 mg/ml), DeoxybigChaps (0.01%), and lysine (0.03 mg/ml) |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1991 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF / 球面収差補正装置: FEI Cs corrector |
画像スキャン | 横: 7476 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 23 / 利用したフレーム数/画像: 2-23 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 88485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17769 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT 詳細: local fitting with Chimera followed by flexible fitting with MDFF and refinement with Phenix. |