PDB-5scp: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5scp

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-23

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-23
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5scp.cif.gz	155.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5scp.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5scp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5scp_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5scp_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5scp_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5scp_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scp	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

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関連構造データ

類似構造データ	6dds-4 3r33-d 6nni-1 5sco-d 5scp-2 5scz-d 4km0-2 6dds-2 4kne-2 6nnh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

42 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	30.170, 66.680, 75.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a monomer, the same as asu

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 2 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

#1: タンパク質

Dihydrofolate reductase

分子量: 19832.365 Da / 分子数: 2 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 297分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GWL / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanamide 分子量: 359.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PACT C1: 20% PEG 1500, PCB Buffer (0.1 M sodium propionate, 0.05 M sodium cacocylate, 0.1 M BIS-TRIS Propane) pH 4.00

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: Rotating Copper Anode / タイプ: FRE+ Superbright / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: Saturn 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27011 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.337 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 33.24 / Num. measured all: 273168

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85		0.966	0.277	6.73	11795	2010	1859	0.3	92.5
1.85-1.9		0.976	0.259	7.3	12013	1989	1859	0.28	93.5
1.9-1.95		0.986	0.186	10.25	12274	1908	1825	0.201	95.6
1.95-2.01		0.99	0.155	12.32	12245	1887	1836	0.167	97.3
2.01-2.08		0.991	0.136	13.96	12129	1761	1739	0.147	98.8
2.08-2.15		0.994	0.111	18.34	14050	1806	1799	0.119	99.6
2.15-2.23		0.995	0.106	21.3	14763	1639	1631	0.113	99.5
2.23-2.32		0.997	0.09	25.74	15792	1643	1631	0.095	99.3
2.32-2.43		0.997	0.085	26.44	15578	1540	1542	0.09	100
2.43-2.55		0.998	0.071	31.53	16166	1505	1498	0.075	99.5
2.55-2.68		0.999	0.065	35.32	16689	1424	1422	0.068	99.9
2.68-2.85		0.999	0.058	42.49	18102	1323	1320	0.061	99.8
2.85-3.04		0.999	0.052	49.7	18998	1290	1291	0.054	100
3.04-3.29		1	0.04	60.61	17200	1174	1173	0.041	99.9
3.29-3.6		1	0.035	69.59	15517	1072	1071	0.036	99.9
3.6-4.02		1	0.031	79.88	14213	1000	1000	0.032	100
4.02-4.65		1	0.028	88.69	12125	862	860	0.029	99.8
4.65-5.69		1	0.028	84.11	10751	746	746	0.029	100
5.69-8.05		1	0.032	74.59	8435	583	584	0.033	100
	8.05	1	0.025	91.65	4333	330	325	0.025	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1932	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.271 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 18.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	1350	5 %
R_work	0.1516	25641	-
obs	0.1539	26991	98.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.35 Å² / B_iso mean: 17.6265 Å² / B_iso min: 4.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2560	0	157	290	3007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.462	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.581	1028

