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- PDB-5urk: Crystal structure of human BRR2 in complex with T-3935799 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5urk
タイトルCrystal structure of human BRR2 in complex with T-3935799
要素U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / BRR2 RNA helicase inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / RNA helicase activity / cilium / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / C2 domain ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / C2 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / C2 domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8LP / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Qin, L. / Tjhen, R. / Klein, M.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Allosteric Inhibitors Targeting the Spliceosomal RNA Helicase Brr2.
著者: Iwatani-Yoshihara, M. / Ito, M. / Klein, M.G. / Yamamoto, T. / Yonemori, K. / Tanaka, T. / Miwa, M. / Morishita, D. / Endo, S. / Tjhen, R. / Qin, L. / Nakanishi, A. / Maezaki, H. / Kawamoto, T.
履歴
登録2017年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,1123
ポリマ－198,5831
非ポリマー5302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.488, 154.071, 143.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 198582.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 395-2129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-8LP / 6-benzyl-3-[3-(benzyloxy)phenyl]-4,6-dihydropyrido[4,3-d]pyrimidine-2,7(1H,3H)-dione


分子量: 437.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23N3O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.25-1.5 M sodium malonate, 100 mM sodium citrate pH 5.0-5.3, 10mg/ml BRR2
PH範囲: 5.0-5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.7 Å / Num. obs: 57073 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 12.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
REFMAC精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→48.672 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 2829 4.96 %
Rwork0.2325 --
obs0.2347 57019 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13618 0 39 0 13657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31218926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.435197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.00090.42271680.38592640X-RAY DIFFRACTION100
3.0009-3.05540.43371100.37472732X-RAY DIFFRACTION99
3.0554-3.11420.35961410.36152720X-RAY DIFFRACTION100
3.1142-3.17770.40841310.35472688X-RAY DIFFRACTION100
3.1777-3.24680.40021160.33462705X-RAY DIFFRACTION100
3.2468-3.32230.34251260.31642754X-RAY DIFFRACTION100
3.3223-3.40540.40271310.30372718X-RAY DIFFRACTION100
3.4054-3.49740.32561530.28142680X-RAY DIFFRACTION100
3.4974-3.60030.33541600.2782659X-RAY DIFFRACTION100
3.6003-3.71650.34471270.29192724X-RAY DIFFRACTION100
3.7165-3.84930.33341320.26752725X-RAY DIFFRACTION100
3.8493-4.00330.32671210.26362709X-RAY DIFFRACTION100
4.0033-4.18540.3431440.24392718X-RAY DIFFRACTION99
4.1854-4.4060.28171670.22122715X-RAY DIFFRACTION100
4.406-4.68180.21361700.20682663X-RAY DIFFRACTION100
4.6818-5.04290.23781620.19842702X-RAY DIFFRACTION100
5.0429-5.54980.23861750.20942688X-RAY DIFFRACTION100
5.5498-6.35140.29391410.22752694X-RAY DIFFRACTION99
6.3514-7.99630.22531320.20182754X-RAY DIFFRACTION100
7.9963-48.67870.19271220.16092802X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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