PDB-5uwf: Crystal structure of human PDE10A in complex with inhibitor 16d

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uwf

タイトル

Crystal structure of human PDE10A in complex with inhibitor 16d

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / phosphodiesterase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Xu, R. / Cedervall, E.P. / Sridhar, V. / Barker, R. / Aertgeerts, K.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Selective Phosphodiesterase 1 Inhibitors with Memory Enhancing Properties.
著者: Dyck, B. / Branstetter, B. / Gharbaoui, T. / Hudson, A.R. / Breitenbucher, J.G. / Gomez, L. / Botrous, I. / Marrone, T. / Barido, R. / Allerston, C.K. / Cedervall, E.P. / Xu, R. / Sridhar, V. ...

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uwf.cif.gz	286.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uwf.ent.gz	230.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uwf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uwf_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uwf_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5uwf_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	5uwf_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uoyC 5up0C 5c2hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c2a-1 5c2h-1 5axp-2 3sn7-1 6kze-2 2y0j-1 6kdx-2 4lm4-1 6kdz-1 5dh4-2 5edi-3 4yqh-3 7bpi-1 4ael-2 4ys7-2 3sni-1 4ael-1 4ms0-2 3jwq-4 5xui-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.718, 81.239, 158.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39482.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 449-789 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-8Q7 / 9-[(1S)-2,2-difluorocyclopropane-1-carbonyl]-6-[(4-methoxyphenyl)methyl]-8,9,10,11-tetrahydropyrido[4',3':4,5]thieno[3,2-e][1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-5(6H)-one 分子量: 471.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₁₉F₂N₅O₃S
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 15%PEG3350,0.2M calcium acetate,20mM BME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→37.4 Å / Num. obs: 54103 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3463 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.309 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C2H

5c2h

解像度: 1.87→37.396 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2476	2000	3.7 %	Random selection
R_work	0.1886	-	-	-
obs	0.1908	54020	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5303	0	0	438	5741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	7376
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.853	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	944

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.9168	0.3541	141	0.2737	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9168-1.9686	0.3474	141	0.2492	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9686-2.0265	0.2959	140	0.2374	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0265-2.0919	0.273	141	0.2195	3658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0919-2.1667	0.2798	141	0.2122	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1667-2.2534	0.2522	143	0.2031	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2534-2.356	0.2402	140	0.2009	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.4801	0.2741	142	0.203	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4801-2.6355	0.2545	143	0.2025	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6355-2.8389	0.2887	141	0.2012	3693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8389-3.1245	0.2649	145	0.2013	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1245-3.5763	0.2441	144	0.18	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5763-4.5045	0.2192	146	0.1572	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5045-37.4034	0.1888	152	0.1536	3962	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3042	-0.2137	0.0564	1.933	0.0464	1.476	0.2263	0.2328	0.0279	-1.1722	-0.2972	-0.3906	0.0158	0.1549	0.0364	0.4848	0.0911	0.198	0.2344	0.0565	0.2326	61.7748	116.5369	15.2781
2	0.791	-0.2185	-0.1534	2.9815	-0.343	1.2815	0.0505	-0.1224	-0.0252	-0.0356	-0.157	-0.1294	-0.0238	0.0397	0.1027	0.1399	0.0023	0.0407	0.1663	0.0026	0.1267	54.7663	116.6642	32.2486
3	1.3067	-0.1429	-0.5692	1.1148	-0.245	2.6128	-0.0309	0.1751	-0.1452	-0.5603	-0.0478	-0.3781	0.1799	0.0272	0.0917	0.4406	0.0087	0.2052	0.2264	-0.0026	0.3188	68.6943	70.0256	0.6209
4	2.3522	-0.1106	-0.7169	1.0942	-0.2636	3.6021	-0.2361	0.1539	-0.1062	-0.4868	0.2141	-0.0904	0.1742	-0.1288	0.0297	0.3513	0.0183	0.1327	0.1698	-0.0091	0.2178	65.5074	77.1857	9.231
5	7.7482	4.5659	-1.3237	5.7999	0.5516	2.0069	-0.5532	0.29	0.1321	-0.729	0.5062	-0.3664	-0.0088	0.1392	0.0724	0.341	0.0163	0.1344	0.2367	0.0089	0.3365	79.1438	79.9024	7.4986
6	2.7382	-0.3562	0.0582	1.9835	0.3958	1.3945	-0.0426	-0.1987	-0.2054	-0.107	0.0337	-0.2676	0.1036	0.2065	0.0195	0.3252	0.0642	0.0982	0.21	0.0131	0.2918	70.2825	68.5094	21.89
7	7.5065	-5.1557	-3.6111	3.9755	3.7042	5.2802	-0.5754	-0.3424	-0.059	0.5935	0.3096	-0.7179	0.409	0.9347	0.236	0.2928	0.1139	0.0331	0.373	0.0496	0.4707	82.1039	74.6972	16.8709
8	8.2631	5.1899	-0.7956	8.7178	-1.9532	3.9351	-0.1132	-0.5294	1.1449	0.3022	0.1004	-0.5033	-0.3107	0.2717	0.0262	0.2756	0.0225	0.0387	0.2863	-0.1237	0.4724	73.889	93.2822	22.8853
9	6.8697	0.809	2.097	1.5992	0.7569	1.5132	-0.2473	0.0942	-0.124	-0.1646	0.1884	-0.4398	-0.0618	0.2341	0.0654	0.3522	0.0143	0.1682	0.2011	0.0139	0.271	75.1543	88.0006	14.9215
10	0.3488	0.997	-0.9059	3.0929	-3.6557	5.385	0.0656	0.0167	-0.0967	0.1963	0.1961	0.3516	-0.1206	-0.3163	-0.271	0.2648	0.0698	0.117	0.2595	-0.0038	0.2667	50.9942	78.4389	19.6739
11	1.3221	1.526	-0.4188	4.708	-2.3665	1.3098	0.0731	-0.3323	0.0351	0.442	-0.0668	0.3707	-0.0774	-0.0474	-0.0221	0.4214	0.0565	0.0734	0.2519	-0.0255	0.2517	49.7546	85.6289	24.6235
12	6.6009	0.3104	-1.3519	1.4225	-0.262	1.9836	-0.0742	0.1712	0.3663	-0.2101	0.0336	-0.1324	-0.1669	-0.0811	0.0455	0.3074	0.0326	0.0662	0.1289	0.0006	0.1774	60.7297	95.4808	11.6647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 446:562 )	C	446 - 562
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 563:768 )	C	563 - 768
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN D AND RESID 446:518 )	D	446 - 518
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 519:544 )	D	519 - 544
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN D AND RESID 545:562 )	D	545 - 562
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 563:615 )	D	563 - 615
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 616:633 )	D	616 - 633
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 634:651 )	D	634 - 651
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 652:681 )	D	652 - 681
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 682:706 )	D	682 - 706
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 707:732 )	D	707 - 732
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 733:769 )	D	733 - 769

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)