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8643	0.2334	127	0.1839	2402	2529	92
1.8643-1.939	0.2235	128	0.1706	2440	2568	95
1.939-2.0272	0.2164	133	0.1529	2540	2673	97
2.0272-2.1341	0.2129	136	0.1553	2583	2719	99
2.1341-2.2678	0.1984	136	0.1541	2579	2715	100
2.2678-2.4428	0.2168	137	0.1604	2601	2738	100
2.4428-2.6886	0.2212	137	0.1615	2598	2735	100
2.6886-3.0775	0.2096	138	0.158	2606	2744	100
3.0775-3.8766	0.1827	137	0.1383	2623	2760	100
3.8766-37.2787	0.1623	141	0.1373	2669	2810	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3306	-0.7686	-0.2151	1.8648	-0.546	1.6335	0.0592	0.1298	-0.2478	-0.2633	-0.0971	-0.0097	0.4692	-0.0683	-0.0174	0.1567	0.0048	0.0187	0.0973	-0.0138	0.1469	-1.2895	-14.4121	26.7239
2	2.0263	-0.2451	-0.5343	0.5685	0.2012	2.8402	0.0265	-0.0197	-0.018	0.0076	-0.0178	-0.0293	0.0419	0.081	-0.0174	0.0364	-0.0119	-0.0131	0.0441	0.0102	0.0874	5.2277	-2.2279	33.9296
3	4.0441	-0.9726	-0.0331	3.9048	-0.2911	1.6813	-0.08	-0.1132	0.0069	0.1393	0.1202	0.0376	0.0039	0.2547	-0.0288	0.043	0.0093	-0.012	0.0916	-0.0001	0.0423	-0.9049	1.402	22.4257
4	4.0136	1.0436	0.1349	1.2698	-0.0813	1.9478	-0.041	-0.3567	0.6458	0.1087	0.032	0.019	-0.1896	0.1816	-0.0313	-0.0179	-0.0137	-0.0038	0.296	-0.0487	0.2559	6.9303	4.305	21.0317
5	5.9979	-2.6675	-0.5897	4.2781	0.9009	3.7954	0.0686	0.1688	0.3324	0.0048	-0.0223	-0.1362	-0.1983	-0.1011	-0.0124	0.0622	-0.0201	0.0053	0.1042	-0.0053	0.0849	-5.5481	6.4428	16.8522
6	0.865	0.3428	-0.1177	2.6082	-1.4068	1.5138	-0.0718	0.1009	-0.1159	-0.1028	0.0627	-0.0103	0.126	0.0245	-0.0247	0.0617	0.0198	0.0032	0.0997	-0.0197	0.096	-8.0826	-5.1436	21.5758
7	6.7169	3.5684	5.8782	4.779	3.3726	5.522	0.1733	0.0293	-0.1486	0.0919	-0.1367	-0.0629	0.1111	-0.0829	-0.0103	0.0562	0.0012	0.0129	0.0631	0.0121	0.1141	-0.3333	-11.9201	32.4215
8	8.4711	-6.9012	3.6966	7.1764	-3.7949	2.2227	-0.2921	-0.3234	0.2849	0.636	0.1636	0.0998	-0.3823	0.0791	0.098	0.1719	0.0206	-0.0172	0.1319	-0.0308	0.1515	-2.6903	1.3766	44.8054
9	2.1379	0.2741	1.5163	1.4205	-0.075	1.7319	0.0354	-0.0193	-0.3224	0.0459	0.0213	-0.0592	0.0709	0.0212	-0.0333	0.082	-0.013	0.0256	0.0733	0.0108	0.1092	2.3626	-12.3061	38.9002
10	7.7062	2.7464	6.284	2.2926	3.091	5.9225	0.41	-0.3959	-0.3324	0.2585	-0.2731	0.1017	0.4645	-0.525	-0.1714	0.1286	-0.0003	-0.0157	0.0919	0.0152	0.136	0.0961	-15.9094	34.2258
11	2.1978	1.1839	1.815	3.2367	2.4371	3.8794	0.0365	-0.1142	0.2355	0.0758	-0.076	-0.0149	-0.1981	-0.0867	0.0837	0.0967	-0.0149	0.0239	0.0834	-0.0136	0.095	10.0345	-23.5619	14.6948
12	5.5621	0.2656	-1.2292	4.2281	-1.5612	2.9377	0.1045	0.3611	-0.3913	-0.132	-0.1096	-0.0809	0.5122	0.0299	0.0218	0.1791	0.0062	-0.0157	0.1076	-0.0305	0.0971	6.2216	-37.7624	-0.7176
13	0.2487	0.4956	0.343	1.083	0.2934	2.2797	0.1312	0.2888	0.0055	-0.1299	-0.0615	-0.2459	-0.0256	0.2281	-0.0785	0.071	0.02	0.0339	0.2193	0.0211	0.129	18.4753	-29.9916	3.8485
14	3.1379	1.1579	-0.2911	2.6126	-0.5965	2.7737	-0.0816	0.0576	-0.2665	-0.1827	0.0516	-0.1483	0.4757	0.2442	0.03	0.1417	0.0256	0.0074	0.1036	-0.0042	0.1145	14.5441	-40.3289	16.602
15	0.6406	1.1711	-0.4305	6.862	-1.5221	1.2791	-0.1599	0.031	0.142	0.3728	0.2893	0.2495	-0.1811	0.0383	-0.1169	0.1491	0.0095	0.0105	0.1306	0.0079	0.1116	10.0253	-32.6958	24.7049
16	2.2852	-0.0599	-0.0405	3.698	0.5229	3.8477	0.1387	-0.3294	0.0713	0.1171	-0.0565	0.0187	-0.2384	-0.3127	-0.0361	0.0836	-0.0024	0.0026	0.1176	0.0038	0.0559	5.7408	-30.2376	15.1344
17	2.5282	-0.719	-0.8383	3.7802	2.2231	2.0867	0.1015	0.0826	0.2511	-0.0802	0.0726	-0.1102	-0.3325	0.0723	-0.115	0.0761	-0.001	0.0127	0.0836	0.0126	0.0914	7.9165	-24.384	5.8307
18	4.7559	2.1523	-2.9537	1.1132	-1.7865	3.3313	-0.1407	0.2441	-0.4109	-0.2973	0.143	-0.1235	0.6154	-0.2861	-0.0002	0.1636	-0.0611	-0.0412	0.1264	0.0046	0.1254	-1.3486	-36.9365	-2.9405
19	2.778	1.6914	0.435	1.9976	-1.3316	3.6067	0.1059	-0.0147	0.6336	-0.2603	-0.0682	-0.0841	-0.6958	-0.3114	0.016	0.1813	0.041	0.0337	0.1317	-0.0073	0.2327	0.0824	-22.8387	6.7982
20	2.5578	1.3238	-0.7939	3.4715	1.5575	6.7634	0.0901	0.0185	-0.1386	0.1298	-0.084	-0.0889	-0.1989	0.1769	0.0522	0.089	0.0084	0.0008	0.1054	0.024	0.0978	13.2726	-27.258	-9.6108
21	1.3402	-0.5815	-0.4501	2.0886	1.9406	1.8181	0.0296	0.017	0.1487	0.187	-0.1123	0.293	-0.4759	-0.2283	0.1899	0.2653	0.0399	0.0288	0.1037	0.0069	0.1493	7.1069	-20.8569	3.3704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -8 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 35 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 49 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 60 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 61 through 76 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 106 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 115 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 116 through 125 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 126 through 150 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 151 through 159 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -6 through 9 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 10 through 24 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 25 through 35 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 36 through 76 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 77 through 89 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 90 through 106 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 107 through 115 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 116 through 125 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 126 through 139 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 140 through 150 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 151 through 159 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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