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- PDB-5zz2: Crystal structure of PDE5 in complex with inhibitor LW1634 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz2
タイトルCrystal structure of PDE5 in complex with inhibitor LW1634
要素cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE5 inhibitor LW1634 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects ...positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / Smooth Muscle Contraction / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / cAMP-mediated signaling / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9M0 / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu, D. / Huang, Y.D. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81602955 中国
National Natural Science Foundation of China21702238 中国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Optimization of Chromeno[2,3- c]pyrrol-9(2 H)-ones as Highly Potent, Selective, and Orally Bioavailable PDE5 Inhibitors: Structure-Activity Relationship, X-ray Crystal Structure, and ...タイトル: Optimization of Chromeno[2,3- c]pyrrol-9(2 H)-ones as Highly Potent, Selective, and Orally Bioavailable PDE5 Inhibitors: Structure-Activity Relationship, X-ray Crystal Structure, and Pharmacodynamic Effect on Pulmonary Arterial Hypertension.
著者: Wu, D. / Huang, Y. / Chen, Y. / Huang, Y.Y. / Geng, H. / Zhang, T. / Zhang, C. / Li, Z. / Guo, L. / Chen, J. / Luo, H.B.
履歴
登録2018年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3955
ポリマ－37,7891
非ポリマー6064
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.474, 74.474, 132.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE


分子量: 37788.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O76074, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 45分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-9M0 / 3-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-8-fluoro-1-(1,3-thiazol-2-yl)[1]benzopyrano[2,3-c]pyrrol-9(2H)-one


分子量: 420.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H13FN2O4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Cacodylate Sodium (pH 6.5), 0.2 M MgSO4, 18% PEG3350, 2.5% ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→24.73 Å / Num. obs: 13486 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CrysalisPro38.41データ削減
CrysalisPro38.41データスケーリング
PHASER1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MD6

4md6


解像度: 2.6→24.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 10.707 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.31 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26436 697 5.2 %RANDOM
Rwork0.20865 ---
obs0.21153 12789 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.714 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→24.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 37 41 2496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9463381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89635534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4935296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.28224.917120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38715460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7711512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9084.5851193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9014.5811192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3016.8481486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.36.8541487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9045.0271314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9035.0291315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1627.4441896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0536.1782881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.39335.8812844
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 71 -
Rwork0.253 903 -
obs--98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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