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- PDB-5zg0: Crystal structure of the GluA2o LBD in complex with glutamate and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zg0
タイトルCrystal structure of the GluA2o LBD in complex with glutamate and Compound-1
要素Glutamate receptor 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / ALLOSTERIC MODULATION COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / excitatory synapse / asymmetric synapse / glutamate-gated receptor activity ...Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / excitatory synapse / asymmetric synapse / glutamate-gated receptor activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / endocytic vesicle membrane / amyloid-beta binding / postsynapse / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic density / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9C3 / ACETATE ION / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Sogabe, S. / Igaki, S. / Hirokawa, A. / Zama, Y. / Lane, W. / Snell, G.
引用ジャーナル: Neuropsychopharmacology / 年: 2019
タイトル: TAK-137, an AMPA-R potentiator with little agonistic effect, has a wide therapeutic window.
著者: Kunugi, A. / Tanaka, M. / Suzuki, A. / Tajima, Y. / Suzuki, N. / Suzuki, M. / Nakamura, S. / Kuno, H. / Yokota, A. / Sogabe, S. / Kosugi, Y. / Awasaki, Y. / Kaku, T. / Kimura, H.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
E: Glutamate receptor 2
F: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,06334
ポリマ－176,0276
非ポリマー3,03628
水19,6901093
1
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4858
ポリマ－58,6762
非ポリマー8096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,84514
ポリマ－58,6762
非ポリマー1,17012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Glutamate receptor 2
F: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,73312
ポリマ－58,6762
非ポリマー1,05810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.682, 162.582, 47.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29337.830 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 413-527,UNP residues 653-796 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLUR2, GRIA2, GLUR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42262

-
非ポリマー , 5種, 1121分子

#2: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-9C3 / 9-{4-[(propan-2-yl)oxy]phenyl}-3,4-dihydro-2H-2lambda~6~-pyrido[2,1-c][1,2,4]thiadiazine-2,2-dione


分子量: 318.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N2O3S
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 15% PEG 3350, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M ZINC ACETATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976486 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 222823 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10721 / Rsym value: 0.903 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
cctbx.primeデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FTJ

1ftj


解像度: 1.58→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.911 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22058 11166 5 %RANDOM
Rwork0.19348 ---
obs0.19484 211606 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.674 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0 Å20.06 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.58→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12232 0 166 1093 13491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.98417280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55551612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39624.32507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.113152458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1351566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5632.2226322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.383.3257887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.372.5116514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4931.2420020
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 805 -
Rwork0.285 14950 -
obs--91.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83480.0573-0.00730.1432-0.04360.70910.03440.035-0.06820.01090.0182-0.0390.04080.0009-0.05260.02740.0254-0.00230.02590.00140.084432.6637-55.390418.2912
20.3112-0.166-0.0130.3780.00510.5144-0.0309-0.0041-0.001-0.0171-0.0058-0.00020.000800.03670.0079-0.0041-0.00140.04010.00050.010728.42050.028928.2592
30.8070.04110.02130.1640.03350.71070.0340.03430.06570.00780.01470.037-0.0410.0062-0.04870.02510.0232-0.00210.0245-0.0040.076624.166555.456218.2471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A413 - 795
2X-RAY DIFFRACTION1A901 - 902
3X-RAY DIFFRACTION1B413 - 795
4X-RAY DIFFRACTION1B1001
5X-RAY DIFFRACTION2C413 - 795
6X-RAY DIFFRACTION2C1001
7X-RAY DIFFRACTION2D413 - 795
8X-RAY DIFFRACTION2D901
9X-RAY DIFFRACTION3E413 - 795
10X-RAY DIFFRACTION3E1001
11X-RAY DIFFRACTION3F413 - 795
12X-RAY DIFFRACTION3F901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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