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- PDB-5zab: Crystal structure of cf3-aequorin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zab
タイトルCrystal structure of cf3-aequorin
要素Aequorin-2
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Semi-synthetic aequorin
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9A3 / Aequorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Inouye, S. / Tomabechi, Y. / Sekine, S.I. / Shirouzu, M. / Hosoya, T.
引用ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Slow luminescence kinetics of semi-synthetic aequorin: expression, purification and structure determination of cf3-aequorin.
著者: Inouye, S. / Tomabechi, Y. / Hosoya, T. / Sekine, S.I. / Shirouzu, M.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aequorin-2
B: Aequorin-2
C: Aequorin-2
D: Aequorin-2
E: Aequorin-2
F: Aequorin-2
G: Aequorin-2
H: Aequorin-2
I: Aequorin-2
J: Aequorin-2
K: Aequorin-2
L: Aequorin-2
M: Aequorin-2
N: Aequorin-2
O: Aequorin-2
P: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,82532
ポリマ－360,70616
非ポリマー8,11916
水25,2571402
1
A: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Aequorin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0522
ポリマ－22,5441
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 97.550, 121.840
Angle α, β, γ (deg.)77.620, 73.060, 75.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 2 through 189)
21(chain B and resid 2 through 189)
31(chain C and resid 2 through 189)
41(chain D and resid 2 through 189)
51(chain E and resid 2 through 189)
61(chain F and resid 2 through 189)
71(chain G and resid 2 through 189)
81(chain H and resid 2 through 189)
91(chain I and resid 2 through 189)
101(chain J and resid 2 through 189)
111chain K
121chain L
131(chain M and resid 2 through 189)
141(chain N and resid 2 through 189)
151(chain O and resid 2 through 189)
161(chain P and resid 2 through 189)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYS(chain A and resid 2 through 189)AA2 - 18911 - 198
2LYSLYS(chain B and resid 2 through 189)BB2 - 18911 - 198
3LYSLYS(chain C and resid 2 through 189)CC2 - 18911 - 198
4LYSLYS(chain D and resid 2 through 189)DD2 - 18911 - 198
5LYSLYS(chain E and resid 2 through 189)EE2 - 18911 - 198
6LYSLYS(chain F and resid 2 through 189)FF2 - 18911 - 198
7LYSLYS(chain G and resid 2 through 189)GG2 - 18911 - 198
8LYSLYS(chain H and resid 2 through 189)HH2 - 18911 - 198
9LYSLYS(chain I and resid 2 through 189)II2 - 18911 - 198
10LYSLYS(chain J and resid 2 through 189)JJ2 - 18911 - 198
11HISHISchain KKK-1 - 1898 - 198
12LYSLYSchain LLL2 - 18911 - 198
13LYSLYS(chain M and resid 2 through 189)MM2 - 18911 - 198
14LYSLYS(chain N and resid 2 through 189)NN2 - 18911 - 198
15LYSLYS(chain O and resid 2 through 189)OO2 - 18911 - 198
16LYSLYS(chain P and resid 2 through 189)PP2 - 18911 - 198

-
要素

#1: タンパク質
Aequorin-2


分子量: 22544.117 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 9-196 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02592
#2: 化合物
ChemComp-9A3 / (2S)-8-benzyl-2-hydroperoxy-6-(4-hydroxyphenyl)-2-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}imidazo[1,2-a]pyrazin-3(2H)-one


分子量: 507.461 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H20F3N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10mM Bis-Tris(pH7.3), 2M Ammonium sulfate, 2mM EDTA

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.608 Å / Num. obs: 206078 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.95 % / Biso Wilson estimate: 34.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 12.06 / Num. measured all: 814099
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.283.8830.7622.0112548734082323190.9750.88394.8
2.28-2.433.9810.513.0712414932073311850.8880.5997.2
2.43-2.633.9810.3474.3111611829857291680.9430.40197.7
2.63-2.883.9730.2076.910686327470268940.9750.23997.9
2.88-3.223.9740.11311.359685224792243730.9930.13198.3
3.22-3.713.9520.05720.018539421907216100.9980.06698.6
3.71-4.543.9360.03730.017215418533183300.9980.04398.9
4.54-6.393.9270.03332.575599114368142590.9990.03899.2
6.39-46.6083.9160.02736.631091803779400.9990.03198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.91 Å46.61 Å
Translation8.91 Å46.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EJ3

1ej3


解像度: 2.147→46.608 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 2000 97 %
Rwork0.1961 203733 -
obs0.1964 205733 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.95 Å2 / Biso mean: 42.1773 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.147→46.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24426 0 592 1402 26420
Biso mean--36.61 43.69 -
残基数----3051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00825703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91634873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11114767
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
12B14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
13C14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
14D14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
15E14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
16F14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
17G14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
18H14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
19I14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
110J14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
111K14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
112L14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
113M14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
114N14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
115O14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
116P14795X-RAY DIFFRACTION9.939TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1473-2.2010.32091350.2877137401387592
2.201-2.26050.36631410.3158143721451396
2.2605-2.3270.32191420.2638145201466297
2.327-2.40220.26191430.2397145211466497
2.4022-2.4880.30461420.2308145761471897
2.488-2.58760.2731440.227145181466298
2.5876-2.70540.231430.217146011474498
2.7054-2.8480.28981420.2081145751471798
2.848-3.02640.25191440.2035147151485998
3.0264-3.260.21951450.1949146641480998
3.26-3.5880.20221440.1845146931483799
3.588-4.10690.19831440.1686147601490499
4.1069-5.17320.181460.1554148111495799
5.1732-46.61920.20781450.179146671481298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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