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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ueg | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA primer-template complex with guanosine dinucleotide G(5')pppp(5')G ligand | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / dinucleotide | 機能・相同性 | Chem-86P / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Tam, C.P. / Szostak, J.W. | 引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 | タイトル: Insight into the mechanism of nonenzymatic RNA primer extension from the structure of an RNA-GpppG complex. 著者: Zhang, W. / Tam, C.P. / Walton, T. / Fahrenbach, A.C. / Birrane, G. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ueg.cif.gz | 53.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ueg.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ueg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ueg_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ueg_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ueg_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ueg_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5ueg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/5ueg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4500.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-86P / [[( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Magnesium chloride, 1.2 M Lithium sulfate, 50 mM MES pH 6.5, 2 mM Cobalt (II) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.995 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.995 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 6425 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / CC1/2: 0.916 / % possible all: 74.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5dhc 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 18.124 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.418 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.063 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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