PDB-5sbe: Tubulin-maytansinoid-5c-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sbe

タイトル

Tubulin-maytansinoid-5c-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Marzullo, P. / Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Alvarez-Bernad, B. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. ...

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Maytansinol Derivatives: Side Reactions as a Chance for New Tubulin Binders.
著者: Marzullo, P. / Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Alvarez-Bernad, B. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Altmann, K.H. / Prota, A.E. / Diaz, J.F. / Pieraccini, S. / Passarella, D.

履歴

登録	2021年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns Item: _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sbe.cif.gz	907 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sbe.ent.gz	749.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5sbe_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sbe_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5sbe_validation.xml.gz	79.5 KB	表示
CIF形式データ	5sbe_validation.cif.gz	107 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbe	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002215 (7エントリ) 5sb8 5sb9 5sba 5sbb 5sbc 5sbd 5sbe
タイトル	T2R-TTL-maytansinoid structures
解説	Crystal structures of Tubulin-maytansinoid complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s50-d 5s5g-d 5s5h-d 5s5p-d 5s5n-d 7ce6-d 5s63-d 5xkf-d 5sbc-d 6d88-d 6bs2-d 5sbb-d 6hx8-d 5s5f-d 5s65-d 7dbc-d 5xlz-d 7cek-d 5s5v-d 5sb8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.118, 158.404, 181.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 339分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-5L5 / (1S,2R,3S,5S,6S,16E,18E,20R)-11-chloro-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-8,23-dioxo-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1~10,14~.0~3,5~]hexacosa-10(26),11,13,16,18,21-hexaen-6-yl hept-6-ynoate 分子量: 655.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₃ClN₂O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→48.06 Å / Num. obs: 79317 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.516 % / B_iso Wilson estimate: 62.95 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.346 / R_rim(I) all: 0.36 / Χ²: 0.747 / Net I/σ(I): 9.81 / Num. measured all: 1072044 / Scaling rejects: 236

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.75-2.82	13.407	3.106	0.91	77423	5776	5775	0.337	3.229	100
2.82-2.9	12.602	2.488	1.15	71254	5655	5654	0.434	2.594	100
2.9-2.98	13.044	2.141	1.43	71845	5512	5508	0.508	2.228	99.9
2.98-3.07	14.035	1.69	2	75113	5354	5352	0.662	1.753	100
3.07-3.18	13.756	1.377	2.48	71451	5195	5194	0.74	1.43	100
3.18-3.29	13.389	1.147	3.09	67132	5016	5014	0.797	1.192	100
3.29-3.41	12.625	0.935	3.72	60979	4829	4830	0.839	0.974	100
3.41-3.55	14.015	0.715	5.29	65855	4699	4699	0.919	0.741	100
3.55-3.71	14.163	0.554	7.1	63494	4487	4483	0.943	0.574	99.9
3.71-3.89	14.165	0.409	9.35	60995	4308	4306	0.973	0.425	100
3.89-4.1	14.056	0.313	11.99	57307	4077	4077	0.986	0.324	100
4.1-4.35	13.799	0.231	15.15	53483	3877	3876	0.99	0.24	100
4.35-4.65	13.637	0.159	19.44	49981	3665	3665	0.996	0.165	100
4.65-5.02	13.157	0.147	20.47	44984	3419	3419	0.995	0.153	100
5.02-5.5	12.265	0.17	18.16	38781	3162	3162	0.993	0.177	100
5.5-6.15	13.728	0.175	18.82	39317	2864	2864	0.994	0.182	100
6.15-7.1	12.838	0.145	20.79	32711	2548	2548	0.995	0.151	100
7.1-8.7	13.663	0.082	32.04	29704	2174	2174	0.998	0.085	100
8.7-12.3	13.93	0.051	45.02	23862	1713	1713	0.999	0.053	100
12.3-48.06	12.004	0.046	44.72	11860	1012	988	0.999	0.049	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.19.1_4122	位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.75→48.06 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	3966	5 %
R_work	0.1915	75334	-
obs	0.1934	79300	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.73 Å² / B_iso mean: 73.0576 Å² / B_iso min: 30.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→48.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17362	0	217	324	17903
B_iso mean	-	-	68.96	53.23	-
残基数	-	-	-	-	2193

