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万見
- PDB-5flm: Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5flm
タイトルStructure of transcribing mammalian RNA polymerase II
要素
  • (DNA, DNA-RNA ELONGATION ...) x 2
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ...) x 6
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ...) x 5
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
  • RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD
キーワードTRANSCRIPTION / ELONGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape ...Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA/RNA hybrid binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / euchromatin / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 ...RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bernecky, C. / Herzog, F. / Baumeister, W. / Plitzko, J.M. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II.
著者: Carrie Bernecky / Franz Herzog / Wolfgang Baumeister / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer /
要旨: RNA polymerase (Pol) II produces messenger RNA during transcription of protein-coding genes in all eukaryotic cells. The Pol II structure is known at high resolution from X-ray crystallography for ...RNA polymerase (Pol) II produces messenger RNA during transcription of protein-coding genes in all eukaryotic cells. The Pol II structure is known at high resolution from X-ray crystallography for two yeast species. Structural studies of mammalian Pol II, however, remain limited to low-resolution electron microscopy analysis of human Pol II and its complexes with various proteins. Here we report the 3.4 Å resolution cryo-electron microscopy structure of mammalian Pol II in the form of a transcribing complex comprising DNA template and RNA transcript. We use bovine Pol II, which is identical to the human enzyme except for seven amino-acid residues. The obtained atomic model closely resembles its yeast counterpart, but also reveals unknown features. Binding of nucleic acids to the polymerase involves 'induced fit' of the mobile Pol II clamp and active centre region. DNA downstream of the transcription bubble contacts a conserved 'TPSA motif' in the jaw domain of the Pol II subunit RPB5, an interaction that is apparently already established during transcription initiation. Upstream DNA emanates from the active centre cleft at an angle of approximately 105° with respect to downstream DNA. This position of upstream DNA allows for binding of the general transcription elongation factor DSIF (SPT4-SPT5) that we localize over the active centre cleft in a conserved position on the clamp domain of Pol II. Our results define the structure of mammalian Pol II in its functional state, indicate that previous crystallographic analysis of yeast Pol II is relevant for understanding gene transcription in all eukaryotes, and provide a starting point for a mechanistic analysis of human transcription.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip
改定 2.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AJ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BO" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4
N: DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD
P: RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD
T: DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)548,25424
ポリマ－547,70715
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 6種, 6分子 BCDGIK

#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT B / RNA ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT B / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B2


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: A5PJW8, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT C


分子量: 31466.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q3T0Q3
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT D / RNA POLYMERASE II 16 KDA ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT B4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT D / RNA POLYMERASE II 16 KDA SUBUNIT / RPB16


分子量: 16347.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q1JQ91
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B7 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT G


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q5E9B8
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT I


分子量: 14507.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q32P73
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B11 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT J


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q32P79

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT E / RPB5 HOMOLOG


分子量: 24514.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q2T9T3
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT F / RPB6 HOMOLOG


分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q32PE0*PLUS
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT H / DNA- ...RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT H / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / AND III 17.1 KDA POLYPEPTIDE / RPB17 / RPB8 HOMOLOG / HRPB8


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: F2Z4H3
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT L


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q32P78
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: Q3ZBC0

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DNA, DNA-RNA ELONGATION ... , 2種, 2分子 NT

#13: DNA鎖 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD


分子量: 12085.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#15: DNA鎖 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD


分子量: 11942.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AP

#14: RNA鎖 RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD


分子量: 6414.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 217436.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: THYMUS / 参照: UniProt: G3MZY8*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 9分子

#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

配列の詳細SYNTHETIC CONSTRUCT, CHAINS N, P, T GENBANK ACCESSION FOR CHAIN A GI|329663165 GENBANK ACCESSION ...SYNTHETIC CONSTRUCT, CHAINS N, P, T GENBANK ACCESSION FOR CHAIN A GI|329663165 GENBANK ACCESSION FOR CHAIN F GI|269315856

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BOVINE POL II ELONGATION COMPLEX / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 150 MM NACL, 5 MM HEPES, 0.01 MM ZNCL2, 10 MM DTT / pH: 7.25 / 詳細: 150 MM NACL, 5 MM HEPES, 0.01 MM ZNCL2, 10 MM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年12月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 43 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1172

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL PARTICLES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 粒子像の数: 264134 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å
詳細: THE FOLLOWING REGIONS WERE MODELED INTO THE UNSHARPENED EC1 MAP (EMDB-3218) DUE TO WEAKER DENSITY. RPB1 433-437, RPB1 1103-1108 (POLY-ALANINE), RPB1 1198-1205, RPB1 1262-1267, RPB1 1278-1281, ...詳細: THE FOLLOWING REGIONS WERE MODELED INTO THE UNSHARPENED EC1 MAP (EMDB-3218) DUE TO WEAKER DENSITY. RPB1 433-437, RPB1 1103-1108 (POLY-ALANINE), RPB1 1198-1205, RPB1 1262-1267, RPB1 1278-1281, RPB2 242-252, RPB2 326-331, RPB2 457-461 SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3218. (DEPOSITION ID: 13928).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 137 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
精密化最高解像度: 3.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31058 1645 9 0 32712

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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