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- PDB-5yjf: Co-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yjf
タイトルCo-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) with small molecule analog of Nicotinamide
要素Nicotinamide N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NNMT / NA / MNA / T2D
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / : / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-methoxy-1-methyl-2H-pyridine-3-carboxamide / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Nicotinamide N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Swaminathan, S. / Birudukota, S. / Thakur, M.K. / Parveen, R. / Kandan, S. / Hallur, M.S. / Rajagopal, S. / Ruf, S. / Dhakshinamoorthy, S. / Kannt, A. / Gosu, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A small molecule inhibitor of Nicotinamide N-methyltransferase for the treatment of metabolic disorders.
著者: Kannt, A. / Rajagopal, S. / Kadnur, S.V. / Suresh, J. / Bhamidipati, R.K. / Swaminathan, S. / Hallur, M.S. / Kristam, R. / Elvert, R. / Czech, J. / Pfenninger, A. / Rudolph, C. / Schreuder, H. ...著者: Kannt, A. / Rajagopal, S. / Kadnur, S.V. / Suresh, J. / Bhamidipati, R.K. / Swaminathan, S. / Hallur, M.S. / Kristam, R. / Elvert, R. / Czech, J. / Pfenninger, A. / Rudolph, C. / Schreuder, H. / Chandrasekar, D.V. / Mane, V.S. / Birudukota, S. / Shaik, S. / Zope, B.R. / Burri, R.R. / Anand, N.N. / Thakur, M.K. / Singh, M. / Parveen, R. / Kandan, S. / Mullangi, R. / Yura, T. / Gosu, R. / Ruf, S. / Dhakshinamoorthy, S.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide N-methyltransferase
B: Nicotinamide N-methyltransferase
C: Nicotinamide N-methyltransferase
D: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,62712
ポリマ－126,4174
非ポリマー2,2108
水1,27971
1
A: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1573
ポリマ－31,6041
非ポリマー5532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1573
ポリマ－31,6041
非ポリマー5532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1573
ポリマ－31,6041
非ポリマー5532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1573
ポリマ－31,6041
非ポリマー5532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.323, 132.976, 61.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nicotinamide N-methyltransferase


分子量: 31604.184 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A,E101A,E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-8WO / 6-methoxy-1-methyl-2H-pyridine-3-carboxamide


分子量: 168.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 5.8, 25 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→47.78 Å / Num. obs: 31948 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル最高解像度: 2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.885 / Rpim(I) all: 0.411

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ROD

3rod


解像度: 2.49→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 29.043 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.379 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28553 1617 5.1 %RANDOM
Rwork0.22374 ---
obs0.22693 30164 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.64 Å20 Å2-0.38 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.49→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7873 0 152 71 8096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2942.00511161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1551019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71824.811318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.984151367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8271525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3771.55224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67428213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02233446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6714.52946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.487→2.552 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 97 -
Rwork0.306 1968 -
obs--84.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8216-0.2626-0.061.3182-0.44892.0306-0.00510.10910.0137-0.06810.0344-0.0212-0.0026-0.0644-0.0293-0.10750.00640.0105-0.14640.0136-0.09331.9108-0.39683.7471
22.0640.3874-0.06571.63330.11441.9199-0.0233-0.1335-0.01450.0840.0311-0.0131-0.03350.1014-0.0078-0.0922-0.00670.0156-0.1366-0.0059-0.106425.2687-0.194728.5924
32.3776-0.79650.47572.6317-0.53072.7123-0.1484-0.0080.32820.1637-0.0541-0.0825-0.19380.060.2024-0.0875-0.0095-0.0228-0.07450.01-0.014132.483529.3095-1.2313
42.54270.66360.57922.87680.1912.4958-0.17370.0020.3577-0.148-0.04280.0922-0.1690.00930.2165-0.0756-0.0051-0.017-0.0694-0.0138-0.00578.937729.5898-26.4157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 260
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 260
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 302
5X-RAY DIFFRACTION3C5 - 261
6X-RAY DIFFRACTION3C301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION4D5 - 260
8X-RAY DIFFRACTION4D301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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