PDB-5us1: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(2')-Ia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5us1

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(2')-Ia in complex with N2'-acetylgentamicin C1A and coenzyme A

要素

Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / GNAT / GCN5-N-acetyltransferase / acetyltransferase / aminoglycoside / gentamicin / coenzyme A / acetylcoenzyme A antibiotic resistance / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID

機能・相同性

機能・相同性情報

gentamicin 2'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Providencia stuartii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Xu, Z. / Wawrzak, Z. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Plazomicin Retains Antibiotic Activity against Most Aminoglycoside Modifying Enzymes.
著者: Cox, G. / Ejim, L. / Stogios, P.J. / Koteva, K. / Bordeleau, E. / Evdokimova, E. / Sieron, A.O. / Savchenko, A. / Serio, A.W. / Krause, K.M. / Wright, G.D.

履歴

登録	2017年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5us1.cif.gz	903 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5us1.ent.gz	761.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5us1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5us1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/5us1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cd7C 1m4iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fhh-2 1pvi-d 2gcd-1 5k4c-d 5kdb-d 5a34-3 5yqa-d 4egm-4 6c3j-d 6dd2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95778

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

C: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

D: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

E: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

F: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

G: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

H: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

I: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

J: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

K: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

L: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

263 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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2

C: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

D: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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3

E: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

F: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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4

G: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

H: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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5

I: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

J: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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6

K: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

L: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	340.170, 340.170, 62.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / AAC(2')-Ia 分子量: 21189.949 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Providencia stuartii (バクテリア) 遺伝子: aac / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q52424, gentamicin 2'-N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 601分子

#2: 化合物	ChemComp-8MM / (1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 2-(acetylamino)-6-amino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranoside / N2'-acetylgentamicin C1A / N2′-アセチルゲンタマイシンC1a 分子量: 491.579 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₁N₅O₈
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M ammonium tartrate pH 7, 12% PEG 3350, cryoprotectant: 8% glycerol, 8% ethylene glycol, 8% sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→90.2 Å / Num. obs: 95955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.48→2.54 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_2481: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1M4I

