PDB-5z19: The crystal structure of Ruminococcus gnavus beta-glucuronidase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z19

タイトル

The crystal structure of Ruminococcus gnavus beta-glucuronidase in complex with uronic isofagomine

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / beta-glucuronidase / GH2

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / signaling receptor binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

[Ruminococcus] gnavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Dashnyam, P. / Lin, H.Y. / Lin, C.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dissection of the substrate preference and structure of gut microbial beta-glucuronidases identifies the major bacteria causing xenobiotic toxicity
著者: Dashnyam, P. / Mudududdla, R. / Hsieh, T.J. / Lin, T.C. / Lin, H.Y. / Chen, P.Y. / Hsu, C.Y. / Lin, C.H.

履歴

登録	2017年12月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z19.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z19.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z19_validation.pdf.gz	511 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z19_full_validation.pdf.gz	540.7 KB	表示
XML形式データ	5z19_validation.xml.gz	120.1 KB	表示
CIF形式データ	5z19_validation.cif.gz	163.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/5z19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/5z19	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z18C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jz3-d 6jz1-d 4jhz-d 6eca-d 6jz8-d 6jz5-d 6jz2-d 6lej-d 6lem-d 6lel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (10) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

C: Beta-glucuronidase

D: Beta-glucuronidase

E: Beta-glucuronidase

F: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

438 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucuronidase

C: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Beta-glucuronidase

E: Beta-glucuronidase

F: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

B: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
292 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.282, 112.359, 209.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLU	GLU	chain A	A	A	2 - 597	26 - 621
2	LEU	LEU	chain B	B	B	2 - 602	26 - 626
3	GLU	GLU	chain C	C	C	2 - 601	26 - 625
4	GLU	GLU	chain D	D	D	2 - 597	26 - 621
5	LYS	LYS	chain E	E	E	2 - 598	26 - 622
6	GLU	GLU	chain F	F	F	2 - 601	26 - 625

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase 分子量: 72768.805 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-603 / 変異: D290Q, G373A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) [Ruminococcus] gnavus (バクテリア) 遺伝子: uidA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6W7J7
#2: 化合物	ChemComp-SJ5 / (3S,4R,5R)-4,5-dihydroxypiperidine-3-carboxylic acid / (3S)-4β,5α-ジヒドロキシピペリジン-3α-カルボン酸分子量: 161.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM Sodium Citrate buffer, pH 4.3, 100mM Sodium Citrate salt, 22%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 142552 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 453760

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	2.6	0.705	13990	0.548	0.513	0.877	0.996	97.3
2.59-2.69	2.9	0.602	14197	0.665	0.405	0.729	1.003	99.2
2.69-2.82	3.2	0.464	14278	0.791	0.298	0.554	1.005	99.5
2.82-2.96	3.3	0.338	14310	0.879	0.211	0.4	1.001	99.5
2.96-3.15	3.4	0.238	14293	0.939	0.145	0.28	1	99.6
3.15-3.39	3.4	0.157	14326	0.971	0.095	0.184	1.008	99.4
3.39-3.73	3.4	0.107	14295	0.986	0.066	0.126	0.991	99.2
3.73-4.27	3.3	0.076	14263	0.991	0.048	0.09	0.994	98.8
4.27-5.38	3.2	0.058	14243	0.994	0.037	0.069	1	98.3
5.38-30	3.1	0.04	14357	0.998	0.026	0.048	0.995	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.503→29.916 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	7140	5.01 %
R_work	0.1663	135353	-
obs	0.1684	142493	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.01 Å² / B_iso mean: 42.0711 Å² / B_iso min: 18.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.503→29.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29386	0	66	378	29830
B_iso mean	-	-	38.23	41.08	-
残基数	-	-	-	-	3587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	30320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	41113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	4239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.987	11057

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL
1	2	B	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL
1	3	C	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL
1	4	D	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL
1	5	E	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL
1	6	F	17573	X-RAY DIFFRACTION	9.822	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5035-2.5319	0.351	208	0.2816	3996	4204	88
2.5319-2.5617	0.3208	255	0.2623	4395	4650	97
2.5617-2.5929	0.3142	250	0.2556	4517	4767	98
2.5929-2.6257	0.2893	240	0.2499	4483	4723	99
2.6257-2.6603	0.2889	214	0.2433	4549	4763	99
2.6603-2.6967	0.3093	272	0.2347	4455	4727	99
2.6967-2.7352	0.3025	247	0.2397	4577	4824	99
2.7352-2.776	0.2948	245	0.2328	4511	4756	99
2.776-2.8193	0.2877	253	0.2306	4510	4763	100
2.8193-2.8655	0.2707	244	0.2137	4529	4773	99
2.8655-2.9149	0.2537	246	0.2205	4501	4747	99
2.9149-2.9678	0.274	244	0.2109	4590	4834	99
2.9678-3.0249	0.2696	233	0.213	4505	4738	99
3.0249-3.0865	0.2876	234	0.2073	4567	4801	100
3.0865-3.1536	0.2592	230	0.1979	4539	4769	100
3.1536-3.2269	0.2318	240	0.1945	4564	4804	99
3.2269-3.3075	0.2158	243	0.1761	4566	4809	100
3.3075-3.3968	0.2307	243	0.1756	4509	4752	99
3.3968-3.4966	0.1917	235	0.1634	4546	4781	99
3.4966-3.6093	0.1817	222	0.1542	4556	4778	99
3.6093-3.738	0.1756	231	0.1486	4553	4784	99
3.738-3.8874	0.1964	251	0.1464	4519	4770	99
3.8874-4.0639	0.1803	208	0.1376	4555	4763	99
4.0639-4.2776	0.1699	258	0.1314	4509	4767	98
4.2776-4.5447	0.1673	213	0.1256	4539	4752	98
4.5447-4.8942	0.1547	237	0.1177	4517	4754	98
4.8942-5.3842	0.158	213	0.1254	4549	4762	98
5.3842-6.1574	0.1725	248	0.1378	4518	4766	98
6.1574-7.7354	0.1918	218	0.1524	4595	4813	99
7.7354-29.9184	0.165	265	0.1447	4534	4799	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -387.4725 Å / Origin y: -91.2307 Å / Origin z: 887.3725 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2323 Å²	-0.0085 Å²	0.0029 Å²	-	0.2401 Å²	0.0067 Å²	-	-	0.2432 Å²
L	0.0116 °²	0.0123 °²	0.0226 °²	-	0.0282 °²	0.0099 °²	-	-	0.0263 °²
S	0.0009 Å °	0.0072 Å °	-0.0023 Å °	0.0129 Å °	-0.0031 Å °	-0.0098 Å °	-0.0064 Å °	0.0089 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 597
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 597
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 598
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	2 - 601
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 943

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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