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Yorodumi- PDB-5scs: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5scs | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-781 | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-781 Authors: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5scs.cif.gz | 87 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5scs.ent.gz | 63.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5scs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5scs_validation.pdf.gz | 1019.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5scs_full_validation.pdf.gz | 1023.3 KB | Display | |
Data in XML | 5scs_validation.xml.gz | 11.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5scs_validation.cif.gz | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scs | HTTPS FTP |
-Group deposition
ID | G_1002223 (26 entries) |
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Title | DHFR structures, SSGCID |
Type | ground state |
Description | human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a monomer, the same as asu |
-Components
#1: Protein | Mass: 19832.365 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: MtDHFR Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase |
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#2: Chemical | ChemComp-NAP / |
#3: Chemical | ChemComp-GYI / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MCSG1 D4: 20% PEG3350, 200mM Sodium Thiocyanate pH6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: FR-E+ Superbright / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: Saturn 944+ / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 22688 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.571 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 26.66 / Num. measured all: 318414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.55→39.005 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.76 / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.78 Å2 / Biso mean: 19.2378 Å2 / Biso min: 5.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→39.005 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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