1m4i

解像度: 2.48→56.7 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	4689	4.89 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	95937	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→56.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17127	0	603	579	18309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	18164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	24536
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.371	6728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.134	2632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.5082	0.3135	162	0.2869	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5082-2.5377	0.3285	141	0.2878	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5687	0.3619	171	0.2785	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5687-2.6012	0.373	147	0.2808	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6012-2.6354	0.3412	151	0.259	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6354-2.6715	0.27	160	0.2578	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6715-2.7097	0.3099	157	0.2522	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7097-2.7501	0.3244	125	0.2503	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7501-2.7931	0.2839	148	0.2494	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7931-2.8389	0.3037	139	0.2353	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8389-2.8879	0.2596	143	0.2352	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8879-2.9404	0.2991	160	0.2392	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9404-2.9969	0.2881	136	0.2419	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9969-3.0581	0.3051	159	0.2409	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0581-3.1246	0.27	176	0.2297	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1246-3.1973	0.2665	154	0.2169	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1973-3.2772	0.2462	169	0.2073	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2772-3.3658	0.2433	177	0.1961	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3658-3.4648	0.2426	154	0.1945	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4648-3.5766	0.2489	178	0.1871	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5766-3.7045	0.2396	154	0.1892	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7045-3.8527	0.2451	182	0.1797	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8527-4.028	0.2072	159	0.1619	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
4.028-4.2403	0.1874	166	0.1503	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2403-4.5059	0.1766	140	0.1406	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5059-4.8536	0.1654	187	0.1288	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8536-5.3418	0.2005	134	0.1474	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3418-6.1139	0.2456	135	0.1877	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1139-7.6999	0.1988	137	0.1819	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6999-56.7098	0.1641	188	0.1497	2984	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6105	3.6379	5.7921	3.8095	5.9118	9.3283	0.2866	0.2131	-0.209	0.7834	0.112	0.185	-0.0554	-1.7917	-0.589	0.6791	-0.0938	0.1441	0.6921	0.0462	0.6939	77.1357	195.785	47.9794
2	7.0407	2.6441	1.0512	3.4285	1.089	2.2338	-0.0606	0.3451	0.3263	-0.2559	0.0538	-0.0918	-0.2299	0.2767	0.0123	0.3964	-0.0117	0.0358	0.2634	-0.0448	0.3354	75.288	189.0075	31.0889
3	8.187	-4.3546	5.1715	7.2486	-1.4265	6.6933	0.1418	0.6151	-0.0402	-0.5606	-0.0794	0.0085	-0.0129	0.2731	-0.0873	0.372	-0.0679	0.0425	0.2552	0.0001	0.2074	65.9361	179.8146	19.3841
4	7.7485	2.7621	-3.6196	2.4163	0.7942	5.1303	-0.0399	0.1617	-0.0016	-0.0584	0.1622	0.6001	0.1649	-0.2124	-0.0572	0.4294	0.0073	-0.1161	0.2416	-0.0573	0.2204	60.6944	180.9965	23.16
5	8.6193	6.6864	1.6938	8.8984	-1.495	6.0501	0.4168	1.2825	-1.1131	-0.5054	-0.324	0.0075	1.618	0.3506	0.0093	0.7059	0.1878	-0.1747	0.5449	-0.0952	0.4178	24.0958	134.8893	14.1122
6	5.6858	-0.2999	-2.7494	8.0699	4.251	8.116	0.0114	-0.0967	0.9259	0.1149	0.3982	-0.2262	-0.285	0.811	-0.3857	0.2562	0.066	-0.0496	0.3483	0.022	0.3342	37.1894	136.6721	21.9412
7	2.9927	-1.0123	-0.8767	7.6426	0.2413	2.1233	-0.3362	-0.4048	-0.0794	0.285	0.2582	-0.5395	0.3567	0.3876	0.1248	0.2611	0.076	-0.0181	0.4298	0.0384	0.2398	31.4341	128.3149	26.3031
8	8.199	-4.6164	1.0559	7.338	-3.9937	4.4405	-0.6589	-1.35	-0.5036	0.3859	0.3623	-0.0418	0.6497	0.5666	0.1484	0.6158	0.2302	0.128	0.7538	0.1832	0.4048	30.7658	119.0627	38.2284
9	7.331	2.1057	7.4473	3.4544	0.3617	8.6876	-2.442	3.2233	1.336	-0.9477	2.5846	1.1074	-1.3333	-1.2834	-0.0515	1.0324	-0.1548	-0.0896	1.5298	0.187	0.8817	45.4423	167.6719	33.813
10	7.3744	0.6491	1.0695	3.5161	0.64	1.7344	0.1723	-0.3003	-0.342	0.1698	-0.198	0.2209	-0.0072	0.0194	0.0308	0.3242	-0.0981	0.0296	0.3599	-0.0506	0.2042	40.8601	161.224	45.9298
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN F AND RESID 118:162 )	F	118 - 162
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 163:178 )	F	163 - 178
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN J AND RESID -5:2 )	J	-5 - 2
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN J AND RESID 3:46 )	J	3 - 46
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN J AND RESID 47:111 )	J	47 - 111
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN J AND RESID 112:178 )	J	112 - 178
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN H AND RESID 1:48 )	H	1 - 48
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN H AND RESID 49:116 )	H	49 - 116
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN H AND RESID 117:156 )	H	117 - 156
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN H AND RESID 157:178 )	H	157 - 178
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN G AND RESID 2:83 )	G	2 - 83
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN G AND RESID 84:119 )	G	84 - 119
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN G AND RESID 120:156 )	G	120 - 156
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN G AND RESID 157:178 )	G	157 - 178
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN B AND RESID 1:46 )	B	1 - 46
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN B AND RESID 47:99 )	B	47 - 99
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN B AND RESID 100:119 )	B	100 - 119
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN B AND RESID 120:178 )	B	120 - 178
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN D AND RESID 2:15 )	D	2 - 15
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN D AND RESID 16:112 )	D	16 - 112
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN D AND RESID 113:157 )	D	113 - 157
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN D AND RESID 158:178 )	D	158 - 178
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN L AND RESID 1:30 )	L	1 - 30
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN L AND RESID 31:113 )	L	31 - 113
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN L AND RESID 114:129 )	L	114 - 129
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN L AND RESID 130:178 )	L	130 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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