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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u3y | |||||||||
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タイトル | Human PPARdelta ligand-binding domain in complexed with specific agonist 9 | |||||||||
![]() | Peroxisome proliferator-activated receptor delta | |||||||||
![]() | protein binding/activator / PPARdelta / ligand-binding domain / agonist / protein binding-activator complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / Carnitine metabolism / negative regulation of myoblast differentiation / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / cell-substrate adhesion / fatty acid beta-oxidation / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / keratinocyte proliferation / fatty acid transport / positive regulation of fat cell differentiation / cellular response to nutrient levels / adipose tissue development / energy homeostasis / embryo implantation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / hormone-mediated signaling pathway / cholesterol metabolic process / negative regulation of miRNA transcription / fatty acid metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / wound healing / lipid metabolic process / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / glucose metabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, C.-C. / Baiga, T.J. / Downes, M. / La Clair, J.J. / Atkins, A.R. / Richard, S.B. / Stockley-Noel, T.A. / Bowman, M.E. / Evans, R.M. / Noel, J.P. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for specific ligation of the peroxisome proliferator-activated receptor delta. 著者: Wu, C.C. / Baiga, T.J. / Downes, M. / La Clair, J.J. / Atkins, A.R. / Richard, S.B. / Fan, W. / Stockley-Noel, T.A. / Bowman, M.E. / Noel, J.P. / Evans, R.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 271.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5u3qC ![]() 5u3rC ![]() 5u3sC ![]() 5u3tC ![]() 5u3uC ![]() 5u3vC ![]() 5u3wC ![]() 5u3xC ![]() 5u3zC ![]() 5u40C ![]() 5u41C ![]() 5u42C ![]() 5u43C ![]() 5u44C ![]() 5u45C ![]() 5u46C ![]() 1gwzS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB![](data/chem/img/B7G.gif)
![](data/chem/img/B7G.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 31114.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand-binding domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 117分子 ![](data/chem/img/7U7.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Bis-tris propane, potassium chloride, PEG 8000, 1,2-propandiol, EDTA, DTT PH範囲: 7.5 - 8.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→95.18 Å / Num. obs: 54673 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.395 / % possible all: 70.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GWZ 解像度: 1.9→95.182 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→95.182 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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