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- PDB-5xvf: Crystal Structure of PAK4 in complex with inhibitor CZH062 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvf
タイトルCrystal Structure of PAK4 in complex with inhibitor CZH062
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードTRANSFERASE / ATP binding pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell growth / adherens junction / positive regulation of angiogenesis / cell migration / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8FR / Serine/threonine-protein kinase PAK 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.655 Å
データ登録者Zhao, F. / Li, H.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Design of 6-Chloro-4-aminoquinazoline-2-carboxamide Derivatives as Potent and Selective p21-Activated Kinase 4 (PAK4) Inhibitors.
著者: Hao, C. / Zhao, F. / Song, H. / Guo, J. / Li, X. / Jiang, X. / Huan, R. / Song, S. / Zhang, Q. / Wang, R. / Wang, K. / Pang, Y. / Liu, T. / Lu, T. / Huang, W. / Wang, J. / Lin, B. / He, Z. / ...著者: Hao, C. / Zhao, F. / Song, H. / Guo, J. / Li, X. / Jiang, X. / Huan, R. / Song, S. / Zhang, Q. / Wang, R. / Wang, K. / Pang, Y. / Liu, T. / Lu, T. / Huang, W. / Wang, J. / Lin, B. / He, Z. / Li, H. / Li, F. / Zhao, D. / Cheng, M.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0412
ポリマ－32,6831
非ポリマー3581
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.404, 65.404, 180.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 32682.955 Da / 分子数: 1 / 断片: PAK4 Kinase Domain (UNP RESIDUES 300-588) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / プラスミド: pSUMOH10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-8FR / 2-(4-azanylpiperidin-1-yl)-6-chloranyl-N-(1-methylimidazol-4-yl)quinazolin-4-amine


分子量: 357.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20ClN7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 % / Mosaicity: 0.632 ° / Mosaicity esd: 0.008 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.2818 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 12074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 65.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.968 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 132467
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.7111.0755900.8720.3361.1281.393100
2.7-2.7410.90.855960.870.2670.8921.329100
2.74-2.811.10.685740.9250.2120.7131.338100
2.8-2.8510.90.6555860.90.2060.6871.294100
2.85-2.92110.5785810.9470.1810.6061.348100
2.92-2.9811.10.4775950.9640.1490.51.364100
2.98-3.0611.10.3685820.9680.1150.3861.385100
3.06-3.1411.10.2935870.980.0910.3071.477100
3.14-3.2311.30.2285910.990.0710.2391.48100
3.23-3.3411.20.1865900.9920.0580.1951.67100
3.34-3.4611.20.1596030.9940.0490.1661.763100
3.46-3.611.20.1235910.9970.0380.1292.035100
3.6-3.76110.1036000.9960.0320.1082.486100
3.76-3.9610.90.0895970.9970.0280.0932.854100
3.96-4.2110.60.0846100.9970.0270.0893.413100
4.21-4.5310.50.0696010.9990.0230.0733.69999.8
4.53-4.99110.0696190.9980.0220.0733.337100
4.99-5.7110.80.0566260.9980.0180.0592.139100
5.71-7.1911.50.0476530.9990.0140.0491.87100
7.19-5010.30.0327020.9990.0110.0341.71898.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2689精密化
DENZOデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2j0i

2j0i


解像度: 2.655→37.193 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 605 5.04 %
Rwork0.1935 11398 -
obs0.1965 12003 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.61 Å2 / Biso mean: 74.48 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.655→37.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 25 7 2322
Biso mean--65.72 66.26 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0443206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0631447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6546-2.92170.33171440.23362754289899
2.9217-3.34420.29351460.219427992945100
3.3442-4.21240.25691570.197528382995100
4.2124-37.19670.22441580.17830073165100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91310.9369-0.47863.00251.91991.6762-0.0609-0.00950.05550.3049-0.0347-0.4271-0.13740.0401-0.00010.56210.079-0.05020.3072-0.0230.471783.803938.1367203.2736
22.19081.67893.09480.79050.47711.75060.08950.0284-0.05910.1254-0.0613-0.060.2239-0.2052-0.00250.42610.08890.01060.3316-0.08530.397970.801433.8379192.854
32.13271.22372.2050.99550.07731.3397-0.5750.86270.2237-0.03270.17090.2066-0.51480.6848-0.0350.5299-0.1143-0.18220.57580.03130.452874.727441.8684177.9193
41.69121.70511.55250.8950.86141.5457-0.43620.1140.17740.0323-0.0736-0.356-0.4823-0.5237-0.04270.55560.169-0.18990.5104-0.0090.596961.603535.0757179.8942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 299 through 372 )A299 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 373 through 453 )A373 - 453
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 454 through 542 )A454 - 542
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 543 through 588 )A543 - 588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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