+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j8k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Architecture of supercomplex I-III2 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / membrane protein complex / supercomplex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane ...: / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
データ登録者 | Letts, J.A. / Fiedorczuk, K. / Sazanov, L.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: The architecture of respiratory supercomplexes. 著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Leonid A Sazanov / 要旨: Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) ...Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) supercomplexes determined by cryo-electron microscopy. We identify two distinct arrangements of supercomplex CICIIICIV (the respirasome)-a major 'tight' form and a minor 'loose' form (resolved at the resolution of 5.8 Å and 6.7 Å, respectively), which may represent different stages in supercomplex assembly or disassembly. We have also determined an architecture of supercomplex CICIII at 7.8 Å resolution. All observed density can be attributed to the known 80 subunits of the individual complexes, including 132 transmembrane helices. The individual complexes form tight interactions that vary between the architectures, with complex IV subunit COX7a switching contact from complex III to complex I. The arrangement of active sites within the supercomplex may help control reactive oxygen species production. To our knowledge, these are the first complete architectures of the dominant, physiologically relevant state of the electron transport chain. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j8k.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5j8k.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5j8k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j8k_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5j8k_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5j8k_validation.xml.gz | 169.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j8k_validation.cif.gz | 313.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/5j8k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+タンパク質 , 34種, 39分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQSdTUVWXYabcef...
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Rj
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA |
---|---|
#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA |
-COMPLEX I B14. ... , 2種, 2分子 Zk
#26: タンパク質 | 分子量: 10145.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA |
---|---|
#36: タンパク質 | 分子量: 7081.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA |
-COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT ... , 14種, 15分子 012345678yxwvut
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#38: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA | ||||||||||||||||||||
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3252.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA | ||||||||||||||||||||
#40: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #41: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #42: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #43: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #44: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #45: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #46: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #47: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #48: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #49: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA #50: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA |
-COMPLEX III SUBUNIT ... , 7種, 14分子 AAALABAMADAOAFAQAGARAJAUAKAV
#51: タンパク質 | 分子量: 49385.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q5G6 #52: タンパク質 | 分子量: 45189.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q0F9 #54: タンパク質 | 分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5Q0A9 #56: タンパク質 | 分子量: 12949.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P642 #57: タンパク質 | 分子量: 8884.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PUP9 #60: タンパク質 | 分子量: 6937.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P6B2 #61: タンパク質 | 分子量: 5932.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5PSD1 |
---|
-Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 AEAPAIAT
#55: タンパク質 | 分子量: 21654.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase #59: タンパク質 | 分子量: 5824.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase |
---|
-非ポリマー , 3種, 16分子
#62: 化合物 | ChemComp-SF4 / #63: 化合物 | ChemComp-FES / #64: 化合物 | ChemComp-HEM / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Supercomplex I-III2 / タイプ: COMPLEX 詳細: Supercomplex formed by respiratory complexes I and III Entity ID: #1-#62 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / Organelle: mitochondria | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Single particles dispersed in digitonin | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted 32 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 47000 X / 倍率(補正後): 81395 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1608 詳細: Images were collected in movie mode with 17 frames per second |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 69 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 67650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9844 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL |