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- PDB-5u1h: Crystal structure of the C-terminal peptidoglycan binding domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1h
タイトルCrystal structure of the C-terminal peptidoglycan binding domain of OprF (PA1777) from Pseudomonas aeruginosa
要素Outer membrane porin F
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / peptidoglycan binding protein / OprF / OmpA / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host / complement component C3b binding / outer membrane / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / regulation of cell shape / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin F, N-terminal / OprF membrane domain / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA family ...Outer membrane porin F, N-terminal / OprF membrane domain / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain superfamily / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7QA / ACETATE ION / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Watanabe, N. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal peptidoglycan binding domain of OprF (PA1777) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Watanabe, N.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane porin F
B: Outer membrane porin F
C: Outer membrane porin F
D: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,28124
ポリマ－53,7794
非ポリマー2,50220
水13,727762
1
A: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8444
ポリマ－13,4451
非ポリマー4003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3259
ポリマ－13,4451
非ポリマー8808
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1346
ポリマ－13,4451
非ポリマー6905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Outer membrane porin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9785
ポリマ－13,4451
非ポリマー5334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.340, 55.920, 79.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Outer membrane porin F


分子量: 13444.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: oprF, PA1777 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13794

-
非ポリマー , 5種, 782分子

#2: 化合物
ChemComp-7QA / (2R,6S)-2-amino-6-(carboxyamino)-7-{[(1R)-1-carboxyethyl]amino}-7-oxoheptanoic acid


分子量: 305.284 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O7
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 / 詳細: ammonium sulphate 2.5M, Na Acetate 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→31.23 Å / Num. obs: 69727 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.81 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 346742 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.544.10.6052074450070.7180.3280.6922.395.5
6.71-31.234.50.05537868340.9950.0280.06223.998.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.28データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TD4

3td4


解像度: 1.5→31.232 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 1973 2.88 %
Rwork0.1664 66591 -
obs0.1674 68564 96.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.11 Å2 / Biso mean: 19.5852 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→31.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3758 0 150 762 4670
Biso mean--34.73 29.54 -
残基数----490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.023985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9285402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8871462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.53750.261250.25854338446388
1.5375-1.57910.25831330.23544510464392
1.5791-1.62560.26381380.21724602474094
1.6256-1.6780.27361390.20734668480795
1.678-1.7380.23261420.19094675481796
1.738-1.80760.21351430.18154729487296
1.8076-1.88980.1981450.16794756490197
1.8898-1.98950.22331450.17274822496798
1.9895-2.11410.21421380.16724824496298
2.1141-2.27730.24111500.16284857500799
2.2773-2.50630.1661430.16864898504199
2.5063-2.86880.1981450.16714914505999
2.8688-3.61350.17341410.14294948508999
3.6135-31.23860.16411460.144150505196100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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