PDB-5s5l: Tubulin-Z1492796719-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5l

タイトル

Tubulin-Z1492796719-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5l.cif.gz	913.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5l.ent.gz	750.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5s5l_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5l_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5s5l_validation.xml.gz	83.5 KB	表示
CIF形式データ	5s5l_validation.cif.gz	111.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5l	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6k9v-d 5yls-d 5s4p-d 7cda-d 5xkg-d 5s4q-d 5s56-d 5ezy-d 5yz3-d 5xp3-d 5osk-d 5lxt-d 5s5a-d 6br1-d 5xlt-d 5nfz-d 4i4t-d 6y6d-d 5yl2-d 5xke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.120, 159.020, 179.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 428分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-X0M / N-[(3S)-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-3-yl]acetamide 分子量: 190.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→62.67 Å / Num. obs: 141751 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.811 % / B_iso Wilson estimate: 58.961 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 13.38 / Num. measured all: 965426 / Scaling rejects: 4872

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31	7.034	1.468	1.32	68338	10437	9716	0.674	1.585	93.1
2.31-2.37	7.079	0.957	2.05	71920	10171	10159	0.769	1.032	99.9
2.37-2.44	7.029	0.764	2.61	69682	9927	9914	0.831	0.825	99.9
2.44-2.52	6.915	0.597	3.24	66518	9627	9619	0.891	0.645	99.9
2.52-2.6	6.783	0.478	3.96	63196	9323	9317	0.922	0.518	99.9
2.6-2.69	6.463	0.392	4.73	58592	9074	9066	0.936	0.426	99.9
2.69-2.79	6.667	0.307	5.96	57979	8702	8696	0.96	0.333	99.9
2.79-2.9	7.084	0.235	7.84	59537	8408	8404	0.979	0.253	100
2.9-3.03	7.011	0.179	9.93	56578	8074	8070	0.986	0.193	100
3.03-3.18	6.95	0.135	12.64	53922	7765	7759	0.992	0.146	99.9
3.18-3.35	6.79	0.104	15.58	49806	7339	7335	0.995	0.112	99.9
3.35-3.56	6.444	0.08	18.83	44780	6951	6949	0.996	0.087	100
3.56-3.8	6.677	0.07	22.01	43882	6608	6572	0.997	0.076	99.5
3.8-4.11	6.984	0.055	27.77	42504	6089	6086	0.998	0.059	100
4.11-4.5	6.835	0.045	32.76	38816	5681	5679	0.998	0.049	100
4.5-5.03	6.406	0.041	34.66	32998	5151	5151	0.998	0.045	100
5.03-5.81	6.481	0.042	33.63	29548	4559	4559	0.998	0.046	100
5.81-7.12	6.885	0.043	35.18	26795	3893	3892	0.998	0.046	100
7.12-10.06	6.233	0.034	42.38	19030	3056	3053	0.999	0.037	99.9
10.06-62.67	6.271	0.029	50.16	11005	1774	1755	0.999	0.032	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.25→62.67 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	7020	4.98 %
R_work	0.2043	133885	-
obs	0.2059	140905	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.67 Å² / B_iso mean: 69.9139 Å² / B_iso min: 32.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→62.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17437	0	200	412	18049
