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万見
- PDB-5top: Atomic Resolution X-Ray Crystal Structure of a Ruthenocene Conjug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5top
タイトルAtomic Resolution X-Ray Crystal Structure of a Ruthenocene Conjugated Beta-Lactam Antibiotic in Complex with CTX-M-14 S70G Beta-Lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / Beta-Lactamase / Organometallic / Ruthenocene / CTX-M-14 / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ruthenocene / Chem-JSC / Chem-JSE / : / RUTHENIUM ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Chen, Y.
資金援助 米国, ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103158 米国
Polish National Science CentreDEC-2013/11/B/ST5/00997 ポーランド
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Mechanisms of proton relay and product release by Class A beta-lactamase at ultrahigh resolution.
著者: Lewandowski, E.M. / Lethbridge, K.G. / Sanishvili, R. / Skiba, J. / Kowalski, K. / Chen, Y.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年12月11日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,13511
ポリマ－55,9072
非ポリマー2,2289
水10,413578
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1715
ポリマ－27,9531
非ポリマー1,2174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9646
ポリマ－27,9531
非ポリマー1,0115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.093, 106.821, 47.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase / CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase


分子量: 27953.488 Da / 分子数: 2 / 変異: S70G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 587分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-JSE / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 538.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N2O6RuS
#4: 化合物 ChemComp-RU / RUTHENIUM ION


分子量: 101.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru
#5: 化合物 ChemComp-JSC / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 538.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N2O6RuS
#6: 化合物 ChemComp-7G4 / ruthenocene / bis[(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium / ビス(2,4-シクロペンタジエン-1-イル)ルテニウム(II)


分子量: 231.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10Ru
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 133593 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XXR

4xxr


解像度: 1.18→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.942 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14633 7118 5.1 %RANDOM
Rwork0.12756 ---
obs0.12848 133593 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å2-0.55 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3903 0 112 578 4593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3452.0016457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.687310292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9835630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42624.433194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34215775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8041539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4451.4732385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4451.4712383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6452.2193060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6452.2193061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.441.6652346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.441.6652343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6132.4323363
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.7620.3235846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.7620.3235847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.37839208
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.0871141
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.60419488
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 457 -
Rwork0.162 8147 -
obs--80.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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