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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yfy | ||||||
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タイトル | Plasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS625 | ||||||
要素 | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / alpha and beta protein / Transferase / methyltransferase activity / Inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methyltransferase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / methylation / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
Model details | Plasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS834 | ||||||
データ登録者 | Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Leartsakulpanich, U. / Schwertz, G. / Diederich, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: to be published 著者: Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yfy.cif.gz | 271.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yfy.ent.gz | 219.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yfy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yfy_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yfy_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5yfy_validation.xml.gz | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yfy_validation.cif.gz | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4tmrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49249.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) 遺伝子: PVC01_140059500, PVP01_1453700, PVT01_140059000 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1G4H5I1, UniProt: A5K8L9*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 % / Mosaicity: 0.516 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, 0.06-0.12 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 60821 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.022 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.026 / Χ2: 0.752 / Net I/σ(I): 38.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TMR 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 8.769 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.512 / ESU R Free: 0.296 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.28 Å2 / Biso mean: 30.021 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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