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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a7a | ||||||
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タイトル | Novel inter-subunit contacts in Barley Stripe Mosaic Virus revealed by cryo-EM | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / BSMV / HELICAL / CRYO-EM / IMAGE PROCESSING / MSA | ||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / RNA / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS (ウイルス) TOBACCO MOSAIC VIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Clare, D.K. / Pechnikova, E. / Skurat, E. / Makarov, V. / Sokolova, O.S. / Solovyev, A.G. / V Orlova, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Novel Inter-Subunit Contacts in Barley Stripe Mosaic Virus Revealed by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Daniel Kofi Clare / Eugenia V Pechnikova / Eugene V Skurat / Valentin V Makarov / Olga S Sokolova / Andrey G Solovyev / Elena V Orlova / 要旨: Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report ...Barley stripe mosaic virus (BSMV, genus Hordeivirus) is a rod-shaped single-stranded RNA virus similar to viruses of the structurally characterized and well-studied genus Tobamovirus. Here we report the first high-resolution structure of BSMV at 4.1 Å obtained by cryo-electron microscopy. We discovered that BSMV forms two types of virion that differ in the number of coat protein (CP) subunits per turn and interactions between the CP subunits. While BSMV and tobacco mosaic virus CP subunits have a similar fold and interact with RNA using conserved residues, the axial contacts between the CP of these two viral groups are considerably different. BSMV CP subunits lack substantial axial contacts and are held together by a previously unobserved lateral contact formed at the virion surface via an interacting loop, which protrudes from the CP hydrophobic core to the adjacent CP subunit. These data provide an insight into diversity in structural organization of helical viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a7a.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a7a.ent.gz | 34.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a7a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a7a_validation.pdf.gz | 931.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a7a_full_validation.pdf.gz | 948.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a7a_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a7a_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/5a7a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 106
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 106 / Num. of operations: 106 / Rise per n subunits: 131.2 Å / Rotation per n subunits: 1800 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22555.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ONLY CONTAINS RESIDUES 3-131 AND 148-193 IN STRUCTURE 由来: (組換発現) BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS (ウイルス) 株: ND18 / 解説: PURIFIED FROM NICOTIANA BENTHAMIANA INFECTED PLANTS 発現宿主: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性) 株 (発現宿主): GV3101 / 参照: UniProt: P04866 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TOBACCO MOSAIC VIRUS (ウイルス) 発現宿主: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性) 株 (発現宿主): GV3101 |
配列の詳細 | ONLY CONTAINS RESIDUES 3-131 AND 148-193 IN STRUCTURE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CHIMERIC BARLEY STRIPE MOSAIC VIRUS NARROW VIRION / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | 名称: 50MM TRIS-HCL, 50MM KCL, 10MM MGCL2 / pH: 7.5 / 詳細: 50MM TRIS-HCL, 50MM KCL, 10MM MGCL2 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 40, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 3.5UL OF SAMPLE WAS ADDED TO CONTINUOUS CARBON COATED OR C-FLAT GRIDS, BLOTTED FOR 2 ...詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 40, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- 3.5UL OF SAMPLE WAS ADDED TO CONTINUOUS CARBON COATED OR C-FLAT GRIDS, BLOTTED FOR 2 SECONDS AND THEN PLUNGED IN LIQUID ETHANE, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年6月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 150000 X / 倍率(補正後): 150000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.3 mm |
試料ホルダ | 温度: 90 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 297 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPED EACH PARTICLE | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 4.1 Å / 粒子像の数: 3007 / ピクセルサイズ(公称値): 1 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1 Å / 倍率補正: LAYER LINES / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--RIGID BODY USING CHIMERA, FOLLOWED BY FLEXIBLE FITTING IN FLEX-EM AND COOT. THEN REALSPACE REFINEMENT IN PHENIX FOLLOWED BY MANUAL ADJUSTMENT IN COOT (INTERATIVE) REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.1 Å
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