B_iso mean	-	-	60.28	56.34	-
残基数	-	-	-	-	2203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.3397	185	0.3446	3003	3188	68
2.28-2.3	0.3486	242	0.2952	4437	4679	100
2.3-2.33	0.3316	232	0.2843	4479	4711	100
2.33-2.36	0.2941	216	0.2695	4480	4696	100
2.36-2.39	0.3054	209	0.2732	4478	4687	100
2.39-2.42	0.3174	235	0.265	4446	4681	100
2.42-2.46	0.2786	232	0.2592	4466	4698	100
2.46-2.5	0.3009	238	0.2559	4488	4726	100
2.5-2.53	0.3029	238	0.266	4484	4722	100
2.53-2.58	0.2997	216	0.2524	4476	4692	100
2.58-2.62	0.2982	229	0.2547	4469	4698	100
2.62-2.67	0.2898	227	0.2572	4504	4731	100
2.67-2.72	0.3163	235	0.2496	4476	4711	100
2.72-2.77	0.2873	245	0.2486	4480	4725	100
2.77-2.83	0.2767	251	0.2424	4465	4716	100
2.83-2.9	0.2713	239	0.244	4497	4736	100
2.9-2.97	0.2851	273	0.2445	4450	4723	100
2.97-3.05	0.2923	222	0.242	4494	4716	100
3.05-3.14	0.2557	232	0.2379	4532	4764	100
3.14-3.24	0.2799	253	0.2404	4500	4753	100
3.24-3.36	0.2521	231	0.232	4500	4731	100
3.36-3.5	0.2466	234	0.2158	4516	4750	100
3.5-3.65	0.2603	235	0.2135	4536	4771	100
3.65-3.85	0.2488	222	0.2062	4502	4724	99
3.85-4.09	0.2088	228	0.1775	4578	4806	100
4.09-4.4	0.2111	251	0.1659	4531	4782	100
4.4-4.85	0.1624	248	0.1503	4569	4817	100
4.85-5.55	0.2271	238	0.1708	4596	4834	100
5.55-6.99	0.1996	241	0.1959	4644	4885	100
6.99-62.67	0.1655	243	0.1586	4809	5052	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3302	-0.1922	0.0037	4.6864	0.8231	2.8452	0.0139	0.1546	0.1896	-0.5251	0.2471	-0.4049	-0.7634	0.3003	-0.2578	0.5816	-0.123	0.1354	0.4906	-0.1391	0.4498	32.2536	90.1712	50.4774
2	4.5766	-0.0693	-3.2573	5.8505	-1.598	3.1742	0.1017	-0.1513	-0.1068	0.5024	-0.0961	-0.1498	0.1429	0.1802	0.031	0.4177	0.061	-0.0535	0.4288	-0.1538	0.3503	30.1049	74.8069	58.7668
3	1.6603	0.2757	0.2468	3.967	0.8567	5.1856	0.1097	0.0689	0.098	0.3524	-0.0382	0.4011	-0.2092	-0.2179	-0.0742	0.4153	0.0353	0.0801	0.3746	-0.1056	0.4571	17.2639	85.286	66.6155
4	0.8903	-0.1807	0.1001	5.1119	1.4045	3.1323	-0.0503	-0.2337	0.1483	0.992	0.1837	0.3067	-0.1092	-0.0378	-0.1458	0.5877	0.0107	0.1319	0.556	-0.0968	0.4833	19.1976	84.0535	73.0263
5	2.9136	0.5297	1.3237	4.7112	2.8489	5.3462	0.0182	-0.3237	0.0013	0.81	0.3163	-0.4389	0.7434	0.7223	-0.2649	0.5245	0.1234	-0.076	0.4539	-0.1137	0.504	32.4778	62.8362	61.4239
6	5.3349	-1.6039	-0.671	6.5208	0.2557	4.1139	0.2204	-0.0142	0.8927	-0.1665	-0.1682	0.193	-0.9412	-0.2261	0.012	0.5521	0.0234	0.0118	0.368	-0.055	0.5132	15.8744	70.4797	19.1046
7	1.7977	0.2132	-0.0365	1.8299	1.1581	3.3298	0.036	-0.1549	0.2101	0.0447	-0.0791	0.0731	-0.3532	-0.0413	0.0164	0.3419	0.0028	0.018	0.3984	-0.0964	0.3754	20.181	56.5264	25.174
8	3.9312	-1.6743	1.1855	3.3158	-0.0784	3.0438	-0.1946	-0.181	-0.047	0.2233	-0.119	0.624	-0.2064	-1.0624	0.2924	0.5062	0.0487	0.0832	0.7649	-0.2004	0.5009	5.7767	60.5785	42.2291
9	1.4866	-1.2318	-0.502	4.5571	2.5666	4.5775	0.0058	-0.2056	-0.1102	0.6937	0.0929	-0.0532	0.624	0.3911	-0.1032	0.3548	-0.0534	-0.0044	0.4363	-0.0343	0.3993	21.046	41.6891	30.6459
