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- PDB-5p8w: Crystal Structure of COMT in complex with [5-(2,4-dimethyl-1,3-th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5p8w
タイトルCrystal Structure of COMT in complex with [5-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-3-yl]methanamine
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process ...: / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / renal sodium excretion / developmental process / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / catecholamine metabolic process / dopamine secretion / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / response to angiotensin / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to food / response to corticosterone / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / dopamine metabolic process / exploration behavior / response to stress / multicellular organismal response to stress / behavioral fear response / response to cytokine / response to amphetamine / learning / kidney development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / female pregnancy / visual learning / response to wounding / response to estrogen / response to toxic substance / regulation of blood pressure / multicellular organism growth / cognition / memory / gene expression / cell body / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / methylation / vesicle / dendritic spine / postsynaptic membrane / response to hypoxia / learning or memory / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FORMIC ACID / Chem-O01 / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of COMT complex
著者: Lerner, C. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_deposit_group.group_type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group ...database_2 / pdbx_deposit_group / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年5月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,42417
ポリマ－74,0833
非ポリマー1,34114
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area26050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.931, 176.379, 119.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-521-

HOH

21C-461-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24694.332 Da / 分子数: 3 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 変異: M134I, Y138C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-O01 / [5-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-3-yl]methanamine / 1-[3-(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanamine


