PDB-5w8h: Crystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w8h

タイトル

Crystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhibitor compound 11

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lukacs, C.M. / Dranow, D.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of Potent, Cell-Active Pyrazole-Based Inhibitors of Lactate Dehydrogenase (LDH).
著者: Rai, G. / Brimacombe, K.R. / Mott, B.T. / Urban, D.J. / Hu, X. / Yang, S.M. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Kouznetsova, J. / Benavides, G.A. / Pohida, K. / Kuenstner, E.J. / Luci, D.K. / Lukacs, ...

履歴

登録	2017年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w8h.cif.gz	531.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w8h.ent.gz	438.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w8h_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w8h_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5w8h_validation.xml.gz	57.2 KB	表示
CIF形式データ	5w8h_validation.cif.gz	84.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w8iC 5w8jC 5w8kC 5w8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p6u-2 5nqb-d 5es3-1 4i8x-2 1v6a-1 5zjf-3 6p6u-1 4m49-d 5es3-2 6zzr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.730, 81.210, 120.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-809- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36734.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

#1: タンパク質

L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...

分子量: 36734.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1004分子

#2: 化合物	ChemComp-9Y1 / 2-[3-(4-fluorophenyl)-5-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 357.283 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₇F₄N₃O₂S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 24% PEG 3350, 200 mM Sodium Malonate, pH 6.8, 10% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 131874 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.63 % / B_iso Wilson estimate: 19.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.38
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.68 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: proprietary structure of the same target

解像度: 1.8→48.17 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	6602	5.01 %
R_work	0.147	-	-
obs	0.148	131863	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.89 Å² / B_iso mean: 24.5716 Å² / B_iso min: 7.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10014	0	215	987	11216
B_iso mean	-	-	44.9	34.9	-
残基数	-	-	-	-	1320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	10752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	14676
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.325	3995

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.82 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	200	-
R_work	0.215	4136	-
all	-	4336	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7925	-0.767	-0.4009	0.8435	0.5823	0.5534	0.1312	-0.1432	0.4728	-0.3207	0.1281	-0.6559	-0.3578	0.1936	0.0331	0.2293	-0.005	0.0367	0.3066	0.0098	0.2229	49.1855	-3.2688	7.321
2	0.7948	-0.204	-0.4023	2.2284	-0.2616	0.6113	-0.0134	-0.0459	0.0996	0.1233	0.0175	-0.1873	-0.1741	0.226	-0.0043	0.1604	-0.0646	-0.0187	0.1256	-0.001	0.0985	47.2229	14.0091	32.2516
3	1.0322	-0.0344	-0.0104	0.5024	-0.0592	0.4313	-0.0409	-0.1884	0.0697	0.1859	0.0415	0.03	-0.2224	-0.033	-0.002	0.2368	0.0332	0.0251	0.1156	-0.0167	0.132	26.6404	17.1792	43.7225
4	0.4187	0.0663	0.2775	0.5333	-0.1134	0.385	-0.0358	0.0512	0.3726	0.1374	0.0174	0.1324	-0.4756	-0.0054	0.0023	0.4124	-0.0258	0.022	0.0984	-0.0386	0.2394	32.3672	32.1221	38.5429
5	0.2757	-0.3524	0.1749	0.5519	0.0497	0.2518	0.0114	-0.1267	-0.1004	0.0789	0.0041	0.1979	-0.0926	-0.1807	0.0002	0.1863	0.0207	0.0347	0.1799	0.0029	0.1492	22.5125	-1.4969	45.455
6	0.3359	-0.2399	-0.3193	0.9879	0.0544	0.3138	-0.0285	-0.1411	0.0152	0.2474	0.0377	0.113	-0.0983	-0.0408	-0	0.155	0.0072	0.0203	0.1375	0.0069	0.1292	30.9756	-3.7039	47.7843
7	0.5463	-0.1431	0.33	0.4148	-0.1023	1.4794	0.0184	-0.0382	-0.0643	0.097	0.0057	-0.0506	0.0088	0.0262	-0.0003	0.0865	-0.0043	-0.0082	0.0636	-0.0015	0.1015	43.6501	-18.0117	42.2616
8	0.5539	-0.1841	-0.0679	0.4076	0.1124	1.4087	0.0103	0.0634	-0.0663	0.0133	0.0045	-0.0584	0.0779	0.1371	0.0019	0.0822	0.0146	-0.0156	0.0948	-0.0052	0.1025	46.5398	-18.9908	27.4787
9	0.3488	-0.0912	-0.1501	0.1897	0.2264	0.3674	-0.0324	-0.0918	-0.2144	0.1045	0.1062	-0.0123	0.2466	-0.0604	0.0076	0.1881	-0.0137	-0.016	0.1447	0.007	0.2114	20.0622	-18.9184	24.8311
10	0.5123	-0.2815	-0.5112	0.4368	0.0647	0.6857	-0.038	0.0321	-0.202	-0.0439	0.0433	0.0715	0.1587	-0.1267	-0	0.1197	-0.0196	-0.0186	0.15	0.0271	0.1973	12.6477	-15.2883	21.5799
11	0.8063	0.5067	0.0775	0.874	0.0458	0.5529	-0.0393	0.0401	0.1133	-0.0881	0.0719	0.2071	-0.1485	-0.2165	0.0002	0.1373	0.0599	0.0083	0.2034	0.0331	0.1858	3.2884	6.1796	28.0448
12	0.5153	0.4306	0.1145	0.3714	0.1468	0.6225	0.0547	-0.258	0.0919	0.1965	-0.0059	0.2687	-0.1946	-0.4264	0.0059	0.1534	0.1041	0.055	0.331	0.0218	0.2845	-5.2932	6.3594	38.2344
13	0.271	-0.1172	-0.0517	0.0948	-0.0073	0.5565	-0.0657	0.1032	0.1963	0.0979	0.1157	0.0416	-0.3716	0.0114	0.0045	0.2598	0.0192	0.0076	0.1113	0.0294	0.1976	22.0475	15.0966	16.776
14	0.8433	-0.3659	-0.4205	0.7837	0.0863	1.1592	0.0599	0.0995	0.0169	-0.0441	-0.0371	0.1031	-0.1442	-0.0719	-0.0001	0.1065	-0.0037	-0.0174	0.131	0.032	0.1272	22.4635	4.9501	1.3275
15	0.5279	0.0431	0.1395	0.6885	-0.0451	0.6523	0.049	0.0979	-0.0902	-0.0841	0.0329	0.1436	0.1716	-0.011	-0	0.1034	0.0089	-0.0169	0.1239	-0.0039	0.129	32.4203	-18.2072	9.1136
16	0.9826	-0.5122	0.0486	0.8758	0.1242	1.4102	0.0735	0.221	-0.1938	-0.085	-0.078	0.085	0.1542	-0.0265	0.003	0.1283	0.0168	-0.0152	0.1803	-0.0279	0.1199	32.2168	-13.7822	1.9727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 150 )	A	21 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 275 )	A	151 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 331 )	A	276 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 41 )	B	1 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 93 )	B	42 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 177 )	B	94 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 178 through 308 )	B	178 - 308
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 40 )	C	1 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 41 through 93 )	C	41 - 93
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 94 through 275)	C	94 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 276 through 331 )	C	276 - 331
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 40 )	D	1 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 41 through 150 )	D	41 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 151 through 213 )	D	151 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 214 through 331)	D	214 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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検証レポート

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関連構造データ

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集合体

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

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非ポリマー , 6種, 1004分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)