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万見
- PDB-5whr: Discovery of a novel and selective IDO-1 inhibitor PF-06840003 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whr
タイトルDiscovery of a novel and selective IDO-1 inhibitor PF-06840003 and its characterization as a potential clinical candidate.
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/Inhibitor / Cancer immunotherapy / Small molecule inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of T cell apoptotic process / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / quinolinate biosynthetic process / : / stereocilium bundle / L-tryptophan catabolic process ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / positive regulation of T cell apoptotic process / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / quinolinate biosynthetic process / : / stereocilium bundle / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / immune system process / female pregnancy / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AOJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Kaiser, S.E. / Feng, J.L. / Stewart, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Novel and Selective Indoleamine 2,3-Dioxygenase (IDO-1) Inhibitor 3-(5-Fluoro-1H-indol-3-yl)pyrrolidine-2,5-dione (EOS200271/PF-06840003) and Its Characterization as a ...タイトル: Discovery of a Novel and Selective Indoleamine 2,3-Dioxygenase (IDO-1) Inhibitor 3-(5-Fluoro-1H-indol-3-yl)pyrrolidine-2,5-dione (EOS200271/PF-06840003) and Its Characterization as a Potential Clinical Candidate.
著者: Crosignani, S. / Bingham, P. / Bottemanne, P. / Cannelle, H. / Cauwenberghs, S. / Cordonnier, M. / Dalvie, D. / Deroose, F. / Feng, J.L. / Gomes, B. / Greasley, S. / Kaiser, S.E. / Kraus, M. ...著者: Crosignani, S. / Bingham, P. / Bottemanne, P. / Cannelle, H. / Cauwenberghs, S. / Cordonnier, M. / Dalvie, D. / Deroose, F. / Feng, J.L. / Gomes, B. / Greasley, S. / Kaiser, S.E. / Kraus, M. / Negrerie, M. / Maegley, K. / Miller, N. / Murray, B.W. / Schneider, M. / Soloweij, J. / Stewart, A.E. / Tumang, J. / Torti, V.R. / Van Den Eynde, B. / Wythes, M.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0336
ポリマ－88,3362
非ポリマー1,6974
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.200, 91.990, 131.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 44167.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-AOJ / (3R)-3-(5-fluoro-1H-indol-3-yl)pyrrolidine-2,5-dione


分子量: 232.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9FN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Hampton Research Peg/Ion screen condition #4 (20% PEG3350, 0.2M Lithium Chloride)

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射モノクロメーター: ACCEL DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→131 Å / Num. obs: 47881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 58.47 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.63 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 16558 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
autoXDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.28→65.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.188
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2257 4.74 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 47663 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.8053 Å20 Å20 Å2
2---6.0919 Å20 Å2
3----8.7134 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.28→65.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5870 0 120 269 6259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016163HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.088401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2073SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes141HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes951HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6163HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion761SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7213SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 160 4.63 %
Rwork0.2273 3297 -
all0.2291 3457 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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