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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5we9 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the influenza virus PA endonuclease in complex with inhibitor 7b (SRI-29731) | ||||||||||||
要素 | Polymerase acidic protein | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Virus / Nuclease / Transcription / Cap-snatching / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar, G. / White, S.W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Protein-Structure Assisted Optimization of 4,5-Dihydroxypyrimidine-6-Carboxamide Inhibitors of Influenza Virus Endonuclease. 著者: Beylkin, D. / Kumar, G. / Zhou, W. / Park, J. / Jeevan, T. / Lagisetti, C. / Harfoot, R. / Webby, R.J. / White, S.W. / Webb, T.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5we9.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5we9.ent.gz | 70.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5we9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5we9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5we9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5w3iC 5w44C 5w73C 5w7uC 5w92C 5w9gC 5wa6C 5wa7C 5wapC 5wb3C 5wcsC 5wctC 5wdcC 5wdnC 5wdwC 5webC 5wefC 5weiC 5wf3C 5wfmC 5wfwC 5wfzC 5wg9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21970.160 Da / 分子数: 1 変異: Loop 51-72 is replaced a GGS linker, C-terminal has residual His-tag 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3W5S0 |
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-非ポリマー , 5種, 130分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GY7 / |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 2 mM MnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9789 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19618 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 19.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 346860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.804→35.574 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.66 Å2 / Biso mean: 30.4329 Å2 / Biso min: 7.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.804→35.574 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.425 Å / Origin y: 75.618 Å / Origin z: 14.074 Å
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精密化 TLSグループ |
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