+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v12 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Carbon Sulfoxide lyase, Egt2 Y134F with sulfenic acid intermediate | ||||||||||||
![]() | (Hercynylcysteine sulfoxide lyase) x 2 | ||||||||||||
![]() | LYASE / C-S lyase / PLP dependent | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() hercynylcysteine sulfoxide lyase activity (ergothioneine-forming) / 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Irani, S. / Zhang, Y. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Snapshots of C-S Cleavage in Egt2 Reveals Substrate Specificity and Reaction Mechanism. 著者: Irani, S. / Naowarojna, N. / Tang, Y. / Kathuria, K.R. / Wang, S. / Dhembi, A. / Lee, N. / Yan, W. / Lyu, H. / Costello, C.E. / Liu, P. / Zhang, Y.J. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 696.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 570.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 565.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 618.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 126 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 167.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Dimer as determined by gel filtration |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56426.262 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: egt-2, NCU11365 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A7UX13, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - #2: タンパク質 | | 分子量: 56513.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: egt-2, NCU11365 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A7UX13, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, 200mM sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 146021 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 8.46 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UTS 解像度: 2.451→49.577 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.33
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.451→49.577 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|