PDB-5qcv: Crystal structure of BACE complex with BMC023

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qcv

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC023

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5qcv.ent.gz	381.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qcv_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qcv_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5qcv_validation.xml.gz	41.2 KB	表示
CIF形式データ	5qcv_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcv	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	2ohq-d 2wez-d 3vf3-d 5qd7-1 5qcs-1 2xfj-d 4b78-d 3l5f-1 3dv5-2 5qcw-3 4h3i-1 5qd2-1 2vij-d 2xfi-d 1w50-d 1sgz-4 7b1q-d 2wjo-d 2vj9-d 7dcz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.485, 104.384, 99.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E5A / (10S,13S)-13-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-9,10-dimethyl-2-oxa-9,12-diazabicyclo[13.3.1]nonadeca-1(19),15,17-triene-8,11-dione 分子量: 509.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₃N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 3.8- ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 3.8-FOLD EXCESS OF BMC012-AA-3 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN DMSO (1.4% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 20%(V/V) GLYCEROL, 80% (V/V) RESERVOIR SOLUTION

結晶

マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.4 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 3.8- ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97936
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→40.003 Å / Num. obs: 76362 / % possible obs: 98 % / R_merge(I) obs: 0.06

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→40 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	3875	5.07 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.184	76362	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8925	0	111	198	9234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	12619
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.604	5418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1620