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.3596	139	0.3237	2649	2788	100
2.78-2.82	0.3413	139	0.3054	2630	2769	100
2.82-2.86	0.3085	141	0.2976	2687	2828	100
2.86-2.89	0.2702	139	0.2929	2644	2783	100
2.89-2.94	0.3246	141	0.2898	2682	2823	100
2.94-2.98	0.3154	140	0.2854	2651	2791	100
2.98-3.03	0.3404	140	0.2776	2671	2811	100
3.03-3.08	0.3211	140	0.2739	2653	2793	100
3.08-3.13	0.3431	141	0.2695	2676	2817	100
3.13-3.19	0.3216	139	0.2554	2639	2778	100
3.19-3.25	0.2811	142	0.2425	2694	2836	100
3.25-3.31	0.2822	139	0.2237	2645	2784	100
3.31-3.39	0.2461	141	0.2262	2684	2825	100
3.39-3.46	0.2528	140	0.2079	2666	2806	100
3.46-3.55	0.2508	142	0.2041	2692	2834	100
3.55-3.65	0.2479	141	0.2062	2676	2817	100
3.65-3.75	0.2436	142	0.1995	2701	2843	100
3.75-3.88	0.2121	140	0.1642	2665	2805	100
3.88-4.01	0.1968	141	0.1643	2676	2817	100
4.01-4.17	0.2097	142	0.1612	2699	2841	100
4.17-4.36	0.2168	142	0.1506	2687	2829	100
4.36-4.59	0.1638	141	0.1375	2693	2834	100
4.59-4.88	0.1622	143	0.1365	2714	2857	100
4.88-5.26	0.1841	144	0.1461	2735	2879	100
5.26-5.79	0.1921	143	0.1632	2707	2850	100
5.79-6.62	0.2001	145	0.1791	2758	2903	100
6.62-8.34	0.2008	146	0.1715	2776	2922	100
8.34-48.06	0.2262	153	0.1835	2884	3037	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5115	-0.9099	-0.7094	2.5159	-0.7195	0.9887	0.0206	0.0782	0.2194	-0.5796	0.211	-0.1899	-0.9136	0.211	-0.0001	0.9607	-0.1467	0.1546	0.6681	-0.1496	0.6207	28.7711	96.8858	52.4832
2	0.4467	-0.3067	0.1173	1.2223	0.7468	2.8018	-0.0549	0.4123	0.1504	-1.0392	0.4289	-0.4621	-1.0563	0.6712	-0.0051	0.7673	-0.2033	0.1075	0.8056	-0.2137	0.8083	35.3984	84.3728	45.5185
3	0.4879	-1.1848	-0.3594	2.9046	0.4063	2.0164	0.0823	-0.1297	-0.0712	0.3845	0.3387	-0.4228	0.0502	0.692	0.0004	0.5209	-0.0352	0.0595	0.6857	-0.2273	0.6097	32.8179	77.6961	57.5587
4	1.0338	-1.2277	-0.6898	2.854	0.2317	3.3467	0.0959	0.0749	-0.0117	0.0045	0.0607	0.0263	-0.2779	-0.0503	-0.0002	0.5318	0.0076	0.0589	0.5003	-0.0915	0.5763	20.0028	86.223	63.006
5	1.6413	1.2245	-1.0947	3.4607	0.6792	3.4998	0.3431	-0.42	-0.0512	0.4706	-0.219	0.4931	-0.2146	-0.4227	-0.0003	0.6045	0.0606	0.0357	0.56	-0.1709	0.5875	13.9461	84.9015	70.6447
6	0.9266	0.1279	0.5977	0.6072	0.6623	0.9432	0.0082	-0.3297	0.2873	0.6725	0.0876	0.534	-0.0192	-0.3093	0.0001	0.8324	0.0312	0.1603	0.6552	-0.1285	0.6108	16.6354	88.0626	80.5329
7	1.0905	-0.5839	-0.6582	3.8067	1.8505	2.9569	-0.0694	-0.1089	-0.0735	0.731	0.2596	0.0018	0.2503	0.4007	-0	0.5417	0.0047	-0.0212	0.5746	-0.1301	0.5577	24.621	73.8721	66.9702
8	0.8403	-0.291	-0.5789	0.6893	-0.3112	0.8029	-0.1401	0.1767	0.2651	-0.4622	0.168	0.4142	-0.8102	-0.3115	0	0.5095	0.063	0.0099	0.5635	-0.0798	0.6811	15.583	64.8134	21.5527
9	0.6365	0.0255	0.2414	0.4609	0.242	0.3753	0.1672	0.3085	1.2964	-0.3454	-0.1473	-0.3576	-1.011	0.0006	0.0001	1.0992	0.0684	0.046	0.6671	-0.0314	0.9339	15.3447	78.9216	22.0903
10	0.3201	-0.1129	-0.0131	0.157	0.5016	1.6616	0.2298	0.4995	0.0817	-0.9628	-0.1529	0.1035	-0.3943	-0.1905	0.0003	0.6519	0.1067	0.06	0.7119	-0.0541	0.6516	19.6668	60.7452	10.7416
11	0.4362	-0.0106	-0.3837	1.5428	0.6339	0.7972	-0.1227	0.4531	0.2471	-0.2438	0.413	-0.2592	-0.6554	0.6731	-0.0051	0.4927	-0.0826	0.0317	0.6906	-0.0825	0.619	31.5403	56.7301	16.5533
