PDB-5vps: Crystal structure of an SDR from Burkholderia ambifaria in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vps

タイトル

Crystal structure of an SDR from Burkholderia ambifaria in complex with NADPH with a TCEP adduct

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SGCID / short chain / dehydrogenase / reductase / NADP / NADPH / TCEP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Cautionary Tale of Using Tris(alkyl)phosphine Reducing Agents with NAD+-Dependent Enzymes.
著者: Patel, S.M. / Smith, T.G. / Morton, M. / Stiers, K.M. / Seravalli, J. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Tanner, J.J. / Becker, D.F.

履歴

登録	2017年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vps.cif.gz	120.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vps.ent.gz	90.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vps_validation.pdf.gz	751.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vps_full_validation.pdf.gz	755.7 KB	表示
XML形式データ	5vps_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5vps_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/5vps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uan-1 2dds-1 2dds-3 2g19-d 4d11-4 1g7u-d 3bd0-3 2h8e-1 5w07-d 5vrl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.090, 64.090, 119.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-646- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 27644.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_2208 / プラスミド: BuamA.00010.o.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1YU47
#2: 化合物	ChemComp-9G1 / [(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]piperidin-4-yl]-tris(3-hydroxy-3-oxopropyl)phosphanium 分子量: 998.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₈N₇O₂₃P₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MCSG1 G4 (291317g4): 100mM Potassium tartrate, 20% PEG3350, 8mM NADP, protein conc. 20.8mg/mL, cryo 20% ethylene glycol: puck ID opk4-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月3日

放射

モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 44832 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.158 % / B_iso Wilson estimate: 12.93 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 30

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.45-1.49	7.15	0.574	3.44	3280	0.863	0.619	100
1.49-1.53	8.449	0.464	4.81	3162	0.938	0.494	100
1.53-1.57	9.227	0.364	6.51	3078	0.968	0.385	100
1.57-1.62	10.344	0.297	8.5	3004	0.976	0.312	100
1.62-1.67	10.859	0.25	10.38	2907	0.986	0.263	100
1.67-1.73	10.819	0.202	12.9	2836	0.99	0.213	100
1.73-1.8	10.884	0.159	15.96	2715	0.994	0.167	100
1.8-1.87	10.854	0.116	21.43	2632	0.997	0.121	100
1.87-1.96	10.84	0.091	26.64	2539	0.997	0.095	100
1.96-2.05	10.859	0.069	33.43	2429	0.999	0.072	100
2.05-2.16	10.806	0.055	39.82	2314	0.999	0.058	100
2.16-2.29	10.795	0.046	46.15	2191	0.999	0.049	100
2.29-2.45	10.813	0.041	50.67	2083	0.999	0.043	100
2.45-2.65	10.728	0.037	55.66	1925	0.999	0.039	100
2.65-2.9	10.591	0.033	61.77	1793	0.999	0.035	100
2.9-3.24	10.456	0.03	67.73	1636	0.999	0.031	100
3.24-3.74	10.374	0.027	74.06	1457	1	0.028	99.9
3.74-4.59	10.278	0.024	78.89	1253	0.999	0.025	99.9
4.59-6.48	10.155	0.023	77.5	1002	1	0.024	100
6.48-50	9.089	0.022	76.59	596	1	0.023	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_2744: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5idx

5idx

解像度: 1.45→34 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	1998	4.46 %
R_work	0.148	-	-
obs	0.149	44828	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1872	0	72	358	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	2756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.786	726
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4501-1.4863	0.1765	133	0.1899	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4863-1.5265	0.2263	139	0.1784	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5265-1.5714	0.1901	130	0.1621	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5714-1.6222	0.1891	123	0.1534	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6222-1.6801	0.1817	155	0.1546	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6801-1.7474	0.1496	133	0.1526	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7474-1.8269	0.1712	146	0.1486	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.9232	0.1475	141	0.1452	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9232-2.0437	0.1572	135	0.1477	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0437-2.2015	0.1625	139	0.1466	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.423	0.1523	159	0.1435	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.7735	0.166	151	0.1482	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7735-3.4937	0.1561	169	0.1421	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4937-33.773	0.1632	145	0.1414	3325	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2985	-0.4465	-1.8431	1.3693	1.1142	3.2933	0.0523	-0.1694	-0.1573	0.0298	-0.0422	0.1591	0.1799	-0.0863	0.0192	0.1209	-0.0332	-0.0441	0.0898	0.0207	0.1295	-19.9732	-18.858	-11.7063
2	1.3531	0.1553	-0.153	1.0482	0.0431	0.7638	-0.001	0.1077	-0.0561	-0.1868	0.0331	0.0185	0.0937	-0.1131	-0.0265	0.1596	-0.0101	-0.0422	0.0951	-0.0098	0.1007	-14.1569	-19.8614	-21.3174
3	8.2495	0.6676	-0.8011	1.1238	-0.0292	1.4348	0.0096	0.4981	-0.1145	-0.1888	0.0946	-0.0736	-0.0397	-0.0158	-0.089	0.1587	0.0103	-0.0097	0.0743	-0.0174	0.0911	-5.3948	-4.5285	-22.855
4	1.0389	0.0363	-0.148	1.0061	-0.1119	0.9206	0.0091	-0.0089	0.035	-0.0574	0.0236	0.0076	-0.0016	-0.0319	-0.0357	0.0866	0.0039	-0.0133	0.0589	-0.0034	0.0628	-6.8357	-6.83	-11.1998
5	7.6117	-3.8955	-1.4368	4.7352	0.4961	2.1388	0.1493	0.1216	0.257	-0.2197	-0.0943	-0.1718	-0.2288	-0.0524	-0.064	0.2339	-0.0122	0.0524	0.1289	-0.0038	0.1648	9.9032	-24.4805	-15.6026
6	6.9127	-5.1285	-6.5702	7.1018	5.7233	7.0059	-0.2181	-0.514	0.1235	-0.0985	0.399	-0.3533	0.0293	0.5603	-0.1644	0.1623	-0.0062	-0.0065	0.1417	0.0123	0.1674	11.9045	-26.964	-6.2217
7	2.3475	-0.9107	0.0822	0.9702	-0.0281	0.3373	0.0028	-0.0513	-0.0375	-0.0123	0.0244	0.0093	0.0248	-0.0194	-0.024	0.1053	0.0015	-0.0064	0.0907	0.008	0.0705	-8.0428	-13.9979	-2.5661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 131 THROUGH 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 189 THROUGH 202 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 203 THROUGH 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 217 THROUGH 259 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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