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- PDB-5tfz: Crystal structure of the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) lyase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tfz
タイトルCrystal structure of the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) lyase DddK complexed with nickel and diacrylate
要素dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
キーワードOXIDOREDUCTASE / DMSP lyase / Cupin / Nickel dependent / Metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(acryloyloxy)propanoic acid / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Novel protein with potential Cupin domain
類似検索 - 構成要素
生物種Pelagibacter ubique (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schnicker, N.J. / Dey, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Iowa College of Liberal Arts and Sciences 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Insights into Dimethylsulfoniopropionate Cleavage by Cofactor-Bound DddK from the Prolific Marine Bacterium Pelagibacter.
著者: Schnicker, N.J. / De Silva, S.M. / Todd, J.D. / Dey, M.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
B: dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9479
ポリマ－33,2232
非ポリマー7247
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.352, 54.667, 118.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 dimethylsulfoniopropionate lyase DddK


分子量: 16611.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-20 in the sequence are from the vector for a His-tag.
由来: (組換発現) Pelagibacter ubique (strain HTCC1062) (バクテリア)
株: HTCC1062 / 遺伝子: SAR11_0394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FNM4
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-7BC / 3-(acryloyloxy)propanoic acid / アクリル酸2-カルボキシエチル


分子量: 144.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→59.17 Å / Num. obs: 14946 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→59.17 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1371 4.99 %
Rwork0.172 --
obs0.175 27455 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→59.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1992 0 43 137 2172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0812821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9291188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.27880.28451480.21772584X-RAY DIFFRACTION98
2.2788-2.370.23541230.20482619X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.47790.2986960.20262630X-RAY DIFFRACTION100
2.4779-2.60850.2782980.19322666X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.7720.19991600.18132588X-RAY DIFFRACTION100
2.772-2.9860.24021490.18032577X-RAY DIFFRACTION100
2.986-3.28640.21431580.16622622X-RAY DIFFRACTION100
3.2864-3.76190.20251330.15012586X-RAY DIFFRACTION100
3.7619-4.73930.19941550.142611X-RAY DIFFRACTION100
4.7393-59.18890.22631510.17942601X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7118-0.38160.41320.2965-0.1170.51440.065-0.1262-0.0779-0.2226-0.00570.12330.1134-0.02190.08580.1571-0.01620.0330.2035-0.00820.2137-0.435-25.56023.0223
20.51330.0575-0.47930.9479-0.08770.964-0.08120.0938-0.1185-0.11760.1065-0.01870.3315-0.06410.03230.1818-0.0133-0.01520.14250.01950.1591-8.4819-27.457813.6878
32.8551.6744-0.06721.21360.57921.67940.0747-0.6098-0.5308-0.0497-0.3741-0.61860.43470.2299-0.07290.22430.05880.0160.2520.03440.35693.5685-32.084816.6248
40.3005-0.2113-0.04341.40840.34510.08540.1348-0.1061-0.12150.3777-0.13120.3762-0.03390.14220.01860.15460.04170.04480.22150.03350.2104-12.9796-21.209525.6896
50.25040.23120.10330.33890.34180.54280.0199-0.16630.06820.2586-0.07580.1294-0.2278-0.0228-0.00050.22030.00430.00080.1988-0.01350.1876-8.7838-7.221521.8347
60.19690.1354-0.21830.0831-0.1550.44190.029-0.1212-0.01190.0205-0.030.0389-0.06660.0973-0.00120.21630.0035-0.00980.1241-0.02780.1952-0.4835-5.267713.0646
70.11040.1471-0.18290.3214-0.17970.2959-0.0370.08040.0355-0.1939-0.06060.1134-0.03410.10170.00030.1426-0.0091-0.01320.1757-0.00830.14761.9675-6.10736.5576
80.19990.07850.18060.19870.06280.138-0.1622-0.25780.05260.22550.17870.0606-0.2198-0.1684-0.00450.19420.011-0.03660.15860.02050.2307-7.8431-6.273410.4415
90.14450.00240.03860.11570.11150.10470.2265-0.1262-0.03220.3092-0.1984-0.213-0.07440.2406-0.0010.2712-0.0107-0.03610.2473-0.02370.20684.0337-7.400224.0854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 31 THROUGH 112 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 113 THROUGH 126 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID -4 THROUGH 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 11 THROUGH 47 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 48 THROUGH 68 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 69 THROUGH 99 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 100 THROUGH 112 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 113 THROUGH 126 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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