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- PDB-5sbr: CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sbr
タイトルCD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z1259341012
要素CD44 antigen
キーワードPROTEIN BINDING / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / wound healing, spreading of cells / cargo receptor activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / channel regulator activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / Wnt signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / membrane raft / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R)-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]ethan-1-amine / CD44 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.286 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1RF1AG057443 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CD44 PanDDA analysis group deposition
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O.
履歴
登録2021年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD44 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4746
ポリマ－16,9711
非ポリマー5035
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.656, 81.015, 31.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CD44 antigen / Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / ...Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / Hermes antigen / Hyaluronate receptor / Lymphocyte antigen 24 / Ly-24 / Phagocytic glycoprotein 1 / PGP-1 / Phagocytic glycoprotein I / PGP-I


分子量: 16970.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Ly-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15379
#2: 化合物 ChemComp-8B2 / (1R)-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]ethan-1-amine


分子量: 206.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.35 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM MES, 24% PEG 5,000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91199 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→40.51 Å / Num. obs: 33209 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 9.28 Å2 / CC1/2: 0.904 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Rpim(I) all: 0.191 / Rrim(I) all: 0.348 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 124633 / Scaling rejects: 4642
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.29-1.363.91.1061841447360.5150.6651.2951.993.5
4.07-40.513.70.056404911070.9930.0350.06613.698.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.4 (20-APR-2021)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2JCP

2jcp


解像度: 1.286→40.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.063
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1483 5.01 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1802 29620 84.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 63.59 Å2 / Biso mean: 13.64 Å2 / Biso min: 6.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9843 Å20 Å2-0.3575 Å2
2---5.0352 Å20 Å2
3---4.0509 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.286→40.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 31 240 1442
Biso mean--14.14 26.11 -
残基数----150
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d473SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1285HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion179SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1724SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1313HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1797HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.08
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.3 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 38 6.41 %
Rwork0.2346 555 -
all-593 -
obs--72.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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