12	1.3513	-0.7618	-0.3499	3.6552	1.5915	3.7533	-0.0363	-0.0321	0.0513	-0.0501	-0.1084	0.1316	-0.0515	-0.1926	-0.0371	0.3605	0.0296	0.042	0.5103	-0.115	0.4865	17.229	53.7914	26.3649
13	0.2819	0.0568	0.0722	0.0098	-0.0304	0.3292	-0.2377	-0.2302	0.451	0.1953	0.0206	0.1657	-0.6752	0.1451	0.0001	0.6154	0.0615	0.0087	0.718	-0.1834	0.7427	19.1574	68.9249	38.2347
14	0.7525	1.0588	-0.7759	2.8431	-0.2907	2.332	0.2978	0.1405	0.2201	-0.2081	-0.1947	0.459	-0.0737	-0.82	-0	0.485	0.0763	-0.0021	0.7872	-0.2626	0.5254	5.3169	59.6063	38.1479
15	1.4535	-0.9333	0.2892	0.752	0.372	1.2668	-0.1296	-0.5819	-0.0286	0.3466	-0.1071	0.4747	0.0615	-1.2371	-0.0335	0.6472	0.1305	-0.0019	0.9388	-0.2055	0.7232	5.0631	60.3311	44.6805
16	0.9299	-0.5916	-0.4592	1.1839	1.645	2.4901	-0.1733	-0.1471	0.017	0.4804	-0.0324	0.5081	0.1829	-0.2593	-0.0001	0.4595	-0.0491	0.0354	0.6341	-0.1122	0.575	11.8584	52.8167	39.0597
17	0.4058	-0.3065	0.3331	0.9742	-0.0827	0.7376	-0.0697	-0.1577	-0.2444	0.6985	0.1203	-0.3215	0.4424	0.6534	0.0002	0.6475	-0.021	-0.0432	0.6334	-0.0747	0.633	25.496	38.3443	30.4709
18	3.0578	-2.0535	-0.4122	2.3772	-0.6385	1.8607	0.061	0.2902	0.1746	-0.5434	-0.1152	0.2791	-0.4513	-0.0688	-0.0002	0.5402	-0.0843	-0.0306	0.5289	0.0091	0.508	15.5984	39.4983	-15.9807
19	0.6295	-0.2696	0.3604	1.4385	0.4978	2.6084	-0.0169	0.1042	0.0373	-0.1005	0.2961	-0.5778	-0.1291	0.4755	-0	0.3432	-0.0992	0.0553	0.543	-0.0406	0.561	27.8021	30.3601	-10.128
20	1.1701	-1.1987	-0.1804	1.8436	-0.6948	1.2801	0.1296	0.0503	-0.0952	0.0154	-0.04	-0.1197	0.2618	0.1397	0	0.4111	-0.0275	0.0391	0.4294	-0.0645	0.4369	19.9076	21.0194	-3.6484
21	1.6101	-0.2236	0.5752	1.1174	0.9267	2.9077	0.0775	0.0501	0.1113	-0.0032	-0.2101	0.294	0.0899	-0.5511	-0.0048	0.3475	-0.0421	0.0361	0.537	-0.0669	0.536	2.5297	30.4492	2.5153
22	2.1318	-1.0507	0.4787	0.8157	0.3585	0.9671	0.0459	-0.2753	0.0552	-0.393	-0.0259	0.3023	0.4866	-0.5682	0.0004	0.5643	-0.0863	0.0172	0.534	-0.1263	0.634	2.0152	34.7925	6.0609
23	0.6627	-0.4239	-0.2023	1.3461	0.3849	2.1521	-0.1811	0.0041	-0.1241	0.3021	0.0928	-0.1855	0.5631	0.19	-0	0.4647	-0.017	0.0177	0.4535	-0.0853	0.5546	19.7654	13.7861	2.7678
24	2.8055	-0.7585	0.8389	1.2201	-0.9936	1.4966	-0.1133	0.9277	0.2248	-0.6201	0.0563	-0.1113	-0.2005	-0.5225	0.0001	0.921	-0.1233	0.0472	1.0721	-0.1004	0.5568	16.9655	9.6382	-43.8049
25	1.5831	0.0245	-0.2087	1.96	0.1743	2.3851	-0.2284	0.5458	-0.1938	-0.6177	0.2017	-0.2002	0.3792	0.0554	-0.0001	0.8481	-0.0827	0.1105	0.8007	-0.2119	0.5979	22.8567	-2.2791	-35.0535
26	2.3598	-1.2557	-0.8462	2.2909	0.7067	2.165	-0.1056	0.332	-0.413	-0.1563	0.0185	0.1256	0.5199	-0.2706	-0.0012	0.8255	-0.1404	0.0539	0.6434	-0.1898	0.6348	13.4613	-6.5222	-22.4872
27	0.9097	0.6457	0.5172	0.8407	0.7827	0.6914	-0.1347	-0.1616	0.2611	0.6143	0.1247	-0.4517	0.4345	0.5072	0	1.3576	-0.1331	-0.0316	0.8766	-0.1808	0.8062	27.6484	93.1439	82.0925
28	0.3783	-0.4028	-0.561	0.3452	0.3336	0.9029	0.0395	-0.0727	-0.0203	0.4439	0.1337	-0.2751	0.5346	0.1994	-0.0001	0.5521	0.0636	0.0644	0.8725	-0.2363	0.8122	42.7683	27.7929	4.0443
29	1.566	0.5975	-1.4901	1.4469	-0.1501	1.9679	-0.3741	0.3244	-0.5196	-0.2665	0.1898	-0.1815	1.3433	-0.2436	0	1.217	-0.1577	0.1282	0.7217	-0.1393	0.82	6.1934	55.4456	69.747