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.2775	0.5943	99	0.596	1729	X-RAY DIFFRACTION	66
2.2775-2.3063	0.3765	134	0.4171	2453	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3063-2.3367	0.2525	133	0.2125	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3367-2.3687	0.2224	141	0.1961	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3687-2.4025	0.2339	139	0.2024	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4025-2.4384	0.255	129	0.1975	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4384-2.4765	0.261	133	0.2012	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4765-2.517	0.2623	148	0.1913	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.5604	0.2254	121	0.1869	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5604-2.607	0.2447	146	0.1952	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.6571	0.2607	119	0.1985	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6571-2.7113	0.2343	141	0.201	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7113-2.7703	0.2713	146	0.2039	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7703-2.8347	0.2858	138	0.2108	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8347-2.9056	0.256	135	0.2109	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9056-2.9841	0.285	117	0.2134	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9841-3.0719	0.2226	128	0.204	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0719-3.171	0.2614	156	0.2182	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.2843	0.2365	152	0.2091	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2843-3.4157	0.2599	139	0.2014	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4157-3.5711	0.2021	153	0.1939	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5711-3.7592	0.2326	119	0.179	2428	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7592-3.9946	0.1732	148	0.1531	2477	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9946-4.3027	0.1854	144	0.1399	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3027-4.735	0.1594	157	0.1255	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.735-5.4188	0.1777	164	0.1416	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4188-6.8216	0.1849	153	0.1712	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8216-40.0098	0.2113	143	0.1778	2674	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1061	-0.0993	0.0747	1.6913	-0.5763	1.1503	-0.0755	0.1818	0.1141	0.0579	0.0131	-0.0362	-0.2024	0.1248	0	0.4794	-0.0183	-0.0313	0.4186	0.0105	0.312	40.0957	5.0166	16.9375
2	0.9361	-0.0166	-0.0787	1.546	-0.5594	1.4259	-0.0243	0.1388	0.029	0.2531	0.1888	0.3695	-0.3543	-0.0798	0.0269	0.428	0.104	0.0801	0.2996	0.0278	0.4092	20.1721	-3.7655	27.337
3	0.593	-0.2149	0.1324	1.1712	-0.62	0.5703	0.0112	0.1266	-0.1238	-0.0181	0.0592	0.0759	-0.1964	-0.0597	0.0002	0.422	0.0447	0.0476	0.3718	-0.0072	0.346	34.5983	-13.0661	24.6146
4	1.0417	0.0118	0.4348	0.8234	-0.4474	0.3459	0.2222	-0.3781	-0.1873	0.1455	-0.1354	0.0091	0.175	-0.4521	-0.0002	0.4193	-0.0868	0.0049	0.5834	0.0785	0.4143	13.4111	9.6757	-4.7489
5	0.5356	-0.1428	0.5815	0.5089	-0.3754	0.9443	0.0361	-0.3705	-0.3855	0.1284	-0.0486	0.2793	0.2028	-0.6451	0.0001	0.3794	-0.0231	0.0081	0.7465	0.0092	0.4863	5.7316	12.7804	-9.9318
6	1.1099	0.6188	-0.5858	0.8823	0.4281	1.2411	-0.0178	-0.3654	-0.1389	0.1509	-0.0201	0.1266	-0.2012	-0.4184	0	0.4179	0.03	-0.0247	0.3882	0.0406	0.3725	19.447	19.9497	-10.5762
7	1.287	0.0544	0.0239	1.6484	-0.4483	1.6033	-0.0682	0.3372	-0.3125	-0.2782	0.0965	-0.0514	0.0542	0.0042	-0.0003	0.3673	-0.0219	0.0193	0.388	-0.0794	0.417	31.2588	11.2574	-27.3454
8	1.044	-0.111	0.3159	0.0498	-0.2222	0.597	0.1929	-0.0813	-1.6823	-0.3586	0.0462	0.2473	0.8204	-0.2324	0.0447	1.0744	0.0506	-0.1281	0.5217	-0.1424	1.3901	33.6538	-11.6187	-22.0382
9	1.5102	0.2404	0.0779	0.326	-0.2943	1.151	0.1489	0.0677	-0.4913	-0.1805	-0.1656	-0.2881	0.1612	0.1033	-0.0004	0.4069	-0.007	-0.0281	0.3132	-0.0098	0.5529	33.4118	3.3279	-19.9239
10	1.8593	0.8033	0.2178	0.4189	0.1667	0.4978	0.0781	0.0515	-0.1885	0.0343	0.02	-0.0823	-0.0973	0.0951	0.0001	0.4128	0.0081	-0.0133	0.3584	0.0545	0.4317	35.9069	16.2091	-19.3185
11	0.5704	-0.0563	-0.3007	0.6834	-0.473	1.0747	0.0381	0.0117	-0.0989	-0.0502	0.0189	0.2465	0.1035	-0.4999	0	0.406	-0.0337	-0.034	0.552	0.0399	0.5408	-1.0683	-50.4012	41.9503
12	0.9331	0.3725	-0.097	0.9637	-0.2276	2.1498	0.0891	-0.0934	-0.1517	0.0838	-0.0109	0.0216	0.4064	-0.1646	0	0.4749	-0.0174	-0.0588	0.4002	0.0878	0.5099	6.528	-56.3028	46.6343
13	0.3414	0.3948	-0.2055	0.3779	-0.2533	0.5115	-0.0994	-0.0725	-0.0343	0.019	0.2307	0.067	0.3153	-0.4175	-0.0001	0.3719	0.0616	-0.0486	0.4697	0.0193	0.4177	5.0308	-44.8188	31.2644
14	1.3512	-0.097	-0.573	1.2079	-0.5753	0.6436	0.1729	-0.1333	-0.0179	0.1015	-0.017	-0.0603	-0.0644	0.088	0	0.3583	0.0254	0.0123	0.4366	-0.001	0.4121	20.5773	-33.5945	38.8205
15	0.6043	0.2266	0.4368	1.3548	-1.3074	1.9672	0.1501	-0.0857	0.2609	0.2941	0.3173	0.1881	-0.2915	-0.3969	0.0789	0.3665	0.0874	0.1341	0.4452	0.0607	0.4605	9.1932	-23.0521	41.3947
16	0.7697	0.7325	-0.1468	0.9914	-0.19	1.0125	0.0185	-0.0758	-0.1165	0.0604	-0.0329	-0.0489	-0.0589	0.0484	0.0002	0.3333	0.0839	0.012	0.3905	0.0035	0.4337	17.7421	-35.0979	32.7129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 117 THROUGH 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 184 THROUGH 252 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 253 THROUGH 276 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 277 THROUGH 340 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 54 THROUGH 143 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 144 THROUGH 176 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 177 THROUGH 251 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 252 THROUGH 327 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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