PDB-5utn: Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5utn

タイトル

Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor

要素

ORF 17

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Serine Hydrolase / Viral Protein / Capsid Maturation / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Acker, T.M. / Gable, J. / Bohn, M.-F. / Craik, C.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor
著者: Acker, T.M. / Craik, C.S. / Bohn, M.-F.

履歴

登録	2017年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5utn.cif.gz	95.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5utn.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5utn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ur3C 5uteC 5uv3C 5uvpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kkm-2 6oxb-2 4li7-1 5aeh-2 5ur3-1 5elw-d 4uw1-5 5uvp-1 5lq6-d 4uuh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF 17

B: ORF 17

ヘテロ分子

43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ORF 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.356, 95.801, 119.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-203- CL
2	1	B-204- CL

#1: タンパク質	ORF 17 / ORF17 分子量: 21193.111 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-215 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: ORF17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O40922
#2: 化合物	ChemComp-8MA / 4-{[6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carbonyl]amino}-3-[(4-fluorophenyl)amino]benzoic acid 分子量: 447.501 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₆FN₃O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 7.8, 0.88M NaH2PO4/1.32M K2HPO4, 0.2M KCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→59.63 Å / Num. obs: 72019 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Net I/σ(I): 24.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10pre_2100	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHENIX	Phenix 1.8.4 Phaser 2.1	位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

解像度: 1.8→56.707 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	3741	5.19 %
R_work	0.199	68278	-
obs	0.2006	37695	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.35 Å² / B_iso mean: 36.5033 Å² / B_iso min: 13.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→56.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2867	0	176	228	3271
B_iso mean	-	-	31.87	39.64	-
残基数	-	-	-	-	377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	4230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.961	1798

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8228	0.27	141	0.2492	2472	2613	99
1.8228-1.8468	0.324	142	0.2473	2507	2649	99
1.8468-1.8721	0.3075	167	0.2397	2530	2697	100
1.8721-1.8988	0.3024	128	0.2384	2516	2644	99
1.8988-1.9272	0.2929	128	0.2409	2509	2637	100
1.9272-1.9573	0.2688	133	0.235	2587	2720	99
1.9573-1.9894	0.242	117	0.2264	2492	2609	100
1.9894-2.0237	0.278	127	0.2226	2537	2664	100
2.0237-2.0605	0.2365	146	0.2197	2558	2704	100
2.0605-2.1001	0.2465	127	0.2225	2531	2658	100
2.1001-2.143	0.2262	128	0.2107	2523	2651	100
2.143-2.1896	0.2913	134	0.2175	2534	2668	100
2.1896-2.2405	0.294	139	0.2221	2549	2688	100
2.2405-2.2965	0.2651	155	0.215	2497	2652	100
2.2965-2.3586	0.2354	126	0.2145	2531	2657	100
2.3586-2.428	0.2539	140	0.2134	2555	2695	100
2.428-2.5064	0.2429	125	0.2172	2548	2673	100
2.5064-2.596	0.2502	142	0.2225	2531	2673	100
2.596-2.6999	0.2592	154	0.2202	2534	2688	100
2.6999-2.8228	0.3142	124	0.2184	2545	2669	100
2.8228-2.9716	0.248	164	0.2121	2492	2656	100
2.9716-3.1578	0.2225	140	0.2008	2511	2651	100
3.1578-3.4016	0.2111	147	0.1813	2559	2706	100
3.4016-3.7438	0.2076	156	0.1782	2503	2659	100
3.7438-4.2854	0.1918	117	0.1696	2563	2680	100
4.2854-5.3985	0.159	146	0.1529	2529	2675	100
5.3985-56.735	0.207	148	0.1973	2535	2683	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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