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- PDB-5v9p: Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v9p
タイトルCrystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone (compound 35) in complex with KDM5A
要素(Lysine-specific demethylase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / epigenetics / histone demethylase / cancer / inhibitor / selective / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger ...: / : / : / : / : / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Lysine-specific demethylase-like domain / PLU-1-like protein / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-90S / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Liang, J. / Vinogradova, M.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: From a novel HTS hit to potent, selective, and orally bioavailable KDM5 inhibitors.
著者: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / ...著者: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / Liu, Y. / Gustafson, A. / Van der Porten, E. / Mao, W. / Liederer, B.M. / Deshmukh, G. / An, L. / Ran, Y. / Classon, M. / Trojer, P. / Dragovich, P.S. / Murray, L.
履歴
登録2017年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 5A
B: Lysine-specific demethylase 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2117
ポリマ－91,5732
非ポリマー6385
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.949, 158.949, 90.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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Lysine-specific demethylase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 5A / Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding ...Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding protein 2 / RBBP-2 / KDM5A


分子量: 90703.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / プラスミド: pACGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P29375, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド Lysine-specific demethylase 5A / Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding ...Histone demethylase JARID1A / Jumonji/ARID domain-containing protein 1A / Retinoblastoma-binding protein 2 / RBBP-2 / KDM5A


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / Fragment: Internal region with unknown reference frame / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5A, JARID1A, RBBP2, RBP2 / プラスミド: pACGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9

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非ポリマー , 5種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-90S / [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone


分子量: 352.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18BrN5O
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: 200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. obs: 26796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 51.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.057.20.8120.6540.3240.8750.766100
3.05-3.117.40.6980.8080.2740.7510.791100
3.11-3.177.40.5920.8350.2320.6360.79499.9
3.17-3.237.50.50.9040.1940.5370.796100
3.23-3.37.60.4250.9290.1640.4560.82100
3.3-3.387.70.350.9510.1340.3750.856100
3.38-3.467.70.310.9650.1190.3320.906100
3.46-3.567.80.2360.9830.0890.2530.87100
3.56-3.6680.2080.9870.0770.2220.876100
3.66-3.788.20.1730.990.0630.1840.948100
3.78-3.918.10.1330.9930.0490.1420.866100
3.91-4.078.10.0960.9970.0350.1020.77999.9
4.07-4.268.30.0750.9980.0270.080.754100
4.26-4.488.50.0660.9980.0240.070.816100
4.48-4.768.40.0590.9980.0220.0630.80199.9
4.76-5.138.50.0680.9970.0250.0731.064100
5.13-5.648.50.0770.9960.0280.0821.426100
5.64-6.458.40.0790.9960.0280.0841.618100
6.45-8.118.40.0490.9980.0180.0520.962100
8.11-3580.0230.9990.0090.0250.3899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5CEH

5ceh


解像度: 3→34.163 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1153 4.9 %
Rwork0.2157 --
obs0.2173 23523 87.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.02 Å2 / Biso mean: 61.5634 Å2 / Biso min: 10.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→34.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4590 0 93 12 4695
Biso mean--62.59 24.85 -
残基数----577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.946538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2872856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9946-3.13080.3449680.29851721178954
3.1308-3.29570.35541070.27542108221567
3.2957-3.5020.29381350.25822594272982
3.502-3.77210.2841960.23553050324697
3.7721-4.15110.23711600.201331713331100
4.1511-4.75040.19541700.174431753345100
4.7504-5.97980.21131470.195732393386100
5.9798-34.16570.24431700.215233123482100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43780.6995-0.10270.6888-0.47130.526-0.03590.2155-0.459-0.12130.008-0.20750.20930.0052-0.22610.3985-0.1631-0.12450.2111-0.08240.2517-50.645531.2528.1327
21.06-0.4294-0.1590.45250.15940.2883-0.006-0.1328-0.07150.22610.1480.1357-0.0542-0.06390.1730.1878-0.0840.18350.3762-0.08830.3945-57.181654.952130.0396
31.3654-0.1188-0.63161.0411-0.15830.5448-0.0322-0.4526-0.194-0.0527-0.185-0.74770.16580.4414-0.30190.2044-0.03920.1750.620.10490.5345-55.484667.342135.4393
41.34380.10390.14391.45770.20151.02560.1118-0.2571-0.01540.1031-0.00830.10880.1857-0.1131-0.11710.2289-0.0968-0.02770.25150.02130.153-51.11543.40320.2254
51.28760.3006-0.08891.3413-0.23011.03240.01570.35520.8567-0.1708-0.05590.2508-0.4006-0.0998-0.01370.4281-0.0426-0.0260.32270.15410.425-54.888360.40111.4117
60.77470.29710.08490.1206-0.05770.8698-0.1860.55770.1437-0.55910.32240.05690.0376-0.078-0.08481.146-0.0670.09350.79110.10960.6767-51.46254.7637-13.4606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 62 )A12 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 100 )A63 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 173 )A101 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 565 )A174 - 565
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 566 through 699 )A566 - 699
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 700 through 785 )A700 - 785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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