10	1.3259	-0.5383	0.0616	3.0768	0.4769	2.012	-0.0174	0.1939	0.1036	-0.297	0.0732	-0.0705	-0.1663	0.1202	-0.0506	0.3239	-0.0613	0.0388	0.4343	-0.055	0.3568	20.124	33.4631	-12.0765
11	1.0281	-0.4524	-0.0109	1.7297	0.9681	1.442	0.0077	-0.0045	0.0618	0.0809	-0.1172	0.1527	0.0373	-0.2218	0.1076	0.2749	-0.0354	0.0339	0.3638	-0.0453	0.3465	7.7631	26.3434	3.0507
12	4.1452	-2.0136	0.703	6.9785	0.0899	2.2084	-0.0811	0.6116	0.1086	-0.7486	0.1641	0.0593	-0.0219	-0.2233	-0.0855	0.5792	-0.1029	0.0604	0.8166	-0.0507	0.3302	17.2567	10.3074	-44.1242
13	1.8942	0.0403	-0.0317	1.6857	-0.0222	2.2453	-0.0459	0.537	-0.2166	-0.3461	0.1536	-0.2531	0.2919	0.064	-0.091	0.5391	-0.0318	0.0666	0.589	-0.207	0.461	22.8084	-1.7693	-34.4225
14	1.2587	-0.839	-2.3426	5.494	2.6466	4.6068	0.1528	0.6523	-0.5482	-0.6214	-0.3221	0.9862	0.2292	-0.454	0.0958	0.6106	-0.1456	-0.0184	0.7598	-0.2036	0.6721	0.6354	-5.3664	-26.011
15	2.1685	-0.2612	-0.5299	2.0926	0.7002	2.5949	-0.1654	0.2777	-0.2571	-0.0724	0.1678	0.1466	0.3966	-0.3197	0.0419	0.5073	-0.1136	0.0041	0.4553	-0.127	0.4207	8.7061	-1.2392	-21.0773
16	3.1519	0.1802	-1.7935	2.3271	0.5366	4.3851	-0.2002	0.1373	-0.7681	-0.0537	0.1286	-0.2522	0.5332	0.4011	-0.0768	0.7784	0.1383	-0.0261	0.5986	-0.2957	0.8333	30.4035	-16.6721	-24.8282
17	5.7073	-3.3593	-0.3889	7.4172	1.8496	3.4718	-0.2016	-0.7959	0.425	1.1654	0.5525	-0.4678	-0.3004	0.3242	-0.3156	1.007	-0.1247	-0.0349	0.8728	-0.1776	0.6931	27.8301	94.1106	81.1063
18	0.209	-0.3166	-0.4605	3.3366	3.3259	4.0781	-0.0664	-0.0548	-0.0687	0.6218	0.7035	-0.6401	0.6967	1.0309	-0.7397	0.4673	0.0851	0.0231	0.8858	-0.245	0.7708	42.9863	28.8106	4.2114
19	2.9345	1.7243	-1.3326	7.246	1.805	3.8586	-0.611	0.5726	-0.5202	-0.3512	0.2599	-0.3082	1.5857	-0.5438	0.256	1.2091	-0.2085	0.1443	0.7836	-0.135	0.6069	6.422	55.591	69.5996
20	3.1266	0.9963	2.7747	3.5349	-1.5545	6.2458	0.1206	-0.7523	0.0582	0.5969	-0.3066	-1.0079	-0.2337	1.6548	0.2251	0.7772	0.0043	-0.1524	1.2192	0.0218	0.7798	16.658	65.0237	102.4901
21	4.6217	0.5809	2.0662	4.3931	-0.9541	6.8378	-0.0188	-0.4403	-0.5121	0.8365	-0.2172	-0.8885	0.9451	1.8496	0.247	1.1063	0.3205	-0.007	1.0673	0.1631	0.8501	11.5935	53.1155	105.7691
22	2.5643	1.1702	-0.9221	3.5917	-0.5379	1.5333	-0.3474	0.0281	-0.7288	0.3592	0.1621	-0.302	1.0367	0.2053	0.0919	1.2294	0.097	0.1936	0.5216	0.0435	0.8063	-2.1565	50.8148	99.3382
23	3.4665	0.1165	-1.8335	1.9353	1.0115	4.7301	-0.3386	0.3513	-0.4732	-0.2035	0.4979	-0.0346	1.13	0.038	-0.1906	0.8959	-0.0558	0.0386	0.4714	0.0055	0.5473	1.1147	59.1453	87.5324
24	5.2654	-3.282	-2.818	4.8637	0.9479	2.3151	-0.0918	0.771	-0.2446	-0.2909	0.2637	0.6183	-0.3276	-0.953	-0.0958	0.6413	-0.1235	-0.0408	0.8302	0.006	0.655	-8.175	64.114	79.3124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 428分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 8種, 428分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 428分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)