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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v8k | ||||||
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タイトル | Homodimeric reaction center of H. modesticaldum | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / reaction center / homodimeric | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gisriel, C. / Sarrou, I. / Ferlez, B. / Golbeck, J. / Redding, K.E. / Fromme, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a symmetric photosynthetic reaction center-photosystem. 著者: Gisriel, C. / Sarrou, I. / Ferlez, B. / Golbeck, J.H. / Redding, K.E. / Fromme, R. #1: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of cyanobacterial photosystem I at 2.5 A resolution. 著者: Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N. #2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 1984 タイトル: X-ray structure analysis of a membrane protein complex. Electron density map at 3 A resolution and a model of the chromophores of the photosynthetic reaction center from Rhodopseudomonas viridis. 著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of the RC-LH1 core complex from Rhodopseudomonas palustris. 著者: Roszak, A.W. / Howard, T.D. / Southall, J. / Gardiner, A.T. / Law, C.J. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. #4: ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2012 タイトル: Purification of the photosynthetic reaction center from Heliobacterium modesticaldum. 著者: Sarrou, I. / Khan, Z. / Cowgill, J. / Lin, S. / Brune, D. / Romberger, S. / Golbeck, J.H. / Redding, K.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 4分子 AB![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 66920.359 Da / 分子数: 1 / 断片: reaction center protein / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q1MX24 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3053.593 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-37 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 51547 / Ice1 / 参照: UniProt: B0TAT4 |
#9: 糖 |
-非ポリマー , 8種, 275分子 ![](data/chem/img/GB0.gif)
![](data/chem/img/GBF.gif)
![](data/chem/img/AOH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/DGG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/C4D.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GBF.gif)
![](data/chem/img/AOH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/DGG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/C4D.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GBF / #5: 化合物 | ChemComp-AOH / | #6: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-C4D / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: 0.3 mM HbRC, 100 mM Tris-HCl (ph 8.2), 600 mM NH4Cl, 0.02 % b-DDM, up to 1% n-heptyl-b-D-glucopyranoside, up to 20 % PEG 500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0088 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→29.1 Å / Num. obs: 61415 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 41.31 Å2 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / % possible all: 89 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→29.08 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.67 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT FROM 1JB0 DERIVED MODELS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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