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- PDB-5x23: Crystal structure of CYP2C9 genetic variant A477T (*30) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x23
タイトルCrystal structure of CYP2C9 genetic variant A477T (*30) in complex with multiple losartan molecules
要素Cytochrome P450 2C9
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2C9 polymorphic mutant / Single Nucleotide Polymorphism / P450 2C9 genetic variant
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process ...arachidonate 14,15-epoxygenase activity / arachidonate 11,12-epoxygenase activity / amide metabolic process / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / urea metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / icosanoid biosynthetic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / caffeine oxidase activity / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / oxidative demethylation / Xenobiotics / steroid hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-LSN / PHOSPHATE ION / Cytochrome P450 2C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maekawa, K. / Adachi, M. / Shah, M.B.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
KAKENHI22590054 日本
KAKENHI25293128 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Single-Nucleotide Polymorphisms in Cytochrome P450 2C9
著者: Maekawa, K. / Adachi, M. / Matsuzawa, Y. / Zhang, Q. / Kuroki, R. / Saito, Y. / Shah, M.B.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2857
ポリマ－54,2661
非ポリマー2,0196
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.952, 142.273, 161.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2C9 / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / ...(R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / CYPIIC9 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P-450MP / Cytochrome P450 MP-4 / Cytochrome P450 MP-8 / Cytochrome P450 PB-1 / S-mephenytoin 4-hydroxylase


分子量: 54265.836 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-490 / 変異: A477T, V490I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2C9, CYP2C10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: P11712, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P11712, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.80, EC: 1.14.13.48, EC: 1.14.13.49, EC: 1.14.99.38

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非ポリマー , 5種, 203分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-LSN / [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol / Losartan / ロサルタン


分子量: 422.911 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN6O / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The N-terminal transmembrane anchor domain (residues 1-23 in P11712) was replaced with MAKKT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH8.5, 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.51 Å / Num. obs: 58476 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5733 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R9O

1r9o


解像度: 2→45.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.858 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25308 2964 5.1 %RANDOM
Rwork0.21738 ---
obs0.21923 55512 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 139 197 3996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5012.0265297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8445462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43524.32169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8215664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9291519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3330.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3751.52322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50323784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54131576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6424.51513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 237 -
Rwork0.478 3984 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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