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万見
- PDB-5v61: Phospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v61
タイトルPhospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP2
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • Ribosomal protein S6 kinase alpha-1,Protein Tat
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / MAPK / phosphorylation / cancer / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / trans-activation response element binding / Interactions of Tat with host cellular proteins / regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / RNA polymerase core enzyme binding / ribosomal protein S6 kinase activity / positive regulation of viral transcription / hepatocyte proliferation ...symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / trans-activation response element binding / Interactions of Tat with host cellular proteins / regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / RNA polymerase core enzyme binding / ribosomal protein S6 kinase activity / positive regulation of viral transcription / hepatocyte proliferation / CREB phosphorylation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / phospho-PLA2 pathway / symbiont-mediated evasion of host immune response / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / host cell nucleolus / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cytosine metabolic process / cardiac neural crest cell development involved in heart development / interleukin-34-mediated signaling pathway / caveolin-mediated endocytosis / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / Signaling by MAP2K mutants / RSK activation / ERKs are inactivated / transcription regulator activator activity / Regulation of the apoptosome activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / host-mediated activation of viral transcription / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / negative regulation of TOR signaling / actinin binding / : / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of neuroinflammatory response / Frs2-mediated activation / histone acetyltransferase binding / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / ERK/MAPK targets / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / face development / Bergmann glial cell differentiation / Recycling pathway of L1 / thyroid gland development / positive regulation of telomere maintenance / lung morphogenesis / pseudopodium / TORC1 signaling / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / molecular sequestering activity / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Signal attenuation / Growth hormone receptor signaling / Schwann cell development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / stress-activated MAPK cascade / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / phosphatase binding / nucleosome binding / RNA-binding transcription regulator activity / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-90A / Chem-FRZ / Protein Tat / Mitogen-activated protein kinase 1 / Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lechtenberg, B.C. / Riedl, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA160457 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Strategy for the Development of Potent Bivalent ERK Inhibitors.
著者: Lechtenberg, B.C. / Mace, P.D. / Sessions, E.H. / Williamson, R. / Stalder, R. / Wallez, Y. / Roth, G.P. / Riedl, S.J. / Pasquale, E.B.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
I: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1,Protein Tat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6987
ポリマ－44,7872
非ポリマー9115
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.217, 78.328, 152.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41258.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S6 kinase alpha-1,Protein Tat / S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase ...S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase 1a / MAPKAPK-1a / Ribosomal S6 kinase 1 / RSK-1 / Transactivating regulatory protein


分子量: 3529.271 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q15418 residues 713-729, UNP P04608 residues 730-738
由来タイプ: 合成 / 詳細: RSK1 peptide
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト), (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q15418, UniProt: P04608, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 97分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FRZ / 5-(2-PHENYLPYRAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-3-YL)-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDAZIN-3-AMINE / FR180204


分子量: 327.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13N7
#5: 化合物 ChemComp-90A / 2-oxo-6,9,12,15-tetraoxa-3-azaoctadecan-18-oic acid


分子量: 307.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H25NO7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細Ligand 90A links FRZ and inhibitor RSK1 peptide to form bivalent ERK inhibitor SBP2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 45% v/v polypropylene glycol P400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.82 Å / Num. obs: 26480 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.569 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
CrystalClearデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ERK

2erk


解像度: 2.2→19.82 Å / SU B: 12.483 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.17
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1371 5.2 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 25051 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 18 92 3157
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1256-0.08730.0881.2293-0.2253.41970.0806-0.0514-0.0695-0.33520.04590.04420.077-0.1945-0.12650.2296-0.01110.00160.01830.01290.0122-6.76218.3-23.878
29.0907-2.78681.186912.2737-4.30143.0032-0.0103-0.8731.5021-0.05130.16350.7719-0.9874-0.3823-0.15320.85450.1163-0.00210.477-0.17320.4053-8.61336.264-14.082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 359
2X-RAY DIFFRACTION2I711 - 727

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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