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- PDB-5oxd: Complex of a C. perfringens O-GlcNAcase with a fragment hit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oxd
タイトルComplex of a C. perfringens O-GlcNAcase with a fragment hit
要素O-GlcNAcase NagJ
キーワードHYDROLASE / Fragment complex / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Fibronectin type III domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B2W / : / O-GlcNAcase NagJ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rafie, K. / van Aalten, D.M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT087590MA 英国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: O-GlcNAcase Fragment Discovery with Fluorescence Polarimetry.
著者: Borodkin, V.S. / Rafie, K. / Selvan, N. / Aristotelous, T. / Navratilova, I. / Ferenbach, A.T. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GlcNAcase NagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,76824
ポリマ－66,1311
非ポリマー2,63723
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.794, 117.794, 147.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 O-GlcNAcase NagJ / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / GH84C / ...Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / GH84C / Hexosaminidase B / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase


分子量: 66130.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: nagJ, CPF_1442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0TR53, protein O-GlcNAcase, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-B2W / 5-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-1,4-diazepine / 5-(トリフルオロメチル)-2,3-ジヒドロ-1H-1,4-ジアゼピン


分子量: 164.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7F3N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.41 % / 解説: Needle
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Apo crystals were grown in 0.6 M NaAcetate pH 7.5, 0.175 M cadmium sulphate (ML). Crystals were then transferred into a drop supplemented with 10 mM ligand and incubated for 4 h. Crystals ...詳細: Apo crystals were grown in 0.6 M NaAcetate pH 7.5, 0.175 M cadmium sulphate (ML). Crystals were then transferred into a drop supplemented with 10 mM ligand and incubated for 4 h. Crystals were cryo-protected by short immersion in ML supplemented with 20% glycerol and saturated with ligand.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9678 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9678 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50.01 Å / Num. obs: 35270 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.254 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 2.38 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4326 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.1273 / Rrim(I) all: 2.704 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YDS

2yds


解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.275 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22061 1880 5.3 %RANDOM
Rwork0.17174 ---
obs0.17436 33390 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.15 Å21.07 Å20 Å2
2--2.15 Å20 Å2
3----6.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4586 0 33 71 4690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.9526366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0853.0019728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1135578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.13425.984244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.53215791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5036.0712318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5026.0692317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4929.1082894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4919.112895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6916.6232373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.696.6252374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.6579.7153473
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.52271.4815259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.52271.4825260
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 122 -
Rwork0.347 2479 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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