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- PDB-5zb2: Crystal structure of Rad7 and Elc1 complex in yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zb2
タイトルCrystal structure of Rad7 and Elc1 complex in yeast
要素
  • DNA repair protein RAD7
  • Elongin-C
キーワードDNA BINDING PROTEIN/LIGASE / LRR / ubiquitin ligase / complex / LIGASE / DNA BINDING PROTEIN-LIGASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 4 complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / global genome nucleotide-excision repair / elongin complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / response to UV / nucleotide-excision repair / intracellular protein localization ...nucleotide-excision repair factor 4 complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / global genome nucleotide-excision repair / elongin complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / response to UV / nucleotide-excision repair / intracellular protein localization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9FO / DNA repair protein RAD7 / Elongin-C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.30000538295 Å
データ登録者Jiang, T. / Liu, L. / Huo, Y.
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the yeast Rad7-Elc1 complex and assembly of the Rad7-Rad16-Elc1-Cul3 complex.
著者: Liu, L. / Huo, Y. / Li, J. / Jiang, T.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD7
B: Elongin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,27212
ポリマ－57,1612
非ポリマー2,11110
水4,234235
1
A: DNA repair protein RAD7
B: Elongin-C
ヘテロ分子

A: DNA repair protein RAD7
B: Elongin-C
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The comlex is a mixture of heterodimer and heterotetramer in solution. The two states are seperated by Q column and elutes in different volume of gel filtration.
  • 119 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,54524
ポリマ－114,3224
非ポリマー4,22320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area15370 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area40160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.921, 67.764, 69.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

P6G

21A-779-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD7


分子量: 45449.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD7, YJR052W, J1665 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06779
#2: タンパク質 Elongin-C


分子量: 11712.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ELC1, YPL046C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03071

-
非ポリマー , 7種, 245分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-9FO / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-nonadecaoxanonapentacontane-1,59-diol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-ノナデカオ(以下略)


分子量: 899.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H82O21
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M KCl, 0.1 M sodium Citrate tribasic dihydrate, 22% PEG 3350, 0.1 M Yttrium(III) cloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 24237 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 40.6194408749 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3411.70.68211860.8980.2030.7130.9596.3
2.34-2.3811.90.64711620.9110.190.6750.9496.4
2.38-2.4311.70.611710.9070.180.6270.97397.3
2.43-2.4811.60.55511700.9460.1670.5810.99195.8
2.48-2.5311.50.50111870.9310.1520.5251.01695.4
2.53-2.5911.40.42411780.9480.1280.4431.00297
2.59-2.6611.10.3711770.9660.1140.3881.02895.8
2.66-2.7310.60.3211950.9760.1010.3361.09496.8
2.73-2.819.90.26511990.9810.0870.2791.09798
2.81-2.99.80.23411970.9790.0780.2481.10597.4
2.9-310.50.21312170.9820.0680.2241.0999
3-3.1211.20.17812110.9880.0550.1861.02698.8
3.12-3.2610.60.1512360.9880.0490.1581.04499
3.26-3.44100.12612260.9910.0420.1341.04899.3
3.44-3.6511.40.10712390.9950.0330.1120.99299.1
3.65-3.937.90.09111510.9950.0330.0971.03692.1
3.93-4.3311.70.07512430.9970.0230.0780.87999.5
4.33-4.9510.10.06912540.9970.0230.0730.96498.1
4.95-6.2411.50.06612810.9970.0210.070.91899.3
6.24-5010.30.05713570.9960.020.0610.89898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.10_2155精密化
PHENIX1.10_2155精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.30000538295→48.3526115655 Å / SU ML: 0.253081575482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35155306082 / 位相誤差: 23.2946347681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224072294486 1930 8.33225402582 %
Rwork0.194547878919 21233 -
obs0.197077370165 23163 97.4873737374 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.0157372333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.30000538295→48.3526115655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3789 0 141 235 4165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003292115820923982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5297412962745335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407692024212623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00227910593722662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.80971034411538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.267981014751330.2212705427651448X-RAY DIFFRACTION96.0510328068
2.3575-2.42130.2727348934551370.235812326991474X-RAY DIFFRACTION95.9499702204
2.4213-2.49250.3008176344141420.2286170208331470X-RAY DIFFRACTION96.991576414
2.4925-2.5730.2918713314671290.2245385786031482X-RAY DIFFRACTION96.7567567568
2.573-2.66490.2559801012641420.2064628081841482X-RAY DIFFRACTION96.5517241379
2.6649-2.77160.2643850652181330.2134748748581500X-RAY DIFFRACTION96.9714964371
2.7716-2.89770.2390637815631340.2063459860641501X-RAY DIFFRACTION98.0215827338
2.8977-3.05050.2030202332481340.2128208531611515X-RAY DIFFRACTION98.6834230999
3.0505-3.24160.2485718777081460.2061308526091532X-RAY DIFFRACTION98.9386792453
3.2416-3.49180.2576958439031370.1906394177541545X-RAY DIFFRACTION99.2330383481
3.4918-3.8430.2187899258881390.1785431241571482X-RAY DIFFRACTION94.3538998836
3.843-4.39880.1694209828891380.1582475834881553X-RAY DIFFRACTION99.1788856305
4.3988-5.54080.2218714163691330.1760721073041580X-RAY DIFFRACTION98.3917288914
5.5408-48.36330.2038353169691530.2106428617931669X-RAY DIFFRACTION98.7533875339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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