PDB-5si4: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5si4

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 3-(2-naphthalen-1-ylpyrazol-3-yl)-1-[3-(trifluoromethoxy)phenyl]pyridazin-4-one

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Rogers-Evans, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5si4.cif.gz	278.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5si4.ent.gz	225.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5si4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5si4_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5si4_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5si4_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	5si4_validation.cif.gz	70.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si4	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.860, 135.860, 235.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JLR / 3-[1-(naphthalen-1-yl)-1H-pyrazol-5-yl]-1-[3-(trifluoromethoxy)phenyl]pyridazin-4(1H)-one 分子量: 448.397 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₅F₃N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.65 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.65 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→43.75 Å / Num. obs: 64217 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.792 % / B_iso Wilson estimate: 54.446 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_rim(I) all: 0.144 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 11.57 / Num. measured all: 371928 / Scaling rejects: 53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.39-2.45	5.593	1.732	0.98	26706	4775	4775	0.362	1.912	100
2.45-2.52	5.864	1.444	1.2	27122	4628	4625	0.463	1.585	99.9
2.52-2.59	5.87	1.071	1.62	26369	4492	4492	0.598	1.176	100
2.59-2.67	5.861	0.857	2.07	25659	4381	4378	0.686	0.942	99.9
2.67-2.76	5.874	0.723	2.49	24937	4243	4245	0.76	0.794	100
2.76-2.86	5.875	0.583	3.09	24062	4097	4096	0.85	0.64	100
2.86-2.96	5.87	0.457	3.97	23223	3957	3956	0.896	0.502	100
2.96-3.09	5.868	0.346	5.23	22546	3842	3842	0.938	0.38	100
3.09-3.22	5.844	0.258	7.14	21139	3617	3617	0.965	0.284	100
3.22-3.38	5.821	0.188	9.67	20326	3492	3492	0.981	0.207	100
3.38-3.56	5.795	0.129	13.78	19297	3330	3330	0.99	0.142	100
3.56-3.78	5.749	0.102	16.89	17944	3121	3121	0.993	0.113	100
3.78-4.04	5.723	0.079	21.23	16745	2926	2926	0.995	0.087	100
4.04-4.36	5.649	0.06	25.62	15632	2768	2767	0.997	0.066	100
4.36-4.78	5.67	0.049	30.42	14259	2516	2515	0.998	0.055	100
4.78-5.34	5.691	0.047	31.2	13084	2301	2299	0.998	0.052	99.9
5.34-6.17	5.747	0.049	29.42	11672	2029	2031	0.998	0.054	100.1
6.17-7.56	5.752	0.04	34.68	9664	1680	1680	0.999	0.044	100
7.56-10.69	5.739	0.025	47.87	7513	1311	1309	0.999	0.027	99.8
10.69-43.73	5.588	0.024	51.35	4029	729	721	0.999	0.026	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.39→43.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.144 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: three out of four copies in the asymmetric unit have an alternative conformation of the ligand bound where the trifluoromethoxyphenyl group is rotated by 180deg. the naphtyl group comes close ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	3167	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.178	60868	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.2 Å² / B_iso mean: 47.153 Å² / B_iso min: 20.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.39→43.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10170	0	239	449	10858
B_iso mean	-	-	44.33	42.07	-
残基数	-	-	-	-	1254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10759
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.676	14601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.309	1.569	22402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.241	5	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.431	22.429	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.297	15	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.473	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.362	4.925	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.356	4.925	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.818	7.377	6291

LS精密化シェル

解像度: 2.386→2.448 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	208	-
R_work	0.325	4260	-
all	-	4468	-
obs	-	-	94.32 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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