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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wio | ||||||
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タイトル | TraE protein in complex with 4-(1H-pyrrol-1-yl)pyridine-2-carboxylic acid | ||||||
要素 | Conjugal transfer protein | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System / Fragment-Based Drug Design / Complex / Inhibitor / Antimicrobial Resistance / Bacterial secretion / VirB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Casu, B. / Arya, T. / Bessette, B. / Baron, C. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Fragment-based screening identifies novel targets for inhibitors of conjugative transfer of antimicrobial resistance by plasmid pKM101. 著者: Casu, B. / Arya, T. / Bessette, B. / Baron, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wio.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wio.ent.gz | 94.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wio_validation.pdf.gz | 477.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wio_full_validation.pdf.gz | 497.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wio_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wio_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wio | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18818.104 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 70-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: traE, B634_00049, BE957_00530, ECONIH1_27615, pec386IL_00125, pEcNDM0_00049, pHKU1_33, pKC394-028, pKC396-021, pMUR050_041, pN3_023 プラスミド: PHT / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q17U16 #2: 化合物 | ChemComp-XXE / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% (w/v) PEG 10,000, 50 mM Bis-Tris (pH 5.5), 100 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→39.478 Å / Num. obs: 26767 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 5.36 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5I97 解像度: 2.52→39.48 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.14
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→39.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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