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万見
- PDB-5vlr: CRYSTAL STRUCTURE OF PI3K DELTA IN COMPLEX WITH A TRIFLUORO-ETHYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vlr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PI3K DELTA IN COMPLEX WITH A TRIFLUORO-ETHYL-PYRAZOL-PYROLOTRIAZINE INHIBITOR
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR / LIPID KINASE / INHIBITOR / PI3K DELTA / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / mast cell chemotaxis / mast cell differentiation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / natural killer cell differentiation / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation ...B cell chemotaxis / mast cell chemotaxis / mast cell differentiation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / natural killer cell differentiation / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol kinase activity / positive regulation of focal adhesion disassembly / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / respiratory burst involved in defense response / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / T cell chemotaxis / cis-Golgi network / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of stress fiber assembly / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / natural killer cell activation / RHOF GTPase cycle / kinase activator activity / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by LTK / positive regulation of leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / RND1 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / RND2 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND3 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / Signaling by ALK / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOV GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / natural killer cell mediated cytotoxicity / RHOB GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / phosphatidylinositol-mediated signaling / mast cell degranulation / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular glucose homeostasis / RHOU GTPase cycle / B cell activation / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / T cell differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / enzyme-substrate adaptor activity / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EM / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sack, J.S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Identification of a Potent, Selective, and Efficacious Phosphatidylinositol 3-Kinase delta (PI3K delta ) Inhibitor for the Treatment of Immunological Disorders.
著者: Liu, Q. / Shi, Q. / Marcoux, D. / Batt, D.G. / Cornelius, L. / Qin, L.Y. / Ruan, Z. / Neels, J. / Beaudoin-Bertrand, M. / Srivastava, A.S. / Li, L. / Cherney, R.J. / Gong, H. / Watterson, S.H. ...著者: Liu, Q. / Shi, Q. / Marcoux, D. / Batt, D.G. / Cornelius, L. / Qin, L.Y. / Ruan, Z. / Neels, J. / Beaudoin-Bertrand, M. / Srivastava, A.S. / Li, L. / Cherney, R.J. / Gong, H. / Watterson, S.H. / Weigelt, C. / Gillooly, K.M. / McIntyre, K.W. / Xie, J.H. / Obermeier, M.T. / Fura, A. / Sleczka, B. / Stefanski, K. / Fancher, R.M. / Padmanabhan, S. / Rp, T. / Kundu, I. / Rajareddy, K. / Smith, R. / Hennan, J.K. / Xing, D. / Fan, J. / Levesque, P.C. / Ruan, Q. / Pitt, S. / Zhang, R. / Pedicord, D. / Pan, J. / Yarde, M. / Lu, H. / Lippy, J. / Goldstine, C. / Skala, S. / Rampulla, R.A. / Mathur, A. / Gupta, A. / Arunachalam, P.N. / Sack, J.S. / Muckelbauer, J.K. / Cvijic, M.E. / Salter-Cid, L.M. / Bhide, R.S. / Poss, M.A. / Hynes, J. / Carter, P.H. / Macor, J.E. / Ruepp, S. / Schieven, G.L. / Tino, J.A.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4793
ポリマ－136,9532
非ポリマー5271
水43224
1
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4852
ポリマ－115,9591
非ポリマー5271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9941
ポリマ－20,9941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area49380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.847, 108.579, 142.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 115958.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20993.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-9EM / 4-acetyl-1-(3-{4-amino-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazol-5-yl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl}phenyl)-3,3-dimethylpiperazin-2-one


分子量: 526.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25F3N8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: NULL, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→86.39 Å / Num. obs: 34160 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 89.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 22.27
反射 シェル解像度: 2.8→3.05 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique all: 7593 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 2.823 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.984 / SU Rfree Blow DPI: 0.384 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.392
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 709 2.08 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 34158 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.0135 Å20 Å20 Å2
2---10.345 Å20 Å2
3---24.3585 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8386 0 38 24 8448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018599HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1511661HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2912SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1295HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8599HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1120SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9825SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 -2.12 %
Rwork0.2516 2910 -
all0.2526 2973 -
obs--98.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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