分子量: 208.283 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N4S
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→88.19 Å / Num. obs: 64984 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.76 % / Biso Wilson estimate: 37.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 14.06 / Num. measured all: 439417
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.03-2.081.4621.2730934476547600.5581.5999.9
2.08-2.141.151.6630510463746290.6791.24999.8
2.14-2.20.9122.231624450645020.8090.98599.9
2.2-2.270.7282.7430755438543820.8470.78599.9
2.27-2.340.5523.629618426442630.9040.597100
2.34-2.430.454.2928094410641030.9350.48799.9
2.43-2.520.3615.1826015399339870.9460.39399.8
2.52-2.620.2866.525258382138170.9660.31199.9
2.62-2.740.2218.4326054368936870.9840.23999.9
2.74-2.870.17410.724644352135190.9890.18899.9
2.87-3.030.13113.8823305336233580.9920.14199.9
3.03-3.210.09418.3721259317831760.9950.10299.9
3.21-3.430.06824.1919386301030090.9970.074100
3.43-3.710.05331.8919739280128010.9980.057100
3.71-4.060.04636.0817632255425540.9990.05100
4.06-4.540.03642.1515725236723620.9990.0499.8
4.54-5.240.03542.4212827207920790.9990.038100
5.24-6.420.03840.912288177917790.9990.041100
6.42-9.080.02945.788779140314020.9990.03299.9
9.08-88.190.02457.3849718268150.9990.02698.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2481精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.03→48.636 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DTT crosslinks Cys 33 and 69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2037 3291 5.07 %random
Rwork0.1676 61651 --
obs0.1695 64942 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 240.73 Å2 / Biso mean: 49.1691 Å2 / Biso min: 24.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→48.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5012 0 80 364 5456
Biso mean--49.17 51.35 -
残基数----640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0165253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8127075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8643210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.03-2.0590.37311600.308825242684
2.059-2.08970.32321200.29925522672
2.0897-2.12240.33471490.264225152664
2.1224-2.15720.30981110.255625432654
2.1572-2.19440.3041310.233225632694
2.1944-2.23430.25941440.225425392683
2.2343-2.27730.26291330.210725492682
2.2773-2.32370.25041360.205425472683
2.3237-2.37430.23571220.191425512673
2.3743-2.42950.24781410.191625612702
2.4295-2.49030.24681430.19625222665
2.4903-2.55760.24351270.184625752702
2.5576-2.63280.21581290.181125762705
2.6328-2.71780.2171290.181525602689
2.7178-2.81490.22931470.197225252672
2.8149-2.92760.27361300.20225762706
2.9276-3.06080.26031410.202325762717
3.0608-3.22220.21531560.187525522708
3.2222-3.4240.2171380.164625772715
3.424-3.68830.18691290.146325892718
3.6883-4.05930.16391300.127826002730
4.0593-4.64630.11911420.112126172759
4.6463-5.85230.16961400.136626362776
5.8523-48.65010.17341630.151427262889
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5821.18911.25797.95632.02322.5920.0057-0.3711-0.3060.8529-0.12230.78170.3225-0.20320.11660.38560.03580.13120.3490.0380.3971-24.168443.9038-4.2462
20.9322-0.1878-0.52440.3257-0.25621.46110.0912-0.16980.13350.11170.1202-0.01960.07590.1293-0.18350.38350.0080.07410.32480.00230.2977-12.335548.7893-12.5574
31.5853-0.5958-0.75871.7281.14062.50830.12250.19630.02290.0018-0.11270.328-0.3696-0.5426-0.01450.32530.11990.06320.40560.03450.3404-23.774748.3173-24.031
41.959-0.386-0.71881.24760.78861.84270.05420.3313-0.0595-0.128-0.02820.0751-0.1491-0.2254-0.04470.32280.04740.02850.3634-00.2656-12.346139.562-34.0256
51.42320.36020.0832.4846-0.2760.9552-0.06150.2094-0.0558-0.04060.2378-0.08970.1001-0.0974-0.21540.3692-0.05470.03270.3222-0.00460.2942-2.761120.7268-13.6397
6222222-3.149-19.218-11.278416.05896.1701-8.891813.593627.1441-3.06441.77010.1357-0.62852.22310.20741.80914.52150.6686-27.4201
71.62951.66890.31771.91180.88981.62960.0272-0.15610.25120.2666-0.10450.3184-0.1008-0.11570.02430.3513-0.0191-0.08660.38380.02790.41788.794825.9903-0.2089
81.05890.80710.62331.59270.01633.09090.00660.0048-0.16250.0723-0.0808-0.4437-0.01180.40890.06230.2505-0.0009-0.03740.32570.0040.377816.723420.0488-10.1511
90.5425-0.1623-0.11131.3406-0.43841.4518-0.02340.0565-0.15840.05340.11190.04190.1418-0.1018-0.08520.2767-0.0491-0.02510.3032-0.01760.2797-0.282320.0535-19.8334
107.95181.4959-1.11185.03-0.51395.15850.41880.62660.9932-0.70710.04680.62390.45340.6368-0.49390.5957-0.0035-0.14290.67760.08370.6581-25.059422.9899-20.081
113.1959-1.35230.04675.9429-0.66435.204-0.23760.3594-0.266-1.23260.280.55240.60750.35280.03950.7196-0.1087-0.12320.59850.00680.6116-21.712613.2015-18.4524
124.47010.1028-1.79052.1107-0.52186.26360.1640.2019-0.3981-0.10920.0060.69680.8299-0.1286-0.16670.5892-0.02820.00160.36920.09950.6989-23.49726.4046-3.6046
131.317-0.00070.6452.7568-0.46582.40250.0610.01620.02720.1060.08290.8023-0.1983-0.3684-0.1170.33890.04030.09750.37030.04970.6092-26.525922.2589-1.8231
142.07251.588-0.29182.966-0.7072.2379-0.2589-0.1226-0.05810.28670.1490.6828-0.1124-0.22540.11430.53150.02550.12170.42730.03630.5439-22.695919.36146.1539
150.8901-0.28010.57562.50590.05650.4416-0.0025-0.18360.07250.63550.08290.17740.0361-0.0695-0.06750.5060.00170.06090.38780.0580.3793-13.505412.50448.1649
161.7826-0.3552-0.52263.2571.03186.24080.19110.04620.22210.11260.28140.0941-0.11520.2376-0.29490.4305-0.02020.01540.33390.09230.3918-13.93354.7423-1.0458
17222222-2.1049-10.8227-3.095915.619-4.790419.49690.9666-8.34926.8911.20810.202-0.14991.7668-0.31122.0537-15.386610.710223.5374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )A2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 57 )A17 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 143 )A58 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 195 )A144 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 215 )A196 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 216 )A216
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 70 )B3 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 71 through 143 )B71 - 143
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 144 through 215 )B144 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 3 through 21 )C3 - 21
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 22 through 41 )C22 - 41
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 42 through 57 )C42 - 57
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 58 through 129 )C58 - 129
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 130 through 143 )C130 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 144 through 196 )C144 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 197 through 215 )C197 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 216 through 216 )C216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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