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- PDB-5v9p: Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v9p | ||||||
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Title | Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone (compound 35) in complex with KDM5A | ||||||
![]() | (Lysine-specific demethylase ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / epigenetics / histone demethylase / cancer / inhibitor / selective / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones ...facultative heterochromatin formation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / enzyme inhibitor activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / circadian regulation of gene expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiefer, J.R. / Liang, J. / Vinogradova, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: From a novel HTS hit to potent, selective, and orally bioavailable KDM5 inhibitors. Authors: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. ...Authors: Liang, J. / Labadie, S. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Patel, S. / Vinogradova, M. / Kiefer, J.R. / Mauer, T. / Gehling, V.S. / Harmange, J.C. / Cummings, R. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / Liu, Y. / Gustafson, A. / Van der Porten, E. / Mao, W. / Liederer, B.M. / Deshmukh, G. / An, L. / Ran, Y. / Classon, M. / Trojer, P. / Dragovich, P.S. / Murray, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5v9tC ![]() 5cehS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Lysine-specific demethylase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 90703.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P29375, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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#2: Protein/peptide | Mass: 869.063 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Internal region with unknown reference frame Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 5 types, 17 molecules ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/90S.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/90S.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NI / | ||||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-90S / [( | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.3 Details: 200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→35 Å / Num. obs: 26796 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 51.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5CEH Resolution: 3→34.163 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 26.13
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 221.02 Å2 / Biso mean: 61.5634 Å2 / Biso min: 10.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→34.163 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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