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Yorodumi- PDB-5u17: Structure of human MR1-DA-6-FP in complex with human MAIT A-F7 TCR -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u17 | |||||||||
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Title | Structure of human MR1-DA-6-FP in complex with human MAIT A-F7 TCR | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Keller, A.N. / Rossjohn, J. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Nat. Immunol. / Year: 2017 Title: Drugs and drug-like molecules can modulate the function of mucosal-associated invariant T cells. Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, ...Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / Purcell, A.W. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5u17.cif.gz | 671.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5u17.ent.gz | 555.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5u17.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5u17_validation.pdf.gz | 523.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5u17_full_validation.pdf.gz | 539.6 KB | Display | |
Data in XML | 5u17_validation.xml.gz | 66.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5u17_validation.cif.gz | 95.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u17 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5u16C 5u1rC 5u2vC 5u6qC 4l4tS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACFH
#1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 23-292 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: extracellular domain, residues 23-292 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q95460 #4: Protein | Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P61769 |
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-MAIT T-cell receptor ... , 2 types, 4 molecules BDEG
#2: Protein | Mass: 22650.072 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #3: Protein | Mass: 27546.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRAV/TRAC / Plasmid: pET30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) |
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-Non-polymers , 5 types, 898 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.56 % / Mosaicity: 0.51 ° |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: BTP, PEG 3350, NaAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→45.346 Å / Num. obs: 111804 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 489218 / Scaling rejects: 97 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / CC1/2: 0.661 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4L4T Resolution: 2.15→45.346 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.27 Å2 / Biso mean: 40.8296 Å2 / Biso min: 17.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→45.346 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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