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万見
- PDB-5w5o: Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5o
タイトルIdentification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases.
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Inhibitor / Kinase / Tetartohedral winning / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / caspase binding / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / xenophagy / LIM domain binding ...response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / caspase binding / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / xenophagy / LIM domain binding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN kinase kinase kinase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of JNK cascade / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / cytokine-mediated signaling pathway / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / vesicle / adaptive immune response / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9XA / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Kreusch, A. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Identification of Potent and Selective RIPK2 Inhibitors for the Treatment of Inflammatory Diseases.
著者: He, X. / Da Ros, S. / Nelson, J. / Zhu, X. / Jiang, T. / Okram, B. / Jiang, S. / Michellys, P.Y. / Iskandar, M. / Espinola, S. / Jia, Y. / Bursulaya, B. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Spraggon, ...著者: He, X. / Da Ros, S. / Nelson, J. / Zhu, X. / Jiang, T. / Okram, B. / Jiang, S. / Michellys, P.Y. / Iskandar, M. / Espinola, S. / Jia, Y. / Bursulaya, B. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Spraggon, G. / Baaten, J. / Clemmer, L. / Meeusen, S. / Huang, D. / Hill, R. / Nguyen-Tran, V. / Fathman, J. / Liu, B. / Tuntland, T. / Gordon, P. / Hollenbeck, T. / Ng, K. / Shi, J. / Bordone, L. / Liu, H.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
E: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
F: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
G: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
H: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
I: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
J: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
K: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
L: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
M: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
N: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
O: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
P: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)578,09532
ポリマ－569,98316
非ポリマー8,11316
水5,477304
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
2
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
3
E: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
F: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
4
G: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
H: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
5
I: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
J: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
6
K: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
L: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
7
M: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
N: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
8
O: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
P: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2624
ポリマ－71,2482
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.308, 107.475, 210.193
Angle α, β, γ (deg.)90.15, 89.77, 89.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ...CARD-containing interleukin-1 beta-converting enzyme-associated kinase / CARD-containing IL-1 beta ICE-kinase / RIP-like-interacting CLARP kinase / Receptor-interacting protein 2 / RIP-2 / Tyrosine-protein kinase RIPK2


分子量: 35623.910 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 2-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RIPK2, CARDIAK, RICK, RIP2, UNQ277/PRO314/PRO34092
発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): sf9
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-9XA / 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine


分子量: 507.049 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31ClN6O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→48 Å / Num. obs: 138963 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 83.03 Å2 / CC1/2: 0.238 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.89→3 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 10631 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished structure

解像度: 2.89→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8591 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.626 / SU Rfree Blow DPI: 0.365
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 6905 4.97 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.2191 132160 88.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.1043 Å23.6724 Å2-4.8853 Å2
2---3.1938 Å20.307 Å2
3---16.2981 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.89→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34833 0 544 304 35681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0136381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1249782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11825SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes744HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5233HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it36381HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4792SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact41668SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 282 4.68 %
Rwork0.2044 5739 -
all0.2053 6021 -
obs--88.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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