30	0.7242	0.6887	0.1013	0.7884	-0.167	0.8428	0.0598	-0.8005	-0.1902	0.4881	-0.1919	-1.0155	0.1622	1.0718	-0.0001	1.1603	0.1254	-0.1102	1.4522	0.1768	1.041	17.962	60.5552	104.4179
31	2.1601	0.7442	-1.3736	1.5538	0.7054	1.8332	-0.5033	-0.2345	-0.6711	0.299	0.1762	-0.2761	1.2283	0.0612	-0.0249	1.278	0.1714	0.2	0.6512	0.1387	0.927	-0.1987	51.8844	99.394
32	0.129	0.0659	-0.2282	0.0504	-0.0823	0.4276	-0.2502	-0.2425	-1.6602	0.2696	-0.5045	-0.7907	0.3101	0.8311	-0.0036	2.1775	0.2342	0.4584	0.9693	0.1733	1.7286	4.6403	38.7201	101.7249
33	1.6665	-0.2891	-1.0465	0.9965	0.6671	2.3466	-0.3387	-0.002	-0.5445	0.161	0.2909	-0.0328	0.5355	-0.0959	-0.0001	1.1127	0.0602	0.1143	0.596	0.0704	0.7284	-2.0446	58.718	94.9748
34	1.1543	-0.1215	-0.5016	0.1142	0.0057	0.8767	-0.2005	0.3658	-0.2884	-0.0035	0.3671	0.1391	0.4174	-0.6464	-0	1.0373	-0.158	0.1023	0.7891	-0.0205	0.9228	-6.9163	58.5789	80.1794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 79 )	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 128 )	A	80 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 197 )	A	129 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 198 through 259 )	A	198 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 260 through 306 )	A	260 - 306
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 307 through 338 )	A	307 - 338
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 339 through 438 )	A	339 - 438
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 27 )	B	2 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 64 )	B	28 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 65 through 102 )	B	65 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 103 through 127 )	B	103 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 128 through 238 )	B	128 - 238
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 239 through 259 )	B	239 - 259
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 260 through 295 )	B	260 - 295
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 296 through 338 )	B	296 - 338
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 339 through 401 )	B	339 - 401
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 402 through 437 )	B	402 - 437
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1 through 102 )	C	1 - 102
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 103 through 161 )	C	103 - 161
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 162 through 199 )	C	162 - 199
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 200 through 338 )	C	200 - 338
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 339 through 372 )	C	339 - 372
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 373 through 440 )	C	373 - 440
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 89 through 259 )	D	89 - 259
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 260 through 441 )	D	260 - 441
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 67 through 184 )	F	67 - 184
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 185 through 236 )	F	185 - 236
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 237 through 257 )	F	237 - 257
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 258 through 339 )	F	258 - 339
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 340 through 382 )	F	340 - 382

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)