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- PDB-5wbe: COX-1:MOFEZOLAC COMPLEX STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wbe
タイトルCOX-1:MOFEZOLAC COMPLEX STRUCTURE
要素Prostaglandin G/H synthase 1
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / COX-1 / CYCLOOXYGENASE / PEROXIDASE / PROSTAGLANDIN / HEME / MOFEZOLAC / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily ...Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mofezolac / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Cingolani, G. / Panella, A. / Perrone, M.G. / Vitale, P. / Smith, W.L. / Scilimati, A.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Structural basis for selective inhibition of Cyclooxygenase-1 (COX-1) by diarylisoxazoles mofezolac and 3-(5-chlorofuran-2-yl)-5-methyl-4-phenylisoxazole (P6).
著者: Cingolani, G. / Panella, A. / Perrone, M.G. / Vitale, P. / Di Mauro, G. / Fortuna, C.G. / Armen, R.S. / Ferorelli, S. / Smith, W.L. / Scilimati, A.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 1
B: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,18615
ポリマ－137,8782
非ポリマー6,30813
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14120 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area42980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.925, 180.925, 104.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PHS 1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1


分子量: 68939.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: PTGS1, COX1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase

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糖 , 3種, 9分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 42分子

#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-63X / Mofezolac / [3,4-bis(4-methoxyphenyl)-1,2-oxazol-5-yl]acetic acid / モフェゾラク


分子量: 339.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5-0.9 M LiCl, 0.7 M sodium citrate pH 6.5, 1 mM sodium azide and 0.3 %(w/v) beta-OG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 50613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 59.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5021 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2722: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AYL

2ayl


解像度: 2.75→14.998 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1843 3.96 %
Rwork0.1952 --
obs0.1965 46586 92.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→14.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8950 0 430 39 9419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90513240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4325612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.82390.40251250.33842805X-RAY DIFFRACTION76
2.8239-2.90640.30491150.31392951X-RAY DIFFRACTION80
2.9064-2.99950.35451300.28443148X-RAY DIFFRACTION85
2.9995-3.10580.31691370.27013295X-RAY DIFFRACTION89
3.1058-3.2290.24341370.25143384X-RAY DIFFRACTION92
3.229-3.37430.29921410.24243466X-RAY DIFFRACTION94
3.3743-3.550.27031480.2173553X-RAY DIFFRACTION96
3.55-3.76910.2361490.19643612X-RAY DIFFRACTION98
3.7691-4.05480.20711480.17753645X-RAY DIFFRACTION98
4.0548-4.45310.18031550.16783684X-RAY DIFFRACTION99
4.4531-5.07550.19911530.15943688X-RAY DIFFRACTION99
5.0755-6.31420.19131470.18293737X-RAY DIFFRACTION100
6.3142-14.9980.20581580.15753775X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.526-0.3286-0.47450.40360.01760.77060.3286-0.00210.03690.384-0.1791-0.3230.60310.18610.00520.6785-0.0455-0.11250.950.08480.730136.9543133.539920.2199
21.1466-0.29-0.91991.2232-0.61471.35520.1187-0.2494-0.07980.42650.2562-0.75440.04540.4232-0.00830.41840.0147-0.10990.9927-0.07070.928650.1944161.457624.8251
30.3706-0.38480.45091.01320.07461.0902-0.04350.0138-0.17760.45420.1370.33330.4213-0.68390.01910.453-0.19410.02431.18960.07030.681323.2011144.653824.4898
40.2720.2962-0.35841.8015-0.22171.12190.11290.05840.08310.2375-0.0180.34610.1026-0.69960.01870.120.12410.05541.31060.06560.666919.1704168.181720.8909
50.8441-0.00180.72491.1450.30250.68410.0822-0.08330.28390.37160.06270.968-0.1567-0.6563-0.01610.49050.24660.10641.3990.02950.86277.235177.601220.8788
60.5987-0.32170.09582.5284-0.25952.2528-0.00220.02880.0962-0.0737-0.0768-0.0967-0.228-0.25180.00040.27440.10070.02580.9370.00910.565929.0904172.078415.85
72.3436-0.1052-0.02718.23-1.58210.3041-0.0711-0.3760.17820.6695-0.22510.0033-0.3058-0.3818-0.37720.51210.26210.24171.3969-0.10410.750113.9505178.258837.4611
81.1171-0.4650.14761.49950.91031.21670.0541-0.2602-0.06870.49280.0257-0.16290.3387-0.48480.00280.5856-0.06470.06441.13050.1010.60627.3476154.464137.153
91.3022-0.2147-0.26691.56390.33960.8529-0.0054-0.04190.09230.31970.0635-0.1449-0.2836-0.19750.00340.32030.03660.00190.9064-0.00970.591533.6509172.084920.9235
100.53580.30160.52930.32460.03380.91490.2391-0.0852-0.0782-0.2717-0.1834-0.2549-0.62130.08520.00510.66720.04860.11720.93020.09640.735436.9696179.8787-10.3803
111.1734-0.02880.90251.3049-0.58020.91110.0740.34050.0708-0.480.2245-0.739-0.02550.2941-0.00650.459-0.03330.11240.9426-0.06770.976750.1419151.7986-15.1365
120.52390.4283-0.50160.8862-0.09870.962-0.0336-0.02140.2163-0.41740.13620.2232-0.3753-0.62630.00540.47590.16690.00361.12510.07590.66623.2851169.0364-14.4859
130.3103-0.37380.27411.6067-0.18451.09020.1224-0.0202-0.0728-0.2314-0.08750.2519-0.0144-0.7809-0.00540.1417-0.1376-0.08571.30320.04120.65619.1585145.2477-11.0926
140.8435-0.1596-0.64361.12660.24310.4910.01790.3555-0.3236-0.34530.08330.97660.174-0.5869-0.00160.3973-0.316-0.13161.49980.05450.86587.2179135.839-11.0856
150.70040.495-0.01992.7112-0.41892.2543-0.0066-0.061-0.09750.0356-0.065-0.08790.2417-0.33260.0010.2788-0.1-0.03210.94530.0010.559429.0771141.3336-6.058
161.0214-0.435-0.00361.57270.11390.73390.05170.3063-0.1744-0.411-0.1103-0.02330.0499-0.5615-0.00680.5073-0.1345-0.15241.2954-0.01580.655117.8908142.4717-27.0284
170.85720.86060.29870.99630.06691.12120.15960.28650.2688-0.8066-0.0211-0.0393-0.6266-0.1973-0.00180.72340.10440.00461.08830.12630.668231.6995166.6925-27.801
181.5188-0.17770.2221.64850.16711.158-0.00010.059-0.1259-0.27690.039-0.19850.1962-0.24910.00360.3072-0.0561-0.00080.9031-0.0080.600433.5598141.1707-11.1565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 181 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 253 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 295 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 296 through 390 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 391 through 418 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 419 through 508 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 509 through 584 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 73 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 74 through 123 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 124 through 181 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 182 through 253 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 254 through 295 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 296 through 390 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 391 through 457 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 458 through 508 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 509 through 584 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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